NCBI|宏基因组原始数据上传

最新推荐文章于 2025-09-28 16:31:27 发布
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#深度学习 #ncbi

本文详细介绍了如何将宏基因组原始数据上传到NCBI，包括申请Biosample、BioProject和SRA编号的步骤，并提供了表格填写及错误处理的指导，最后提醒提交后1-2天会收到数据上传成功的邮件。

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一 一讲解吧！希望对大家有所帮助~

第一步申请Biosample编号

1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：



如果你有NCBI账号可以直接登录

如果你没有NCBI账号，就可以进行注册操作

你可以选择以下注册平台进行注册

2.注册完成后，就可以进入NCBI页面啦~

3.点击上传模块，开始申请编号操作啦！

点击我的提交

进入Biosample

点击新的提交

4.接下来填写提交者的基本信息（注意不要出现中文哦！）

5.点击继续按钮，选择释放日期和样本数量

6.选择样品的类型，小编这里以环境样品为例选择

7.填写表格数据，小编以下载Excel表格为例进行操作：

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微生物16S数据上传NCBI的SRA库
Xf_Niu的博客
12-24 6880
本篇内容仅包括：俺自己的实验收集了淡水、淡水沉积物、海水、海草附着微生物样品，测序所得的Fastq格式数据，在文章投稿发表时被要求数据需上传NCBI的SRA库，得到一个PRJNA2347899这样子的IDs。仅解决了这个上传过程！
向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解
yue81560的博客
07-09 2万+
专门介绍向NCBI上传16S rDNA数据的方法不太多。因为自己有上传数据的需要，所以决定边摸索边写下操作流程。如果这篇博文交代了上传步骤以及一些描述文件属性的书写，帮到你的话，还请点赞收藏。
上传宏基因组数据到SRA
ganganganglab的博客
12-02 4228
上传宏基因组数据到SRA关于attribute和metadata 关于attribute和metadata 看到网上千篇一律的上传教程，还有讨论点解要上传的（-=-?）。为人为己，马克一下这次肛肛上传趟过的坑。web版 https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/ 点开就能看到，整个过程大概有以下步骤： SUBMITTER GENERAL INFO PROJECT INFO BIOSAMPLE TYPE BIOSAMPLE ATTRIBUTES SRA METADATA
国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA
最新发布
m0_61164319的博客
09-28 1432
国家基因组科学数据中心（;NGDC）于2019年6月5日经科技部、财政部通知公布，由鲍一明研究员作为学术带头人，以中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）作为依托单位，联合中国科学院生物物理研究所和中国科学院上海营养与健康研究所共同建设。中心面向我国人口健康和社会可持续发展的重大战略需求，建立生命健康组学大数据储存、整合与挖掘分析研究体系，研发生物多样性与健康大数据汇交、应用与共享平台，发展大数据系统解析与转化应用的新技术和新方法，建设支撑我国生命科学发展、国际知名的基因组科学数据中心。
原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）
醉月伐桂戏嫦娥的博客
07-07 4455
写在前面：大家发表文章或者储存数据等，可能会用到NCBI。那么，到底怎么上传呢？初传着可能会碰到各种疑问，可能试了好多次，无果，咨询同门仍是无果，大家涉及的内容有动植物微生物等，转录组、基因组等等不一，方法也不尽相同。为了避免多走弯路，下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤： 1.打开网站，找到提交处，并注册登录 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 登录后，新提交 第一步 第二步 第三步 第四步：可能是最麻烦的一步 示例EXCEL 之后，点继续下一步，同样下载示例，修改填
NCBI数据库—上传16S rRNA测序数据
薛定谔的 zx_zhang的博客
09-30 1万+
NCBI上传16S rRNA测序数据 1.登陆NCBI官网 NCBI官网链接 2.选择上传序列类型 上传16S rRNA测序数据，直接选16S rRNA就可以，然后弹出上传数据集的类型，选择SRA 3.注册NCBI账号 选择SRA后，会弹出如下的一些提示信息，直接选择submit即可； 3.1 进入提交信息页面 进入正式提交信息的页面；注意此处的“My submissions”选项，注册完账号后，仍需返回这里 3.2 注册NCBI账号 选择右上角的登陆账号—>选择ORCID登陆/注册（已经申请
宏基因组数据提交GSA指南
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-16 4594
