蛋白质结构预测与铁卟啉分子电子结构计算研究
1. 蛋白质结构预测在 CLUSTERIX 网格上的应用
1.1 计算方法与架构扩展
蛋白质三维结构预测使用 CSA 作为全局优化方法和 UNRES 力场,需要大量计算资源。CSA 算法适用于大规模并行计算,在本次研究中,它通过 MPICH - G2 工具扩展到了 CLUSTERIX 网格架构。通过主/从方法对 CSA 方法进行并行化时,去除了大部分同步步骤,这使得它在像 CLUSTERIX 这样的分层架构上也能表现良好,极大地提高了可扩展性。在分层架构中,一些工作节点与主节点之间较慢的通信只会略微降低代码的效率。
1.2 基准模拟结果
| 集群组合 | 处理器数量 p | 执行时间 [s] |
|---|---|---|
| TASK | 2 | 5394 |
| TASK | 4 | 1752 |
| TASK | 8 | 767 |
| TASK | 12 | 476 |
| TASK | 16 | 351 |
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