pair_style command — LAMMPS documentation
语法
pair_style style args
示例
pair_style lj/cut 2.5
pair_style eam/alloy
pair_style hybird lj/charm/coul/long 10.0 eam
pair_style none
说明
这个命令设置 LAMMPS 计算对相互作用的计算公式。在LAMMPS中,对势被定义为在截断半径内的原子对之间,并且这个集合通常随时间而变化。这一点和成键原子对之间的作用不同(由 bond_style 定义成键势函数),成键原子对集合通常不会随模拟发生变化。
在LAMMPS中,对势力场包含各种相互作用,其中甚至一些包括多体效应,例如EAM, Stillinger-Weber, Tersoff, REBO势。这些多体势仍然被归类为对势,因为相互作用的原子集随着时间的推移而变化(不像成键相互作用),仍然使用邻居列表来寻找附近的相互作用原子。
在混合模型(hybrid)中,可以指定不同类型的原子对之间使用不同的对势函数。
对势(pair_style)相关的参数通常由 pair_coeff 命令指定或者使用 read_data、read_restart 命令从文件中读取。
pair_modify命令在 LAMMPS中用于设置原子对之间相互作用系数的混合规则以及为 Lennard-Jones势添加能量偏移(势函数作用强度从截断半径处逐渐过渡到 0)或尾部修正(尾部修正是分子动力学模拟中用于弥补截断距离引入误差的一种技术,为能量和压力进行修正)。关于这些选项如何适用于各个势函数的详细信息,可以在相应势函数的文档页面中找到。同样,关于势函数信息是否存储在重启文件中的信息,也会在势函数的文档页面中列出。
在列出的每种对势(pair style)的公式中,E 表示两个原子之间在距离 r 下的成对相互作用能量。原子之间的力是该能量表达式对距离 r 的负导数。
如果 pair_style 命令带有截断距离(cutoff)参数,它会为所有原子类型对设置全局截断距离。该距离可以小于或大于模拟盒子的尺寸。
在许多情况下,pair_coeff 可以为特定的原子类型对覆盖全局截断距离值。如果指定了一个新的 pair_style 命令并使用了相同的样式,所有之前的 pair_coeff 和 pair_modify 命令设置将被清除;如果需要,这些命令必须重新指定。如果指定了一个新的 pair_style 命令 并使用了相同的样式,则仅重置该命令中的全局设置。任何之前的pair_coeff 和 pair_modify 命令设置将被保留。唯一例外的是,如果 pair_style 命令中全局截断距离被修改,它将覆盖之前任何 pair_modify 命令 中对应的截断距离。
不遵循此规则的两个对势样式是 pair_style table 和 hybird 命令。新的 pair_style 命令将清除所有之前指定的 pair_coeff 和 pair_modify 设置,包括 hybrid 命令的子样式。
以下是 LAMMPS 中的对势字母顺序表,它们也以更紧凑的形式列在 Commands pair 文档页面上。LAMMPS 发行版中还包含了一些加速的对势样式,以在 CPU、GPU 和 KNL 上实现更快的性能。Commands pair 文档页面上的各个样式名称后面会跟随一个或多个 (g,i,k,o,t) 字母,以指示存在哪些加速样式。
以下是对势样式的简要说明:
- none - 关闭对势作用
- hybird - 多种对势作用混用
- hybird/molecular - 分子内和分子间不同的对势样式
- hybird/overlay - 多种叠加的成对相互作用样式
- hybrid/scaled - 多种缩放的叠加成对相互作用样式
- zero - 邻居列表但无相互作用
- adp - Mishin 的角依赖势 (ADP)
- agni - AGNI 机器学习势
- aip/water/2dm - 2D 几何中水的各向异性界面势
- airebo - Stuart 的 AIREBO 势
- airebo/morse - 用 Morse 势替代 LJ 的 AIREBO
- amoeba -
- atm - Axilrod-Teller-Muto 势
- awpmd/cut - 原子和电子的反对称波包 MD 势
- beck - Beck 势
- body/nparticle - 体粒子之间的相互作用
- body/rounded/polygon - 2D 多边形的颗粒势
- body/rounded/polyhedron - 3D 多面体的颗粒势
- bop - Pettifor 的 BOP 势
- born - Born-Mayer-Huggins 势
