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RSS订阅原创 分子动力学后处理自编程系列（4）---氢键统计
氢键是一种特殊的静电作用，是除范德华力外的另一种分子间作用力，在小分子(水、离子溶液等)及聚合物(DNA、蛋白质、无机材料等) 的三维结构和特性方面起着重要作用。本程序利用LAMMPS输出的dump文件，统计水中氢键数量。
2023-03-16 17:18:23
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原创 分子动力学后处理自编程系列（3）---纳米颗粒外基液数密度分布
数密度分布同密度分布一样作为一种重要的结构描述参数，在微观研究方法中成为判断局部结构变化的重要手段。本程序利用LAMMPS输出的dump文件，目标在于计算基液原子在距离纳米颗粒表面d埃位置的数密度分布情况。
2022-10-14 19:28:59
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原创 分子动力学后处理自编程系列（2）------聚合物回转半径
回转半径作为一种重要的结构表征方法，在微观研究方法中成为确定聚合物或蛋白质形态及大小的重要手段。目前对回转半径计算的后处理软件比较少，本程序可助力快速实现Rg计算。本程序的主要表现在：💖：dump文件（包含Type、mol-ID以及x，y，z）💖：程序思路清晰，可根据自己需求在本程序基础上进行修改实现特性需求计算，特别是针对聚合物以及蛋白质分子等复杂结构。
2022-09-02 09:22:51
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原创 分子动力学后处理自编程系列（1）---角分布函数
键角分布函数作为一种重要的结构表征方法，在微观研究方法中成为确定物质结构演化规律以及拓扑结构状态的重要手段。虽然现有分子动力学后处理软件及程序包大都有键角分布函数计算的功能，但ADF的计算依旧存在一些问题，**主要表现在：**（1）操作简单的软件功能有限，不能满足需求；（2）部分软件ADF计算非常不准确；（3）能实现特点结构计算的程序包使用起来复杂，大都需要python一顿改，对新手不友好。
2022-07-21 21:09:33
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原创 分子动力学单位转换网站及力场查找网站
分子动力学单位转换网站及力场查找网站一、单位转换网站1、[能量单位转换网站](https://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html)2、国内某大神的[在线计算兼单位转换器](https://jerkwin.github.io/gmxtools/calc/calc.html)二、力场查询网站1、[LJ力场查找网站](https://lammpstube.com/mdpotentials/)2、[中科大（USTB）的力场资源网站](http://apot.mged
2022-04-13 20:37:35
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原创 MD动图汇总（持续更）
MD动图汇总（持续更）1、头像2、退火过程温度变化3、******ing查阅文献时不难发现好的论文中的图片或者动图或者视频都有很强的美感，而MD仿真的后处理可以做出非常多好看的动图，就像Rocky所说，MD仿真中30%用来计算，剩下70%用来后处理。依据平时的一些计算案例学习数据处理方法，分享一些比较有意思的动图，有新图会持续更新。1、头像2、退火过程温度变化3、******ing...
