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RSS订阅原创 tidyverse|数据分析常规操作-分组汇总（sumamrise+group_by)
| 本文首发于 “生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/tQt0ezYJj3H7x3aWZmKVEQ使用tidyverse进行简单的数据处理：盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一Tidyverse| XX_join ：多个数据表（文件）之间的各种连接本次介绍变量汇总以及分组汇总。一 summarise 汇总汇总函数 su
2020-07-06 22:59:10
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原创 ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）
ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化，如果只有多个样本的基因突变与否的excel，不用担心，也可以用complexheatmap包绘
2020-06-17 18:52:04
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原创 Tidyverse| XX_join ：多个数据表（文件）之间的各种连接
本文首发于公众号：“生信补给站” Tidyverse| XX_join ：多个数据表（文件）之间的各种连接前面分享了单个文件中的select列，filter行，列拆分等，实际中经常是多个数据表，综合使用才能回答你所感兴趣的问题。本次简单的介绍多个表（文件）连接的方法。一 载入数据，R包library(tidyverse)x <- tribble( ~key, ~val_x, 1, "x1", 2, "x2", 3, "x3")y <- tribbl
2020-06-04 21:49:05
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原创 LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！
本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 载入R包 数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），这种基因型文件很常见；library("LDheatmap")#.
2020-05-09 10:36:04
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原创 Tidyverse|数据列的分分合合，爱恨情仇
本文首发于“生信补给站”Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。比如基因列为ID的需要转为常见的symbol，基因列为symbol|ID的就需要拆开了！excel分列可以解决，但是表达量数据较大，且excel容易产生“数据变形”。一， 载入数据，R包使用TCGA下载的数据，使用以下几行几列， 作为示例lib...
2020-04-28 23:21:32
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原创 R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程，R2，方差表，香不香？
本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/_rTWJHcbUu2Eqtex74gUBA散点图绘制回归曲线很常用，那么添加上回归方程，P值，R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。那加起来复杂吗？还真不一定！一 载入数据和R包使用内置数据集library(ggplot2) #加载ggplot2包library(dplyr) #加载dplyr包...
2020-04-16 21:31:27
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原创 R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表
首发于“生信补给站” ：https://mp.weixin.qq.com/s/LJfgxbTqsp8egnQxEI0nJg生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计，汇总，然后结果复制到excel表中，耗时耗力且易错！tableone包“应运而生”，可以非常简单快捷的解决这个问题，重点是学习成本很低，大概几分钟？一 载入数据，R包## install...
2020-03-17 12:37:59
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原创 R|生存分析 - KM曲线 ，值得拥有姓名和颜值
文章目录一 数据和R包二 原生KM曲线三 优化KM曲线1 survminer绘制KM曲线2 坐标轴，标题，主题优化3 Risk Table4 添加注释信息本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/lpkWwrLNtkLH8QA75X5STw生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段，而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值！生存分析相关...
2020-03-12 21:33:06
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原创 盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行
首发于“生信补给站” ，https://mp.weixin.qq.com/s/l9Ci7wREQWpEV5dTvKuoHg，更多的R统计，绘图，生信，请移步????上篇根据 msleep数据集，介绍了列的操作，盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作本文盘一盘行的筛选 ????一 载入R包，数据#载入R包#install.packages("tidyverse")libr...
2020-03-02 09:55:51
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原创 盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作
文章首发于“生信补给站” ： https://mp.weixin.qq.com/s/ldO0rm3UM_rqlFnU3euYaA2020年，开封 《R 数据科学》R for data science，系统学习R 数据处理。**在一个典型的数据科学项目中，需要的工具模型大体如下图所示。 ...
2020-01-20 10:37:29
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原创 barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”
本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/VNLIFzc9OysepGrE3lJrkw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature...
2019-12-26 15:41:23
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原创 deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！
deconstructSigs-mutation signature看一下你的数据是什么“气质”的？本文首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/k7yzk9hPX3Bi-ohAo83ZYw还有其他 R统计 绘图 生信的干货，也许有需要的呢？Mutational Signatures 首次出现在2013年的nature文章Signatures of m...
2019-12-20 12:44:30
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原创 ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？
本文首发于“生信补给站”，ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。Manhattan图算是GWAS分析的标配图了，可参考Bio|manhattan图 进行绘制。由于Manhattan点太多，后期AI/PS修改的话难度有点大，如果可以“个性化”绘制的话那是极好的！一 载入R包，数据1）载入数据处理的...
2019-12-11 10:22:16
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原创 gganimate|创建可视化动图，让你的图表会说话
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/kKQ2670FBiDqVCMuLBL9NQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。介绍一个主要用于绘制动画的ggplot2的扩展包—gganimate包。Hans Rosling的关于“New Insights on Poverty”的TED演讲绝对是对我影响最大的几个TED...
2019-12-06 10:01:14
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原创 ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”
首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/fm69bw-3cww1YEW_kBcTHQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，关注有惊喜????。拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死之前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。“想要我的宝藏吗？如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”，世界开始...