- born/coul/dsf - 带阻尼移位力模型的 Born 势
- born/coul/dsf/cs - 带阻尼移位力和核/壳模型的 Born 势
- born/coul/long - 带长程库仑的 Born 势
- born/coul/long/cs - 带长程库仑和核/壳模型的 Born 势
- born/coul/msm - 带长程 MSM 库仑的 Born 势
- born/coul/wolf - 带 Wolf 库仑的 Born 势
- born/coul/wolf/cs - 带 Wolf 库仑和核/壳模型的 Born 势
- born/gauss - Born-Mayer / 高斯势
- bpm/spring - 带阻尼的排斥谐波力
- brownian - 快速润滑动力学的布朗势
- brownian/poly - 多分散性的快速润滑动力学布朗势
- buck - Buckingham 势
- buck/coul/cut - 带截断库仑的 Buckingham 势
- buck/coul/long - 带长程库仑的 Buckingham 势
- buck/coul/long/cs - 带长程库仑和核/壳模型的 Buckingham 势
- buck/coul/msm - 带长程 MSM 库仑的 Buckingham 势
- buck/long/coul/long - 带长程库仑的长程 Buckingham 势
- buck/mdf - 带锥形函数的 Buckingham 势
- buck6d/coul/gauss/dsf - 带阻尼移位力模型的色散阻尼 Buckingham 势
- buck6d/coul/gauss/long - 带长程库仑的色散阻尼 Buckingham 势
- colloid - 集成的胶体势
- comb - 电荷优化多体 (COMB) 势
- comb3 - 电荷优化多体 (COMB3) 势
- cosine/squared - Cooke-Kremer-Deserno 膜模型势
- coul/ctip - 电荷转移原子间 (库仑) 势
- coul/cut - 截断库仑势
- coul/cut/dielectric -
- coul/cut/global - 全局截断库仑势
- coul/cut/soft - 带软核的库仑势
- coul/debye - 带德拜屏蔽的截断库仑势
- coul/diel - 带介电常数的库仑势
- coul/dsf - 带阻尼移位力模型的库仑势
- coul/exclude - 排除对的库仑势减法
- coul/long - 长程库仑势
- coul/long/cs - 带核/壳模型的长程库仑势
- coul/long/dielectric -
- coul/long/soft - 带软核的长程库仑势
- coul/msm - 长程 MSM 库仑势
- coul/slater/cut - 平滑库仑势
- coul/slater/long - 长程平滑库仑势
- coul/shield - 用于 ilp/graphene/hbn 势的氮化硼库仑势
- coul/streitz - 通过 Streitz/Mintmire Slater 轨道的库仑势
- coul/tt - 用于 Drude 偶极子的阻尼电荷-偶极子库仑势
- coul/wolf - 通过 Wolf 势的库仑势
- coul/wolf/cs - 带核/壳调整的 Wolf 库仑势
- dispersion/d3 - 从 DFT 泛函导出的势的色散校正
- dpd - 耗散粒子动力学 (DPD)
- dpd/coul/slater/long - 带静电相互作用的耗散粒子动力学 (DPD)
- dpd/ext - DPD 的广义力场
- dpd/ext/tstat - 广义力场的成对 DPD 热力学
- dpd/fdt - 恒温恒压的 DPD
- dpd/fdt/energy - 恒能量和焓的 DPD
- dpd/tstat - 成对 DPD 热力学
- dsmc - 直接模拟蒙特卡罗 (DSMC)
- e3b - 显式三体 (E3B) 水模型
- drip - 二面角校正的层间依赖势 (DRIP)
- eam - 嵌入原子法 (EAM)
- eam/alloy - 合金 EAM
- eam/cd - 浓度依赖的 EAM
- eam/cd/old - 浓度依赖 EAM 的旧双位点模型
- eam/fs - Finnis-Sinclair EAM
- eam/he - 用于金属中氦的 Finnis-Sinclair EAM 修改版
- edip - 三体 EDIP 势
- edip/multi - 多元素 EDIP 势
- edpd - eDPD 粒子相互作用
- eff/cut - 带截断的电子力场
