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原创 UV-CDAT 安装教程

简介Ultrascale Visualization Climate Data Analysis Tools 官网介绍：传送门。安装说明参考：传送门。下载qt-CentOS-6.5-RedHat6-64bit-4.8.4UV-CDAT-2.2.0-CentOS-6.5-RedHat6-64bit解压缩下载得到2个压缩包：qt-CentOS-6.5-R...

2018-08-21 18:39:48 1214

原创 swash编译安装教程

简介SWASH是一个通用的数值计算工具，用于模拟非稳态、非流体静力学的、自由表面的或旋转的流动，以及以及由波浪、潮汐、浮力或风力驱动的沿海水域的运输现象。官网地址：传送门；源码下载：传送门。编译环境串行版需要fortran编译器，多线程版本需要支持openmp，MPI版本需要具备mpi编译环境。编译方法本文给出使用intel2013编译器和mpich并行编译...

2018-08-21 18:39:14 1893 2

原创 R语言包的安装教程

简介R语言包在线安装so happy，离线安装so hard，尤其是解决依赖问题….安装包在线安装在R的控制台,输入# 安装 gridExtrainstall.packages("gridExtra") # 安装 stepNorminstall.packages("stepNorm", contriburl="http://www.your.url", de...

2018-08-21 18:38:49 5846

原创 R编译安装教程

简介R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。官网地址：传送门。编译在集群上安装R环境，安装R-3.0.0版本的时候比较顺利，安装最新版本R-3.4.4的时候，由于依赖比较多且软件版本要求比较新，故需要预先安装很多包，否则报错。我走通流程后将其记录如下：# 设置安装目录R...

2018-08-21 18:37:34 1590

原创各类python包的安装方法及设置安装路径

python拥有非常丰富的扩展包，下面介绍常见的扩展包安装方法。使用Anaconda集成环境通过使用该python的集成环境，可以解决大部分常见包的安装以相互依赖问题。下载地址为：https://www.continuum.io/downloads具体安装方法，可以参考文章：《anaconda安装说明》。使用zip/tar等格式源码包安装例如我们想安装numpy，可...

2018-08-21 18:37:03 31581 5

原创如何在ARM平台编译NAMD

简介NAMD是一种平行分子动力学代码，设计用于大型生物分子系统的高性能模拟。利用Charm ++并行编程框架，NAMD可以扩展到几个核心，用于典型的仿真，超过500,000个核心，用于最大的仿真。使用此系统编写的程序在具有或不具有共享内存的MIMD计算机上运行不变。它提供了高级机制和策略，以促进开发甚至高度复杂的并行应用程序的任务。有关Charm ++或NAMD的更多信息，请分别访...

2018-08-21 18:36:31 1080

简介MOLPRO是国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件，由H.-J. Werner和P. J. Knowles负责设计和维护。不同于其它的量子化学软件包，MOLPRO的重点是高精度计算，通过多参考CI，耦合簇和有关的方法，广泛处理电子相关问题。使用最近开发的直接积分局域电子相关方法，可以极大地减少随分子尺寸增加的计算量，能够对更大的分子体系进行准确的从头计算。程序的核心是MCSCF，MR...

2018-08-21 18:35:52 6560 1

原创如何使用TACC launcher来批量提交串行任务

TACC launcher 是什么？它是一个简单实用的工具，用来帮助用户在一个批处理脚本中提交多个单线程或多线程的任务。它的详细介绍请参考官网：传送门。它的下载地址：传送门。TACC launcher 怎么用？非常推荐前往官网查看它的使用方法，有很详细的介绍。我就不再重复了，英文不好的朋友可以使用网页翻译工具翻译一下。简单讲，就是：将这个工具下载下来解压缩不需...

2018-08-21 18:35:08 804

原创 slurm作业管理系统怎么用？

对于大型集群环境，通常需要有作业管理系统来调度分配系统资源，本文介绍一款开源免费的容错和高度可扩展的集群管理和作业调度系统：SLURM。在我国首次获得世界TOP500计算机排名第一的天河一号计算机上使用的集群管理和作业调度系统，就是基于SLURM二次开发的，可见其强大。它的官网是：传送门。准备可执行程序和输入文件我们想提交一个计算任务，首先要准备好可执行程序和输入文件。可执行...

