连锁不平衡及基因组关联分析（植物相关）

大体脉络：

1.介绍连锁不平衡的定义和度量方法

2.综述连锁不平衡和关联分析在植物方面的研究进展

3.讨论交配体系、重组、遗传漂变等对连锁不平衡程度的影响，连锁不平衡程度和群体结构对关联分析的影响

4.讨论关联分析在植物数量性状和分子育种研究中可能的应用

利用覆盖全基因组的分子标记连锁图和合适的分离群体进行连锁分析是目前植物数量性状研究的主要方法，但是QTL的精度较低，作图精度一般在10-30cM之间，且克隆出的多为主效的QTL。

随着植物全基因组测序的完成和生物信息学的发展，我们采用关联分析进行数量性状的定位。

关联分析（Association analysis)，又称连锁不平衡作图（LD mapping）或关联作图（association mapping)是一种以连锁不平衡为基础，鉴定某一群体内目标性状与遗传标记或候选基因关系的分析方法

1.连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）

定义：连锁不平衡是不同基因座位上等位基因的非随机组合。A基因与B基因在群体中同时出现的几率大于随机情况下的几率即为LD状态。

tip：连锁不平衡是指由于连锁而导致的不平衡情况而非连锁被打破后出现的不同于连锁状态的不平