- eim - 嵌入离子法 (EIM)
- exp6/rx - 反应性 DPD 势
- extep - 扩展 Tersoff 势
- gauss - 高斯势
- gauss/cut - 广义高斯势
- gayberne - Gay-Berne 椭球势
- granular - 广义颗粒势
- gran/hertz/history - 带 Hertz 相互作用的颗粒势
- gran/hooke - 无历史效应的颗粒势
- gran/hooke/history - 带历史效应的颗粒势
- gw - Gao-Weber 势
- gw/zbl - 带 ZBL 排斥核的 Gao-Weber 势
- harmonic/cut - 仅排斥的谐波势
- hbond/dreiding/lj - DREIDING 氢键 LJ 势
- hbond/dreiding/lj/angleoffset - 带氢键角偏移的 DREIDING 氢键 LJ 势
- hbond/dreiding/morse - DREIDING 氢键 Morse 势
- hbond/dreiding/morse/angleoffset - 带氢键角偏移的 DREIDING 氢键 Morse 势
- hdnnp - 高维神经网络势
- hippo -
- ilp/graphene/hbn - 层间依赖势 (ILP)
- ilp/tmd - 过渡金属二硫化物 (TMD) 的层间势 (ILP)
- kim - KIM 项目提供的势的接口
- kolmogorov/crespi/full - 无简化的 Kolmogorov-Crespi (KC) 势
- kolmogorov/crespi/z - 沿 z 轴法线的 Kolmogorov-Crespi (KC) 势
- lcbop - 长程键序势 (LCBOP)
- lebedeva/z - 沿 z 轴法线的 Lebedeva 石墨烯层间势
- lennard/mdf - 带锥形函数的 LJ 势
- lepton - 通过字符串评估的成对势
- lepton/coul - 支持电荷的字符串评估成对势
- lepton/sphere - 支持半径的字符串评估成对势
- line/lj - 线段之间的 LJ 势
- list - 输入文件中明确列出的原子对之间的势
- lj/charmm/coul/charmm - 带截断库仑的 CHARMM 势
- lj/charmm/coul/charmm/implicit - 隐式溶剂的 CHARMM 势
- lj/charmm/coul/long - 带长程库仑的 CHARMM 势
- lj/charmm/coul/long/soft - 带长程库仑和软核的 CHARMM 势
- lj/charmm/coul/msm - 带长程 MSM 库仑的 CHARMM 势
- lj/charmmfsw/coul/charmmfsh - 带力切换和移位的 CHARMM 势
- lj/charmmfsw/coul/long - 带力切换和长程库仑的 CHARMM 势
- lj/class2 - 无库仑的 COMPASS (class 2) 力场
- lj/class2/coul/cut - 带截断库仑的 COMPASS 势
- lj/class2/coul/cut/soft - 带截断库仑和软核的 COMPASS 势
- lj/class2/coul/long - 带长程库仑的 COMPASS 势
- lj/class2/coul/long/cs - 带长程库仑和核/壳调整的 COMPASS 势
- lj/class2/coul/long/soft - 带长程库仑和软核的 COMPASS 势
- lj/class2/soft - 带软核的无库仑 COMPASS (class 2) 力场
- lj/cubic - 拐点后立方的 LJ 势
- lj/cut - 无库仑的截断 Lennard-Jones 势
- lj/cut/coul/cut - 带截断库仑的 LJ 势
- lj/cut/coul/cut/dielectric -
- lj/cut/coul/cut/soft - 带截断库仑和软核的 LJ 势
- lj/cut/coul/debye - 带德拜屏蔽的 LJ 势
- lj/cut/coul/debye/dielectric -
- lj/cut/coul/dsf - 带阻尼移位力模型的 LJ 势
- lj/cut/coul/long - 带长程库仑的 LJ 势
- lj/cut/coul/long/cs - 带长程库仑和核/壳调整的 LJ 势
- lj/cut/coul/long/dielectric -
- lj/cut/coul/long/soft - 带长程库仑和软核的 LJ 势
- lj/cut/coul/msm - 带长程 MSM 库仑的 LJ 势
