weixin_39556044的博客

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化，如果只有多个样本的基因突变与否的excel，不用担心，也可以用complexheatmap包绘

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 载入R包 数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），这种基因型文件很常见；library("LDheatmap")#.

本文首发于“生信补给站”Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。比如基因列为ID的需要转为常见的symbol，基因列为symbol|ID的就需要拆开了！excel分列可以解决，但是表达量数据较大，且excel容易产生“数据变形”。一， 载入数据，R包使用TCGA下载的数据，使用以下几行几列， 作为示例lib...

文章目录一 数据和R包二 原生KM曲线三 优化KM曲线1 survminer绘制KM曲线2 坐标轴，标题，主题优化3 Risk Table4 添加注释信息本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/lpkWwrLNtkLH8QA75X5STw生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段，而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值！生存分析相关...

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/VNLIFzc9OysepGrE3lJrkw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature...

deconstructSigs-mutation signature看一下你的数据是什么“气质”的？本文首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/k7yzk9hPX3Bi-ohAo83ZYw还有其他 R统计 绘图 生信的干货，也许有需要的呢？Mutational Signatures 首次出现在2013年的nature文章Signatures of m...

本文首发于“生信补给站”，ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。Manhattan图算是GWAS分析的标配图了，可参考Bio|manhattan图 进行绘制。由于Manhattan点太多，后期AI/PS修改的话难度有点大，如果可以“个性化”绘制的话那是极好的！一 载入R包，数据1）载入数据处理的...

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。为了能更方便的查看，检索，对文章进行了精心的整理。建议收藏，各取所需，当前没用也许以后就用到了呢！一 R资料+计划R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图（Gantt c...

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。ggstatsplot是ggplot2包的扩展包，可以同时输出美观的图片和统计分析结果，对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。一 准备数据gapminder 数据集包含1952到2007年...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。​ 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。​ 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg当然还有更多R语言，生物信息学相关知识。。。????Nomogram，也常称为诺莫图或者列线图，在医学领域的期刊出现频率越来愈多，常用于评估肿瘤学和医学的预后情况，可将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。数据准备​ 使用TCGA-LIHC...

本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图） R-maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot或者叫“瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用，为更易理解和重现...

本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/G-0PtaoO6bYuhx_D_Rlrlw对于组学数据的分析和展示来说，maftools算是一个宝藏“R包”，可用于MAF格式的组学数据的汇总，分析和可视化展示。​ 随着癌症基因组学的进步, 突变注释格式 (MAF) 被广泛用于存储检测到的somatic va...