2022-04-12 21:13:09
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原创 lammps运行命令行中输入变量并在MATLAB中读取log文件绘图
lammps运行命令行中输入变量并在MATLAB中读取log文件绘图1、说明部分(1) in文件中参数输出(2) MATLAB中变量查找2、in文件3、matlab代码使用lammps开展模拟时，有时候我们仅想修改某一个变量并对比该变量对计算结果的影响，为了避免频繁的修改in文件，可以使用variable loop、next、jump等命令开展循环计算，也可以通过matlab循环向lammps运行命令行中输入in文件中需要修改的参数，前一种方法在之前写的文章中都已有应用，详细介绍可以参考博客《Lammp
2022-04-11 17:18:39
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原创 MS中Perl脚本实现原子随机掺杂(或生成空位)
以Au与Pt按一定比例随机掺杂建立混合模型为例，注意思路是Au中原子被Pt取代，初始模型皆是从MS模型库中导入的，脚本使用时仅需做少量更改即可。
2022-03-29 11:05:55
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原创 lammps建模之粒子填充纳米颗粒外部空间
lammps建模之粒子填充纳米颗粒外部空间本次内容为lammps建模练习，下方两个基底为石墨烯，纳米颗粒为Cu，黄色为填充粒子，参数随意设置的，建模过程仅供参考。dimension 3units metalatom_style atomicboundary p p s# 定义boxregion box block 0 100 0 100 0 90 units boxcreate_box 4 boxlattice custom 2.4768 a1 1.0
2022-03-28 22:51:35
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原创 ubuntu 20.04安装moltemplate
ubuntu 20.04安装moltemplate1、准备工作2、先下载moltemplate3、安装4、安装测试5、结语尽管在之前的文章《 Win下moltemplate安装步骤》中介绍了如何在Win下安装moltemplate，但是很多人遇到安装成功后运行闪退的情况，我用其他电脑尝试了很多方法也没有解决，还是建议大家用linux下的吧。可以在win10下安装一个ubuntu子系统，也可以搞一个虚拟机，安装过程以上两种linux形式都适用，本次安装是在虚拟机上。1、准备工作moltemplate是一
2022-03-23 22:10:13
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原创 5种方法计算均方位移MSD
5种方法计算均方根位移MSD（1）lammps计算（2）VMD计算（3）OVITO计算（4）ISAACS软件计算（5）自编程计算在统计力学中，均方位移（MSD，均方位移或均方波动）是粒子随时间移动后的位置相对于参考位置的偏差的量度。它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散，或者对流力是否也在起作用。
2022-03-09 20:43:00
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原创 ISAACS结构轨迹后处理程序安装
ISAACS结构轨迹后处理程序安装1、软件可计算内容2、win10 64-bit3、ubuntu 17.101、软件可计算内容一、X射线或中子散射数据二、径向分布函数 Radial distribution functions g®总径向分布函数total RDFs for neutrons and X-rays偏径向分布函数partial RDFsB-T径向分布函数Bathia–Thornton RDFs三、结构因子Structure factors S(q)总结构因子
2022-02-19 21:37:42
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原创 C C++ Toolset ( gcc g++ gdb )安装以及VScode环境配置
C C++ Toolset ( gcc g++ gdb )安装以及VScode环境配置详细，有手就行！
2022-01-23 22:55:19
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原创 六维一体挑战7天抢冲SCI
1、文献搜索神器Connected Papers2、语法校验神器 Grammarly3、润色神器 Quillbot4、文献引用神器 Mendeley reference manager5、在线latex编译神器 Overleaf6、查重神器 Turnitin
2021-12-15 15:19:00
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原创 Fluent非稳态工况模拟中固定时间步数据输出
Fluent非稳态工况模拟中固定时间步数据输出1. 在fluent操作界面中，双击解决方案中的报告定义（report definitions）2. 弹出的界面中，点击new后选择需要进行报告的数据类型。弹出的界面中，1中可以改变报告定义的名称，2中可设置变量的种类，3中设置进行计算的表面，4中勾选报告文件后会自动生成一个报告文件。3. 双击监控器(monitors)下报告文件中刚生成的报告文件，在弹出的界面中可以设置报告文件的名称，点击文件名后的浏览设置报告文件的存储位置，每...获取数据后的输入框中可以手
2021-11-21 22:26:52
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原创 Tecplot-数据导入到云图输出