GSA简介GSA是Genome Sequence Archive的缩写，即基因组序列存档，由中科院基因组所主办。网址：http://gsa.big.ac.cn/之前介绍过NCBI提交测序数...
数据下载（1）：NCBI下载文献中的基因组
weixin_57129211的博客
03-18 2107
如何从NCBI下载文献中的测序原始数据
linux上传数据到sra,通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库
weixin_42144201的博客
05-12 2361
每试错一次，就离本质就更近一步。----小蓝哥为什么要上传数据师姐找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI，大概是45G。NCBI提供了很多种可供选择的上传方式： 多丰富多彩的上传方式没有海外节点 + 学校的龟速网速，网页上传的速度可想而知，ftp又很容易断，据说Aspera上传能够达到满速上传，就想试一下。Aspera有浏览器插件，下载试了几次都不行。决定试一下命令行方式。前前后后上传了大约100G数...
宏基因组分析实战（1）-数据下载
Mr_pork的博客
06-17 5516
宏基因组分析，在微生物研究中应用广泛。目前已有许多文章介绍了宏基因组的应用，这些文章多以实战代码和可视化为主，但关于其分析原理和分析流程的文章并不多见。本系列计划介绍宏基因组的基础分类、数据下载与处理、分析流程以及实战等多个内容，尽可能将多的有效信息压缩，方便小白们快速系统了解宏基因组分析原理与流程，以及帮助关从业人员回顾分析知识。知识分享不易，欢迎转发打赏支持！巧妇难为无米之炊，我们做任何分析的前提都得是。
【NCBI SRA数据的宏基因组分析】：微生物组数据处理分析秘籍
本文详细介绍了宏基因组数据处理和分析的流程，包括数据的下载、预处理、功能注释、物种组成分析、关联分析以及数据的可视化和解读。通过一系列步骤，如质量控制、数据清洗、格式转换、功能和物种注释、丰度分析、...
NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
bioyigene的博客
10-17 4083
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
02-21 7811
文章目录GSA简介开始前准备：注册/登陆新建BioProject数据上传批量提交样本信息01 提交者信息02 基本信息03 样本类型04 样本属性05 元数据信息实验样品信息测序样品信息06 文件上传07概况信息常见问题数据上传速度上传Clean data还是Raw data上传宏基因组数据是否要去除宿主猜你喜欢写在后面 GSA简介 GSA是Genome Sequence Archive的缩写，即...
如何将高通量测序原始数据上传到NCBI的SRA（The Sequence Read Archive）数据库？
weixin_44248330的博客
12-17 6058
引 很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。 目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The Sequence Read Archive)数据库，部分老师会纠结是否需要把测序数据上传至GEO数据库，这里无需多虑，因为测
原始数据极速上传NCBI SRA教程
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-17 1万+
本文转载自“美吉生物”，己获授权，有修改。近日依旧收到不少老师的邮件，咨询如何将数据上传NCBI数据库的。今天小美就老话再谈，各位老师跟着小美再乘坐一次极速上传SRA的高铁，准备好了吗？...
如何往ncbi上上传数据
weixin_30438813的博客
06-19 9730
往NCBI上上传数据： 1.注册并登陆NCBI，点击主页的submit选项 2.创建bioproject，以及biosample号 （Bioproject: Bioproject是一个项目的编号，在文章发表的时候，读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了，因此，在投稿之前，我们需要上传数据并拿到这个ID号。这个id号下面可以存放很多个不同的reads、序列等等，例如在我的项目里面，...
生物信息之利用lftp上传原始数据到GEO
melody_beijing1989的专栏
08-25 2777
各位下午好！   由于之后我们可能需要向NCBI或者GEO上上传大批量数据，而采用FTP工具会经常因为网络不稳定的原因出现问题。现在在服务器安装了 lftp工具，可以自动快速的上传数据（在服务器上可直接输入 lftp -h查看帮助文档）。具体使用方法如下：   首先生成一个lftp运行的脚本 run.lftp，并放在上层目录：   open -u geo,passwdftp-priva
测序数据处理 —— 数据上传
dxs18459111694的博客
05-14 5236
NCBI的重要性不用说明，你知道的，它很重要。在发表文章时，一般都会要求公开文章中使用的数据。例如，将测序数据上传到NCBI的GEO或者SRA服务器中，然后在文章中使用数据库提供的编号，方便其他人检索和使用。下面，我们简单介绍一下NCBI测序数据的上传流程。注意：请确保读完整个文档再开始上传数据，切记！！
最新 NCBI 上传测序数据教程 （图文详解）