2018-08-21 18:33:55 26870 8

原创 slurm作业管理：一次提交运行多个任务

针对抢占式的作业调度系统，如果分配节点时候是独占节点，那么每次申请的资源最少就是1个节点。如何实现一次提交作业，计算多个任务呢？（包括串行、openmp或mpi的任务）。最简单的方式就是按照自己的需求写一个运行脚本，然后通过作业管理系统提交即可。下面给出一个具体的例子加以说明，先给出实例，然后给出详细解释：#!/bin/bashcd ~/helloworldyhrun -N1 -n1...

2018-08-21 18:33:37 24297 8

原创 gromacs + plumed 编译安装教程

简介gromacs的基本编译安装教程请参考：gromacs 编译安装教程。本文介绍如何结合plumed安装gromacs。编译plumedPLUMED 是分子系统中自由能计算的开源库，与一些最流行的分子动力学引擎一起工作。可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。官...

2018-08-20 21:32:04 6607

原创如何在lammps里加入新的势函数形式?

官方参考官方手册，先看看：传送门。自己编程如果没有，就自己写吧。可以先参考已经有的势函数，弄清楚框架和写法，再写自己的。有的时候不仅要写 .cpp 文件，还要写一个 .h 头文件。编译把写好的东东放在lammps/src目录，然后按照以前的方法make即可。可以参考文章：lammps 编译安装教程（一）。我的个人网站：传送门...

2018-08-20 21:31:21 7721

原创 gcc编译安装教程

简介GNU 编译器套件（GNU Compiler Collection）包括 C、 C++、 Objective-C、 Fortran、 Java、Ada 和 Go 语言的前端，也包括了这些语言的库（如 libstdc++、 libgcj 等等）。官网地址：传送门。编译 4.9.4版本下载相关依赖包GCC 4.9.4 released [2016-08-03]#...

2018-08-20 21:29:51 8514

原创报错：找不到动态库

使用超级计算机提交任务的时候，经常会遇到类似如下报错：error while loading shared libraries: libXXX.so: cannot open shared object file: No such file or directory这说明运行程序的时候，找不到libXXX.so这个动态库。为什么找不到通常原因是程序在登陆节点编译，在计算节...

2018-08-20 21:29:01 2697 1

原创 cp2k 编译安装教程

简介CP2K is a quantum chemistry and solid state physics software package that can perform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems. ...

2018-08-20 21:26:42 12252

原创 Citrix安装及报错记录

安装Citrix我下载了Citrix的4.5版本安装成功，安装过程如下。下载地址：传送门报错记录：未能注册模块 DVCRenderingAdpater.dll安装CitrixReceiver.exe的时候报错了，报错为“未能注册模块 DVCRenderingAdpater.dll”。如下截图：操作系统：Win7 64位旗舰版Citrix版本：4...

2018-08-20 21:24:25 10537

原创将Chrome插件Momentum背景图片设为桌面壁纸

Momentum简介Momentum插件是一款自动更换壁纸，自带时钟，任务日历和工作清单的chrome浏览器插件。官方的解释就是：替换你 Chrome 浏览器默认的“标签页”。里面的图片全部来自500PX里面的高清图，无广告，无弹窗，非常适合笔记本使用，让装逼再上新台阶。让我来感受下出自细节，触及心灵的美。详细介绍：http://www.cnplugins.com/office/momen...

2018-08-20 21:20:57 7838

原创 ANGSD 编译安装教程

简介ANGSD: Analysis of next generation Sequencing Data 下一代测序数据的分析ANGSD是一种用于分析下一代测序数据的软件。该软件可以处理从映射读数到推算基因型概率的许多不同输入类型。大多数方法都考虑了基因型不确定性，而不是基于被称为基因型的分析。这对于低深度和中深度数据尤其有用。该软件是用C++编写的，并且已经用于大样本量。官网...

2018-08-20 21:16:23 3172 1

原创 anaconda 安装教程

简介Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持 Linux, Mac, Windows系统，提供了包管理与环境管理的功能，可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。官网简介下载官方下载地址安装上传将Anaconda2-4.4.0-Linux-x86_64.sh上传到系统某文件夹，例如$HOME文件夹。增加可执...