Tecplot-数据导入到输出1、导入FLUENT数据2、调整坐标轴3、查看云图4、添加流线5、导出图像通过Tecplot可以对FLUENT软件仿真结果进行后处理，更高效地作图，简单的模拟结果云图作图方法如下：1、导入FLUENT数据打开Tecplot软件，在工具栏File栏中选择Load Data，如图所示找到FLUENT数据存放的位置，选中要处理的.cas文件和.dat文件，点击Open按钮FLUENT数据被成功导入，图形区默认显示的是几何形状*注1：数据多次导入若一次数据没有勾选完，
2021-11-21 20:14:05
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原创 晶体知识笔记
晶体知识笔记1. 晶体相关概念2. 晶向与晶面3. 立方系统中晶向与晶面判断1. 晶体相关概念1、点阵（Lattice）：将晶体中原子排列的结构看作是三维空间中的几何点2、晶胞（unit cell）：晶体最小可重复单元3、晶胞参数：a，b，c定义晶胞大小；α，β，γ定义晶胞形状4、常见晶体结构及结构特点：（1）面心立方FCC（Face centered cubic）：六个面的面心各有一个原子，立方体的八个顶点有一个原子。由立方体的八个顶点到三个最近邻的面心引三个基矢a1，a2，a3，则原胞的体
2021-11-15 22:21:35
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原创 Solidwork三维模型填充原子建立MD模型
Solidwork三维模型导入lammps前言一、atomsk软件下载二、3D模型导入1.Solidwork建立模型2.建立铝块3.铝块切割4.补充总结前言使用软件： Solidworks； atomsk；描述： 在 Atomsk 中，可以从 STL 文件中读取 3-D 形状，并选择该 3-D 形状内部（或外部）的原子。然后，可以去除这些原子，或者替换原子以形成复杂的3D模型。简单模型可以直接用众多的建模软件建模，如果是根据复杂的 3-D 形状选择原子，那么本教程可能会有用。一、atomsk
2021-11-11 22:52:07
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原创 LAMMPS单位转换
LAMMPS单位转换1、real to SI2、metal to SI1、real to SIvariable KB equal 1.989e-3 # [Kcal/mol/K] Boltzmannvariable atm2Pa equal 1.013e5 #压力转换（1atm=1.013e5Pa）variable A2m equal 1.0e-10variable fs2s equal 1.0e-15variable Kcal/mol2J equal 6.95e-2
2021-11-06 18:35:46
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原创 SciencePlots安装及使用报错问题解决
SciencePlots安装及使用报错问题解决配置python 3.8.5anacondaspyder 4spyder编辑器有很好的的图形界面，所绘制图形直观反馈在界面中，终端和pycharm运行python绘图则需要plot后才会有图像显示。因此，个人习惯使用Spyder。1、SciencePlots安装（1）SciencePlots工具包需要提前安装好Latex，之前使用过latex的忽略，建议官网下载并安装miktex链接: link.这一步非常重要，在conda中安装latex不行
2021-11-04 16:06:37
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原创 NEMD方法计算热导率之langevin控温法
NEMD方法计算热导率之langevin控温法热导率反映物质的热传导能力，是影响材料热传输性质的关键参数，在纳米流体、相变材料等领域都需要对新型材料的热导率进行深入的研究。近代的观点把这种能量传输归因于原子运动导致的晶格波造成的。在非导体中，能量传输只依靠晶格波进行；在导体中（比如 银、铁），除了晶格波还有自由电子的平移运动。Lammps一般计算的是晶格振动产生的声子热导率贡献，计算方法有EMD、NEMD以及RNEMD方法，NEMD又可分为加减能量法以及固定温度法，由于固定温度法操作简单，易于理解，因此这
2021-11-02 09:00:43
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原创 lammps绘制温度云图
lammps绘制温度云图1 命令2 origin绘图1 命令compute 1 all chunk/atom bin/2d x lower 0.05 z lower 0.05 units reduced discard yes #X,Z方向分为20块compute 2 all temp/chunk 1 temp com yes #去除chunk质心速度的温度fix 1
2021-09-23 11:17:45
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原创 lammps学习总结3
lammps学习总结31、质子交换膜 当量质量（equivalent weight）如何理解？2、MS中AC模块number of configuration 是什么意思？3、LAMMPS命令pair_style table4、lammps中几何平均混合规则和算数平均计算规则5、LJ势函数的两种形式以及非标准形式向标准形式推导6、错误：ERROR on proc 20: Neighbor list overflow, boost neigh_modify one (../npair_half_bin_new
2021-09-16 21:22:21
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hypermesh教程-二维模型建立并完成网格划分-手把手教学！超详细！
2021-11-22
空空如也
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