标杆Nature:Origin绘制分组热图

分组热图常用于呈现多样本基因的差异性表达(RNA-Seq),通过使用颜色由深至浅的变化来清晰地展示多个样本中基因的表达量高低。Nature原文中使用分组热图主要展示的是两组包括内皮细胞(ECs)与线粒体富集的内皮细胞(mitoAT-ECs)中线粒体生物发生基因的mRNA表达情况。蓝色主要表示基因表达下调,红色主要表示基因表达上调,颜色深浅反映表达差异的强度。

                                      

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本期视频以2024年5月1日发表于Nature文章的Fig.4的图形为例,使用Origin绘制分组热图。

复现顶刊配图!如何利用Origin和DeepSeek完成从数据预处理到高质量图表输出的全流程

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1.打开origin软件,把数据输入到软件中;

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2.选中所有的数据,点击绘图,选择等高线图,然后选择热图;

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3.在跳出的对话框里,Y值在“列标签”,列标签选择“长名称”,修改颜色标尺名称,即Z标题名称;

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4.绘制出来的热图雏形如下所示:

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5.删除横坐标标签、标题,然后修改横坐标坐标轴,双击横坐标,在轴线和刻度线这里,将主次刻度线都选择无;

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6.从图形中间添加一条线条,并双击线条,宽度设置为2,类型为短划线;并在横坐标下方添加不同组的名称;

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7.点击颜色标尺,在浮动工具,排列工具,选择水平,并移动至相应位置;

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8.双击图形,在颜色映射对话框,选择填充,在加载调色板中选择自己喜欢的颜色;

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9.最后对图形的字体、位置坐标轴名称等进行细节美化,最终效果图如下所示:

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以上就是Origin复现Nature图形,绘制分组热图的整个教程,大家如果有相应的需求的话,根据上述教程即可绘制分组热图,大家快去试试吧!


 

### 如何使用 Origin 绘制参数 #### 准备工作 在开始绘制之前,需准备好数据文件。通常情况下,的数据是以矩阵形式存在的,其中每一行代表一组变量,列则表示另一组变量[^1]。 #### 数据导入 打开 Origin 软件后,通过菜单栏中的 `File` -> `Import` 功能将准备好的数据文件导入到软件中。如果下载的是 Excel 文件或其他支持的格式,则可以直接拖拽至 Origin 的窗口完成加载[^2]。 #### 创建 1. 导入完成后,在表格界面选中整个数据区域或者确认已自动识别为 Z 矩阵模式。 2. 接着点击工具栏上的 `Plot` 下拉按钮,找到并选择 `Contour: Heatmap` 形选项来启动绘过程。 #### 自定义设置 - **颜色映射**: 双击生成表进入编辑状态,右侧会弹出属性面板。在此处可以调整 Color Mapping 设置项下的渐变色条样式以及数值范围匹配关系。 - **轴标签与标题**: 利用 Format Axes 和 Layer Contents 对话框修改坐标轴名称、字体大小以及其他显示细节;同时添加整体形标题以便于理解所展示的内容含义。 ```python # 如果需要进一步处理数据或批量操作时可考虑编写脚本辅助实现自动化流程 import originpro as op app = op.Application() doc = app.NewDoc('Graph') wks = doc.Worksheet(0) arrData=[[i*j for j in range(5)]for i in range(6)] ds=wks.Columns(0,4).SetData(op.make_np(arrData)) plot=doc.ContourPlot(ds,True,'HeatMap') ```
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