【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图 3（保姆级教程）

最新推荐文章于 2025-05-18 11:34:55 发布

在打豆豆的小潘学长

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文章标签： r语言聚类

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上一期”【R语言】——聚类热图行列分组信息注释热图2“介绍了R语言pheatmap包绘制分组信息注释热图，本期主要介绍了另一种分组信息注释方式，通过对数据聚类结果的分析，预设数据聚类簇，从而针对这一数据信息，绘制按聚类结果分组的聚类热图。

1 数据准备

数据输入格式（csv格式）：

2 R包加载及数据导入

#下载包#

install.packages("pheatmap")

install.packages("RColorBrewer")

#加载包#

library("pheatmap")

library("RColorBrewer")

#加载绘图数据#

data<-read.table(file='C:/Rdata/jc/pheatmap.csv',header=TRUE,row.names= 1,sep=',')

head(data) #查看数据

#data=log2(data[,1:6]+1) #对基因表达量数据处理

#data <- as.matrix(data) #转变为matrix格式矩阵

#head(data)

3 按聚类结果分组的热图

3.1 查看数据的分簇数

在绘制由聚类结果分组的热图前，需估计数据的分簇数，从而为后续分簇数选择提供依据。通常，选择类内平方和降低开始趋于平缓的聚类数作为较优聚类数：

#查看数据的分簇数

data <- t(apply(data, 1, scale))

tested_cluster <- 30  #检验的分簇数

wss <- (nrow(data)-1) * sum(apply(data, 2, var))

for (i in 2:tested_cluster) {

  wss[i]