超算使用文档(自用)

超算使用说明

超算作业提交

提交方式	使用需求
命令行	有linux环境使用经验，使用slurm作业调度系统 计算结束会自动停止作业
模板提交	支持部分软件 计算结束会自动停止作业
图形提交	支持可视化操作 计算结束需要手动停止作业，否则会持续计费

超算流程

1.查看集群信息

sinfo       //查看可用序列
squeue      //查看运行中的作业列表
whichpartition  //查看

2.srun和sbatch的区别

区别	srun	sbatch
交互性与输出方式	命令提交后会直接占用当前终端，直到作业完成；输出实时显示；若终端关闭，作业会被终止（配合 --job-name 等参数后台运行）	非交互式的，作业提交后返回一个作业 ID，作业在后台运行；输出默认写入当前目录的 slurm-%j.out 文件（%j 为作业 ID)即使关闭终端，作业仍会继续执行。

3.sbatch的提交文件

sbatch使用的作业脚本必须是纯文本文件 如.sh 或 .sbatch文件

#!/bin/bash   //Shell 脚本（最常用）：#!/bin/bash 或 #!/bin/sh
#SBATCH -J dtk_elmer     #设置作业名称为dtk_elmer
#SBATCH --comment=WRF    #设置备注为WRF
#SBATCH -N 1     #使用1个节点
#SBATCH -o %j    #指定输出文件输出    
#SBATCH -e %j    ##指定错误文件输出

4.sbatch的一些参数

参数	典型适用场景	示例命令	场景解释
-N	作业需要跨节点并行(如分布式计算)	sbatch -N 2 -n 4 script.sh	作业分配到 2 个节点，共启动 4 个任务（默认每个节点 2 个任务）
-n	单节点内并行（如多进程计算）或跨节点并行	sbatch -N 1 -n 8 script.sh	作业仅用 1 个节点，启动 8 个任务（占用 8 个核）

那么该如何确定一个节点中能启动几个任务呢？

sinfo -o "%N %c"      //%N：节点名称        %c：该节点的总CPU核心数

示例输出
NODELIST   CPUS
node01     32
node02     48
node03     64

参考资料

[1]北大超算使用指南
[2]Elmer自用