- lj/cut/coul/msm/dielectric -
- lj/cut/coul/wolf - 带 Wolf 库仑的 LJ 势
- lj/cut/dipole/cut - 带截断的点偶极子势
- lj/cut/dipole/long - 带长程 Ewald 的点偶极子势
- lj/cut/soft - 带软核的 LJ 势
- lj/cut/sphere - 使用原子半径作为 LJ sigma 的 LJ 势
- lj/cut/thole/long - 带 thole 阻尼的库仑 LJ 势
- lj/cut/tip4p/cut - 用于 TIP4P 水的截断库仑 LJ 势
- lj/cut/tip4p/long - 用于 TIP4P 水的长程库仑 LJ 势
- lj/cut/tip4p/long/soft - 带软核的 TIP4P 水长程库仑 LJ 势
- lj/expand - 可变尺寸粒子的 Lennard-Jones 势
- lj/expand/coul/long - 带长程库仑的可变尺寸粒子 LJ 势
- lj/expand/sphere - 使用原子半径作为 delta (尺寸) 的可变尺寸 LJ 势
- lj/gromacs - GROMACS 风格的 Lennard-Jones 势
- lj/gromacs/coul/gromacs - GROMACS 风格的 LJ 和库仑势
- lj/long/coul/long - 长程 LJ 和长程库仑势
- lj/long/coul/long/dielectric -
- lj/long/dipole/long - 长程 LJ 和长程点偶极子势
- lj/long/tip4p/long - 用于 TIP4P 水的长程 LJ 和长程库仑势
- lj/mdf - 带锥形函数的 LJ 势
- lj/relres - 使用多尺度相对分辨率 (RelRes) 方法的 LJ 势
- lj/spica - SPICA 粗粒化的 LJ 势
- lj/spica/coul/long - 带长程库仑的 SPICA 粗粒化 LJ 势
- lj/spica/coul/msm - 带长程 MSM 库仑的 SPICA 粗粒化 LJ 势
- lj/sf/dipole/sf - 带移位力的 LJ 和偶极子相互作用
- lj/smooth - 平滑的 Lennard-Jones 势
- lj/smooth/linear - 线性平滑的 LJ 势
- lj/switch3/coulgauss/long - 带高斯静电的平滑 LJ vdW 势
- lj96/cut - Lennard-Jones 9/6 势
- local/density - 广义基本局部密度势
- lubricate - 流体润滑力
- lubricate/poly - 多分散性的流体润滑力
- lubricateU - 快速润滑动力学的流体润滑力
- lubricateU/poly - 多分散性的快速润滑动力学流体润滑力
- mdpd - mDPD 粒子相互作用
- mdpd/rhosum - 质量密度的 mDPD 粒子相互作用
- meam - 修改的嵌入原子法 (MEAM)
- meam/ms - 多状态修改的嵌入原子法 (MS-MEAM)
- meam/spline - 样条版本的 MEAM
- meam/sw/spline - 带 Stillinger-Weber 项的样条版本 MEAM
- mesocnt - (碳) 纳米管的介观 vdW 势
- mesocnt/viscous - 带摩擦的 (碳) 纳米管介观 vdW 势
- mgpt - 简化的广义赝势理论 (MGPT) 势
- mie/cut - Mie 势
- mliap - 多种机器学习势样式
- mm3/switch3/coulgauss/long - 带高斯静电的平滑 MM3 vdW 势
- momb - 多体金属-有机 (MOMB) 力场
- morse - Morse 势
- morse/smooth/linear - 线性平滑的 Morse 势
- morse/soft - 带软核的 Morse 势
- multi/lucy - 密度依赖力的 DPD 势
- multi/lucy/rx - 密度依赖力的反应性 DPD 势
- nb3b/harmonic - 非键合三体谐波势
- nb3b/screened - 非键合三体屏蔽谐波势
- nm/cut - N-M 势
- nm/cut/coul/cut - 带截断库仑的 N-M 势
- nm/cut/coul/long - 带长程库仑的 N-M 势
- nm/cut/split - 分离的 12-6 Lennard-Jones 和 N-M 势
- oxdna/coaxstk -
- oxdna/excv -
