GO富集分析 —— 差异圈图、聚类圈图
一、数据链接
链接: https://pan.baidu.com/s/1PPUW5YyJHjwxvkjmMi0Vtw?pwd=c9s8
提取码: c9s8
二、安装包介绍
clusterProfiler包:功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。
org.Hs.eg.db包:转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID,symbol等之间的转换。
enrichplot包:实现多种可视化方法来解释富集结果。
GOplot:功能富集绘图。
三、绘图
1、安装加载包
#安装包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
BiocManager::install("DOSE")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("enrichplot")
install.packages("colorspace")
install.packages("stringi")
install.packages("ggplot2")
install.packages("digest")
install.packages("GOplot")
#加载包
library(clusterProfiler)
library