LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg

连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。

本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。

一 载入R包 数据

数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），这种基因型文件很常见；

library("LDheatmap")
#读入数据
SNP <- read.csv("CEUSNP.csv",header = TRUE)
pos <- read.csv("CEUDist.csv",header= TRUE)
#查看数据
head(pos)
SNP[1:4,1:4]

二 绘制连锁不平衡图

2.1 直接绘制

SNPpos <- pos$x
LDheatmap(SNP, SNPpos,color = grey.colors(20)) 

Error in LDheatmap(SNP, SNPpos, color =