fastp—数据过滤&质控

最新推荐文章于 2025-05-12 17:06:59 发布

cj_smiling

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fastp是一款集成了数据过滤和质控的工具，适用于illumina测序数据。它可以进行质量过滤、长度过滤、低复杂度过滤、adapter修剪、polyX去除以及UMI处理。fastp在速度和功能上优于cutadapt，但参数设置相对复杂，且输出文件名需手动更改。相较于fastqc，fastp在某些统计和报告展示上存在差异，但能提供更高效的处理速度。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

一、fastp的安装及使用
1）conda安装：conda install fastp
2）源代码安装：软件下载地址 https://github.com/OpenGene/fastp#get-fastp

#从GitHub下载源代码（也可下载后上传）
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
ubzip fastp-master.zip
cd fastp-master
#编译
make
sudo make install（需sudo权限）

二、常见用法
过滤
1）质量过滤 : -q/--qualified_quality_pherd 高于此值才算数，默认15；-u/--unquantified_percent_limit允许unqualified的碱基百分比，默认40%
2）长度过滤：长度过滤默认开启，可通过-L取消，-l/--length_required定义需要的最短长度，默认为15；--length_limit定义接受的最长长度，默认为0表示没有限制
3）低复杂度过滤：默认不开启，可通过-y开启，通过-Y定义过滤条件
Adapter
1）SE数据：-a
2）PE数据：--adapter_sequence指定read1的adapter序列 --adapter_sequence_r2指定read2的adapter序列；也可以--detect_adapter_for_pe开启illumina系列adapter自动检测