2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

• 学习目标
  • 理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；
  • 阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；
  • 比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；
  • 理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；
  • 在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对
• 3.1 引言
  • 当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。
    • 序列水平的相关表明两个蛋白质同源
    • 具有相似或者相同的功能
  • 蛋白质比对：通常比DNA比对包含更丰富的信息
    • DNA序列的变化并不改变所编码的氨基酸
    • 氨基酸之间具有类似的生物物理性质。
    • 比对蛋白质可以发现同源序列，比对DNA无法做到
    • 某些情况下比对核苷酸序列更合适
      • 确定DNA序列与数据库序列的一致性
      • 搜索多态性