洛谷 1140 相似基因#线性动态规划#

最新推荐文章于 2024-02-05 21:40:57 发布

lemondinosaur

最新推荐文章于 2024-02-05 21:40:57 发布

阅读量290

点赞数

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏：线性dp 文章标签：洛谷 1140 相似基因

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/sugar_free_mint/article/details/79352836

线性dp 专栏收录该内容

99 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一种基于动态规划的基因序列比对算法，通过定义状态转移方程来计算两个基因序列之间的最大相似度。该算法考虑了匹配、错配及插入删除操作的成本。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

题目

规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

分析

状态转移方程：
$f [i] [j] = m a x (f [i - 1] [j] + [j] [-], f [i] [j - 1] + [i] [-], f [i - 1] [j - 1], [i] [j])$

代码

#include <cstdio>
#include <cstring>
#include <algorithm>
using namespace std;
const int tab[5][5]={{5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};
char s1[101],s2[101]; int a[101],b[101],f[101][101],l1,l2;
int main(){
	scanf("%d %s\n%d %s",&l1,&s1,&l2,&s2);
	memset(f,-127,sizeof(f)); f[0][0]=0;
	for (int i=1;i<=l1;i++) //预处理
	  if (s1[i-1]=='A') a[i]=0;
 else if (s1[i-1]=='C') a[i]=1;
 else if (s1[i-1]=='G') a[i]=2;
 else if (s1[i-1]=='T') a[i]=3;
    for (int i=1;i<=l2;i++) 
	  if (s2[i-1]=='A') b[i]=0;
 else if (s2[i-1]=='C') b[i]=1;
 else if (s2[i-1]=='G') b[i]=2;
 else if (s2[i-1]=='T') b[i]=3;
    for (int i=1;i<=l1;i++) f[i][0]=f[i-1][0]+tab[a[i]][4];//特殊处理
    for (int i=1;i<=l2;i++) f[0][i]=f[0][i-1]+tab[b[i]][4];
    for (int i=1;i<=l1;i++)
    for (int j=1;j<=l2;j++)
    f[i][j]=max(f[i][j-1]+tab[b[j]][4],max(f[i-1][j]+tab[a[i]][4],f[i-1][j-1]+tab[a[i]][b[j]]));//状态转移方程
    printf("%d",f[l1][l2]);
    return 0;
}