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Baimoc
04-14 3万+
1、登录或注册用户 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 2、进入SRA 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ 向下滚动，找到Sequence Read Archive (SRA)工具，点击Submit 2、新建提交 3、按要求填写信息 4、使用ascp ascp -i /mnt/h/work/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/h/work/ncbi_upload/raw/ sub
怎么在pubmed上下载宏基因组数据
06-24
PubMed 是一个主要提供生物医学文献摘要和引用信息的数据库，本身并不直接存储或提供宏基因组数据的下载。然而，PubMed 提供了与 NCBI（美国国家生物技术信息中心）其他子数据库的链接，包括 SRA（Sequence Read Archive）和 GEO（Gene Expression Omnibus），这些数据库是存储宏基因组数据的主要来源[^1]。 以下是获取 PubMed 相关宏基因组数据的详细方法： ### 1. 使用 PubMed 找到相关文献 在 PubMed 中搜索与宏基因组相关的研究论文。通过阅读摘要或全文，找到论文中提到的宏基因组数据存储位置。通常，论文会提供数据的访问编号（如 SRA 编号、GEO 编号等）。例如： - SRA 数据库的编号格式为 `SRRXXXXX` 或 `SRPXXXXX`。 - GEO 数据库的编号格式为 `GSEXXXXX` 或 `GPLXXXXX`。 ### 2. 从 SRA 或 GEO 下载数据 #### （1）从 SRA 下载宏基因组数据 如果论文提供了 SRA 编号，可以通过以下步骤下载数据： - 访问 [NCBI SRA 数据库](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)。 - 在搜索框中输入 SRA 编号（如 `SRRXXXXX`）。 - 进入数据页面后，点击“Send to”按钮，选择“File”选项以下载原始序列文件（通常是 `.sra` 格式）。 - 使用工具如 `fastq-dump` 将 `.sra` 文件转换为 `.fastq` 格式以便进一步分析[^2]。 ```bash # 安装 SRA 工具包 sudo apt-get install sra-toolkit # 转换 .sra 文件为 .fastq 文件 fastq-dump --gzip --split-files SRRXXXXX.sra ``` #### （2）从 GEO 下载宏基因组数据 如果论文提供了 GEO 编号，可以通过以下步骤下载数据： - 访问 [NCBI GEO 数据库](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)。 - 在搜索框中输入 GEO 编号（如 `GSEXXXXX`）。 - 进入数据页面后，下载提供的数据文件（通常是 `.txt` 或 `.gz` 格式）。 ### 3. 使用 Python 或 R 自动化下载 #### （1）Python：利用 Biopython 和 Entrez 库 可以使用 Biopython 的 `Entrez` 模块检索 PubMed 文献，并进一步获取相关数据链接。 ```python from Bio import Entrez, SeqIO # 设置邮箱以满足 NCBI 的要求 Entrez.email = "your_email@example.com" # 搜索 PubMed 文献 handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="metagenomics", retmax=10) record = Entrez.read(handle) handle.close() # 获取文献 ID 列表 pmid_list = record["IdList"] # 下载文献摘要 for pmid in pmid_list: handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid, rettype="abstract", retmode="text") abstract = handle.read() print(f"PMID: {pmid}\nAbstract: {abstract}") handle.close() ``` #### （2）R：利用 easyPubMed 包 可以使用 R 的 `easyPubMed` 包进行类似的操作。参考学习指南：[https://cran.r-project.org/web/packages/easyPubMed/vignettes/getting_started_with_easyPubMed.html][^3]。 ### 4. 文件格式与处理 - **SRA 格式**：原始数据文件格式为 `.sra`，需要使用 `fastq-dump` 转换为 `.fastq` 格式。 - **FASTQ 格式**：适用于大多数宏基因组数据分析工具（如 QIIME、MEGAHIT 等）。 - **TXT/GZ 格式**：通常用于表达谱数据或其他注释信息。 ---
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