16S聚类OTU

QIIME+USearch 组合定制的16S分析流程

##  1 转换 USearch的要求的格式

# Usearch要求的格式  
### >sample_num;barcodelabel=sample
>BA2_1;barcodelabel=BA2    
CCTGTTCGATACCCGCACTTTCGTGC

 ##  1 转换 QIIME的要求的格式

##QIIME的要求格式
### >sample_num 
>BA2_1
CCTGTTCGATACCCGCAC

## 2 去冗余序列

usearch10   -fastx_uniques （去冗余命令）

usearch10 -fastx_uniques usearch_input.fa --fastaout usearch_unique.fa -minuniquesize 2 --sizeout

简要说明：
    -fastaout接输出文件；
    -minuniquesize参数设置保留的最小丰度reads数，建议最小设置为2，去掉所有的单次出现序列        (singletons)，数据量大建议设置总数据量的百万分之一并取整数部分
    -sizeout 在序列名称中添加序列出现的频率

##3 聚类

usearch10 -cluster_otus （聚类命令）

usearch10 -cluster_otus usearch_unique.fa -otus otus_chimera.fa -relabel OTU_ -uparseout results.txt

简要说明：
    -otus     输出的otu文件的fasta格式；
    -uparseout    输出聚类的具体细节
    -relabel    Otu为重命名序列以Otu起始