2019-11-30 10:21:01
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原创 机器学习模型结果，合理使用
机器学习算法结合生信分析很多，作为非算法专业人士，根据模型得到的结论，敢用吗？又有哪些模型评估方法可以是我们用的稍微放心一点呢？本文主要从以下两个模型类别来介绍：评价分类结果：精准度、混淆矩阵、精准率、召回率、F1 Score、ROC曲线等评价回归结果：MSE、RMSE、MAE、R Squared一 分类算法评价1.1 预测准确性分类模型预测是否患有癌症的准确度99.9%，哇 好...
2019-11-19 13:56:53
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原创 Broom |tidy up a bit，模型，检验结果一键输出！
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/TqFk66F2gUu_k8WEjKbLtA更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。lm/glm/t.test/chisq.test等模型结果，怎么提？复制粘贴还是broom？一 载入数据及R包1.1 mtcars数据集#载入内置数据集mtcarshead(mtcars)...
2019-11-19 09:42:04
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原创 精心整理（含图版）|你要的全拿走！（R数据分析，可视化，生信实战）
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。为了能更方便的查看，检索，对文章进行了精心的整理。建议收藏，各取所需，当前没用也许以后就用到了呢！一 R资料+计划R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图（Gantt c...
2019-11-12 09:53:05
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原创 R-机器学习| KNN算法
本文使用威斯康星州临床科学中心的关于乳腺癌肿瘤的数据集。一 读入数据cancer <- read.csv('breast_cancer.csv',stringsAsFactors = F)用str(cancer)观察一下数据第一例是id，第二列为diagnosis诊断类型（良性/恶性），第3-32个特征其实只包含了十个属性，但是以mean均值，standard error标准差，“...
2019-11-10 22:29:37
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原创 ggstatsplot绘图|统计+可视化，学术科研神器
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。ggstatsplot是ggplot2包的扩展包，可以同时输出美观的图片和统计分析结果，对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。一 准备数据gapminder 数据集包含1952到2007年...
2019-10-29 23:27:52
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原创 R-plotly|交互式甘特图（Gantt chart）-项目管理/学习计划
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/CGz51qOjFSJ4Wx_qOMzjiw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。甘特图（Gantt chart），又常被称为横道图或者条状图，是现代企业项目管理领域运用最为广泛的一种图示。就是通过条形来显示项目的进度、时间安排等相关情况的。项目管理外，也可以用来管理学习...
2019-10-21 22:02:27
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原创 R-forestplot包| HR结果绘制森林图
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森...
2019-10-14 22:47:58
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原创 Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...
2019-10-08 22:52:03
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原创 Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化
本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...
2019-10-08 22:49:58
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原创 ggplot2|详解八大基本绘图要素，你需要的都在这-目录版
本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！https://mp.weixin.qq.com/s/UMuZ1MiuKDheHk9mwA9EXA“一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attributes, 缩写为aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外, 图形中还...
2019-09-27 18:32:40
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原创 Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg当然还有更多R语言，生物信息学相关知识。。。????Nomogram，也常称为诺莫图或者列线图，在医学领域的期刊出现频率越来愈多，常用于评估肿瘤学和医学的预后情况，可将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。数据准备 使用TCGA-LIHC...
2019-09-25 09:34:15
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原创 maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化
本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图） R-maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot或者叫“瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用，为更易理解和重现...
2019-09-16 23:22:10
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原创 maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）
本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/G-0PtaoO6bYuhx_D_Rlrlw对于组学数据的分析和展示来说，maftools算是一个宝藏“R包”，可用于MAF格式的组学数据的汇总，分析和可视化展示。 随着癌症基因组学的进步, 突变注释格式 (MAF) 被广泛用于存储检测到的somatic va...
2019-09-03 10:38:24
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原创 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”
本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/hMjPj18R1cKBt78w8UfhIw学习了ggplot2的基本绘图元素ggplot2|详解八大基本绘图要素，可以初步绘制出需要展示的图形，legend可以对图例进行细节的修改ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢，那theme有什么用呢？theme是解决图是否美观的一个工具，其与scal...
2019-08-27 13:57:12
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原创 ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢
本文首发于微信公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/A5nqo6qnlt_5kF3_GIrjIA学习了ggplot2|详解八大基本绘图要素后，就可以根据自己的需要绘制图形。前面也给出了一些ggplot2绘制生信分析基本图形的例子pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来ggplot2|扩展包从0开...
2019-08-20 11:37:59
6824
转载 ggplot2|详解八大基本绘图要素，需要的都在这
本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！“一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attributes, 缩写为aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外, 图形中还可能包含数据的统计变换(statistical transformation, 缩写为stats),...
2019-08-13 13:41:50
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转载 使用R-ggpubr进行“paper”组图合并，也许比PS，AI更简单
本文转载自微信公众号 “生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/41iKTulTwGcY-dHtqqSnLA多个图形进行组图展示，可以既展示一个“事情”的多个角度，也可以进行异同的比较，同时也是发表论文所必须的。可以利用PS或者AI进行处理，但是图形的大小，位置，布局，字体等的调整也不是一个小工程。本文利用R包 - ggpubr 函数从0开始介绍组图的合并方式，也许...
2019-08-08 16:39:21
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