R语言|GO富集分析

最新推荐文章于 2024-12-09 12:11:33 发布

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本文介绍了使用R语言进行GO富集分析的过程，包括利用clusterProfiler、org.Hs.eg.db、enrichplot和GOplot包进行数据转换、功能富集及差异圈图、聚类圈图的绘制，提供了数据链接和详细步骤。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

GO富集分析 —— 差异圈图、聚类圈图

一、数据链接
链接: https://pan.baidu.com/s/1PPUW5YyJHjwxvkjmMi0Vtw?pwd=c9s8
提取码: c9s8

二、安装包介绍
clusterProfiler包：功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。
org.Hs.eg.db包：转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换。
enrichplot包：实现多种可视化方法来解释富集结果。
GOplot：功能富集绘图。

三、绘图
1、安装加载包

#安装包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
BiocManager::install("DOSE")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("enrichplot")
install.packages("colorspace")
install.packages("stringi")
install.packages("ggplot2")
install.packages("digest")
install.packages("GOplot")
#加载包
library(clusterProfiler)
library