19、基因组重排系统发育模式探索与快速准确的系统发育重建

基因组重排系统发育模式探索与快速准确的系统发育重建

1. 基因组重排数据模拟

在研究中，使用了单环形染色体且包含200个基因的基因组进行实验。设定边长度e1和e2表示随机反转的数量。
- 第一组数据中，e1和e2的值在5、10、20、30和40之间变化。
- 第二组数据为研究短内部边的影响，让e1取非常短的长度（1、2、3、4和5），e2取值为5、10、20、30、40、50和60。
为每个参数组合生成1000个数据集，总共生成了55000个模拟数据集。由于使用的基因组规模，每个数据集的系统发育推断能在几秒内完成。

2. 不同推断方法的准确性比较

比较了五种系统发育推断方法（ˆTMCA、ˆTCA、ˆTGASTS、ˆTBP和ˆTDCJ）在第一组数据上的准确性。采用严格标准计算准确性，即只有当真实拓扑结构作为唯一结果给出时，该方法的推断才被认为是正确的。

e1	e2	ˆTMCA	ˆTCA	ˆTGASTS	ˆTBP	ˆTDCJ
5	5	100	100	100	99.9	99.7
5