- oxdna/hbond -
- oxdna/stk -
- oxdna/xstk -
- oxdna2/coaxstk -
- oxdna2/dh -
- oxdna2/excv -
- oxdna2/hbond -
- oxdna2/stk -
- oxdna2/xstk -
- oxrna2/coaxstk -
- oxrna2/dh -
- oxrna2/excv -
- oxrna2/hbond -
- oxrna2/stk -
- oxrna2/xstk -
- pace - 原子簇扩展 (ACE) 机器学习势
- pace/extrapolation - 带外推等级的原子簇扩展 (ACE) 机器学习势
- pedone - Pedone (PMMCS) 势(非库仑部分)
- pod - 正交分解 (POD) 机器学习势
- peri/eps - 近场动力学 EPS 势
- peri/lps - 近场动力学 LPS 势
- peri/pmb - 近场动力学 PMB 势
- peri/ves - 近场动力学 VES 势
- polymorphic - 多态三体势
- python -
- quip -
- rann -
- reaxff - ReaxFF 势
- rebo - Brenner 的第二代 REBO 势
- rebomos - MoS2 的 REBOMoS 势
- rheo - RHEO 包中的流体相互作用
- rheo/solid - RHEO 包中的固体相互作用
- resquared - Everaers RE-Squared 椭球势
- saip/metal - 六方二维材料与金属表面形成的异质结的层间势
- sdpd/taitwater/isothermal - 等温条件下水的平滑耗散粒子动力学
- smatb - 紧束缚的第二矩近似
- smatb/single - 单元素系统的紧束缚第二矩近似
- smd/hertz -
- smd/tlsph -
- smd/tri_surface -
- smd/ulsph -
- smtbq -
- snap - SNAP 机器学习势
- soft - 软(余弦)势
- sph/heatconduction -
- sph/idealgas -
- sph/lj -
- sph/rhosum -
- sph/taitwater -
- sph/taitwater/morris -
- spin/dipole/cut -
- spin/dipole/long -
- spin/dmi -
- spin/exchange -
- spin/exchange/biquadratic -
- spin/magelec -
- spin/neel -
- srp -
- srp/react -
- sw - Stillinger-Weber 三体势
- sw/angle/table - 带表格化角项的 Stillinger-Weber 势
- sw/mod - 修改的 Stillinger-Weber 三体势
- table - 表格化成对势
- table/rx -
- tdpd - tDPD 粒子相互作用
- tersoff - Tersoff 三体势
- tersoff/mod - 修改的 Tersoff 三体势
- tersoff/mod/c -
- tersoff/table -
- tersoff/zbl - Tersoff/ZBL 三体势
- thole - 带 thole 阻尼的库仑相互作用
- threebody/table - 通用表格化三体势
- tip4p/cut - 无 LJ 的 TIP4P 水库仑势
- tip4p/long - 无 LJ 的 TIP4P 水长程库仑势
- tip4p/long/soft -
- tracker - 监控成对相互作用信息
- tri/lj - 三角形之间的 LJ 势
- ufm -
- uf3 - UF3 机器学习势
- vashishta - Vashishta 二体和三体势
- vashishta/table -
- wf/cut - 短程相互作用的 Wang-Frenkel 势
- ylz - 各向异性相互作用的 Yuan-Li-Zhang 势
- yukawa - Yukawa 势
- yukawa/colloid - 有限尺寸粒子的屏蔽 Yukawa 势
- zbl - Ziegler-Biersack-Littmark 势
限制
在使用 pair_coeff、read_data 或 read_restart 命令设置任何系数之前,必须先使用此命令。
某些对势样式属于特定的包。只有在 LAMMPS 构建时启用了该包,这些样式才可用。有关更多信息,请参阅构建包页面。各个对势的文档页面会说明它是否属于某个包。