2018-08-20 21:15:23 3040

原创博客搬家

博客搬家（不是搬家，是同步）2018年，我又回来了，因为一个人的网站有点孤独…===========================2017年，创建了自己的网址，打算博客搬家。搬家了！新的网址：www.mrzhenggang.com欢迎！

2017-09-14 18:47:46 444

原创 BerkeleyGW编译安装说明

科学计算软件编译安装方法说明 — BerkeleyGW篇（提供免费测试 QQ 178068275）官网： http://www.berkeleygw.org/ 下载：需要注册下载软件。1.什么是BerkeleyGW?The BerkeleyGW Package is a set of computer codes thatcalculates the quasiparticle prope

2017-05-07 10:29:34 3047

原创 castep 编译安装说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- castep 篇（提供免费测试 QQ 178068275）1. 什么是 castep ?CASTEP（Cambridge Sequential Total Energy Package 的缩写）是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序。 2. lammps编译环境Intel Compiler /GNU Compiler

2017-05-06 16:44:39 3061

原创 MITgcm 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- MITgcm 篇（提供免费测试 QQ 178068275）官网地址：http://mitgcm.org/截止目前（2017.5.4）最新版本：MITgcm_c66g.tar.gz下载：http://mitgcm.org/public/source_code.html最新版手册 http

2017-05-04 23:09:55 6139 1

原创 atat 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- atat 篇（提供免费测试QQ 178068275）官网地址：http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/截止目前（2017.4.22）最新版本：http://www.brown.edu/Departments/Engineerin

2017-05-04 08:24:30 11895

原创 parallel_studio_xe_2015 安装方法说明

parallel_studio_xe_2015 安装官网：https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe可以点击Try & Buy 申请免费版本下载后得到：parallel_studio_xe_2015.tgzparallel_stud

2017-05-01 12:25:10 21542 6

原创 fftw 编译安装说明

FFTW 数学库官网地址：http://www.fftw.org/ 下载地址：http://www.fftw.org/download.html 目前最新版本为Version 3.3.6 is the latest stable release of FFTW ( 截止2017-04-30） 1．什么是DFT?DFT（

2017-04-30 22:55:02 11547

原创 comsol 安装说明 --- 本文介绍通过登录远程linux 终端安装comsol的方法

comsol 安装说明综述：本文介绍通过登录远程linux 终端安装comsol的方法，需要：1.远程登录软件例如xmanger，使用xftp传输文件，使用xstart开启图形界面。2.解压缩iso文件的工具软件，例如p7zip。3.comsol软件iso文件本身以及正版lic文件。该软件安装起来很流畅，基本上就是一路Next，注意设置l

2017-04-24 22:38:32 11643 2

原创 gromacs 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- gromacs 篇（提供免费测试 QQ 178068275）官网地址：http://www.gromacs.org/下载地址：http://www.gromacs.org/Downloads

2017-04-23 21:01:40 12155

原创 vasp 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- vasp 篇（提供免费测试）vasp std soc ncl gam gpu NPAR 完全介绍官网地址：http://www.vasp.at/截止目前（2017.4.22）最新版本：http://www.vasp.at/index.php/news/44-administrative/118-new-release-vasp-5-4-4

2017-04-23 12:05:13 23584 3

原创 lammps 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装测试方法说明 --- lammps 篇（提供免费测试）官网地址：http://lammps.sandia.gov/下载最新稳定版本：http://lammps.sandia.gov/download.html下载指定版本：http://lammps.sandia.gov/tars/ 1. 什么是LAMMPS?LAMMPS即...

2017-04-19 23:22:19 11096

原创如何选择适合自己的超算中心？

针对具有高性能计算需求的用户，可以选择租用超算中心的计算资源。选择哪一家呢？我觉得需要考虑一下几点：1.收费标准。这个大家最关心。是否具有形式多样，满足用户多元化需求的收费方式，提供的价格是否具有竞争力。通常有按照CPU核/小时、按照节点/年2种计费方式。2.机器性能、硬件更新情况，正常运行的稳定性。这里有一个误区，超算中心的速度快，应该

2015-06-19 14:59:41 8075 1

超算小站