NCBI|线粒体基因组数据上传

线粒体基因组NCBI上传
今天小编给大家分享的是NCBI叶绿体基因组的上传步骤示例，大家有兴趣可以瞅瞅

准备工作

1. 登录NCBI官网：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击：

“sign in to NCBI”

“See more 3rd party sign in options”

选择你登录的方式，小编使用的是“Microsoft live.com”

2. 登录账户：输入邮箱账号，点击“下一步”，稍后输入密码。

3.点击上传数据：

点击“submit”

点击“GenBank”目录下中间的“submit”

点击“start Banklt Submission”，开始上传

上传步骤

上传任务概览，完成这几个部分的信息填写，即可上传成功！！

01 Contact
填写联系人的相关信息，包括姓名 、学校 、学院、地址 、城市、所在地区/省份、 邮编以及邮箱等。

02 Refrence
填写提供序列的作者姓名。

03 Sequencing Technology
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）
测序平台、组装情况、组装软件、版本、样本名、覆盖率，填写完成点击“continue”；

04 Nucleotide
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）

1. 选择序列发表的时间.
   最上面的是写数据释放时期，可以选择立即释放，如果自己选择释放日期的话，那就至少六个月以后。2) Molecule Type，分子类型：这里选择“genomic DNA”。
2. Topology，拓扑结构：这里选择“circle”。
3. 是否提交完整的细胞器基因组序列：因为我们提交的是线粒体，所以这里选择“Yes”。
4. 上传序列文件：fasta文件（上一步选择“Yes”则需上传）。需要在fasta 文件中的第一行加上拉丁文的物种名。
   格式如下：Seq1 [organism=genus species] （注意名称后面有一个空格）
   填写完毕，继续进行下一步，点击“continue”。
   

fasta 文 件 格 式 示 例
***注意：如果不知道物种的拉丁文名称，可以按以下方式查找：
①登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/，查询物种的拉丁名；
②点击“Nucleotide BLAST”；

③在图中标红的方框内输入部分序列，点击“BLAST”；

④选择相似度最高的物种，如100%相似度，即可得到此物种的拉丁文名称。

05 Submission Category
选择投稿的类别，这里选择“Original”，点击进行下一步.

06 SourceModifiers
请根据实际情况填写（以下仅作示例展示）

1. 选择源细胞器/位置信息：这里选“mitochondrion”
2. Source modifier 填的是“country”
3. Value 填“china”
   填完点击“continue”继续下一步。
   

07 Feartures
这里需要上传tbl文件，需将gbf文件转为tbl文件。

1. 点击“选择文件”按钮选择tbl文件，点击“Uplode File”上传。
   

***注意：如何将gbk文件转换成tbl文件？
①使用在线转换工具，登录网站：
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/GenBank2Sequin.html
②上传线绿体的注释文件，填写以下信息：
Organism：物种的拉丁名
Molecule Type ：genomic DNA
Circle
Genetic Code：Standard
Location：genomic

③下载.tbl文件

2)该页面的下半部分有一个“continue”按钮，需要拖动鼠标往下找，点击此按钮进行下一步。

08 Review and Correct
最后一步啦，就是查看检验你填的信息有没有问题，有问题的话还可以修改，确认无误之后，最后点击“Finish submission”提交，最后结果等邮件通知行了。

如果你想查看你提交的记录和相关文件，重新登录提交页面，进去之后你就可以看到了。

完整的线粒体基因组NCBI上传就介绍完毕了，希望对您有所帮助！！！

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