HDU 1080 最长公共子序列变形

最新推荐文章于 2020-05-28 14:18:17 发布

vsooda

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动态规划

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本文介绍了一种基于动态规划的DNA序列比对算法，并通过C++代码详细展示了其实现过程。该算法能够处理带有间隙的序列，通过构建动态规划矩阵来找出两个DNA序列之间的最大相似度。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

要注意i，j的下标是从1开始到n, m

在编码过程中，刚开始一直出错，后来发现初始少了两句

for(int i = 1; i <= n; i++)
dp[i][0] = dp[i-1][0] + r[a[i-1]][4];
for(int i = 1;i <= m; i++)
dp[0][i] = dp[0][i-1] + r[4][b[i-1]];

#include <iostream>
using namespace std;

const int N = 101;
int dp[N][N];

int max(int a, int b)
{
	if(a > b)
		return a;
	else
		return b;
}
int main()
{
	int  t; 
	cin >> t;
	int r[5][5] = {  {5, -1, -2, -1, -3},
						{-1, 5, -3, -2, -4},
						{-2, -3, 5, -2, -2},
						{-1, -2, -2, 5, -1},
						{-3, -4, -2, -1, 0}	};
	while(t--)
	{
		char str1[N], str2[N];
		int a[N], b[N];
		int n, m;
		cin >> n;
		cin >> str1;
		cin >> m;
		cin >> str2;
		for(int i = 0; i < n; i++)
		{
			switch(str1[i])
			{
			case 'A':
				a[i] = 0; break;
			case 'C':
				a[i] = 1; break;
			case 'G':
				a[i] = 2; break;
			case 'T':
				a[i] = 3; break;
			case '-':
				a[i] = 4; break;
			default:
				a[i] = 0;
			}
		}

		for(int i = 0; i < m; i++)
		{
			switch(str2[i])
			{
			case 'A':
				b[i] = 0;
				break;
			case 'C':
				b[i] = 1; break;
			case 'G':
				b[i] = 2; break;
			case 'T':
				b[i] = 3; break;
			case '-':
				b[i] = 4; break;
			default:
				b[i] = 0;
			}
		}
	//预处理完毕
	//开始最长公共子序列

		memset(dp, 0, sizeof(dp));
		for(int i = 1; i <= n; i++)
			dp[i][0] = dp[i-1][0] + r[a[i-1]][4];
		for(int i = 1;i <= m; i++)
			dp[0][i] = dp[0][i-1] + r[4][b[i-1]];
		for(int i = 1; i <= n; i++)
		{
			for(int j = 1; j <= m; j++)
				dp[i][j] = max(dp[i-1] [j-1] + r[a[i-1]][b[j-1]], max(dp[i][j-1] + r[4][b[j-1]], dp[i-1][j] + r[a[i-1]] [4]));
		}
		cout << dp[n][m] << endl;
	}
	return 0;
}