fastp：超快速的全功能FASTQ预处理器

fastp：超快速的全功能FASTQ预处理器

fastp An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/fastp

项目基础介绍和主要编程语言

fastp 是一个开源的FASTQ文件预处理工具，旨在提供快速且全面的数据预处理功能。该项目由OpenGene团队开发，主要使用C++语言编写，支持多线程处理，以确保高性能和效率。

项目核心功能

fastp的核心功能包括：

1. 质量控制（QC）：对FASTQ文件进行全面的质量评估，生成质量曲线、碱基含量、KMER分布、Q20/Q30比例、GC比率、重复率、适配器含量等报告。
2. 适配器修剪：自动检测并修剪适配器序列，无需手动输入适配器序列。
3. 读取过滤：过滤掉质量过低、过短或含有过多N的读取。
4. 滑动窗口修剪：通过滑动窗口评估平均质量，修剪读取的5'和3'端低质量碱基。
5. 碱基校正：在配对端读取的重叠区域中，校正错配的碱基对。
6. polyG/polyX修剪：修剪NovaSeq/NextSeq数据中常见的polyG尾，以及去除不需要的polyX尾。
7. UMI处理：预处理带有唯一分子标识符（UMI）的数据，将UMI移至序列名称。
8. 报告生成：生成JSON和HTML格式的报告，直观展示质量控制和过滤结果。
9. 输出分割：支持将输出分割为多个文件，以支持并行处理。
10. 长读取支持：支持PacBio和Nanopore设备生成的长读取数据。

项目最近更新的功能

fastp的最近更新功能包括：

1. 支持STDIN和STDOUT：支持从标准输入读取数据并输出到标准输出，便于与其他工具（如bzip2、bwa、bowtie2）集成。
2. 支持交错输入：支持处理交错的配对端数据。
3. 超快速FASTQ级去重：支持在FASTQ级别进行去重，显著提高处理速度。
4. 自动检测适配器：改进了适配器自动检测算法，提高了检测准确性和速度。
5. 性能优化：通过多线程和算法优化，进一步提升了处理速度和效率。

fastp凭借其全面的功能和卓越的性能，已成为生物信息学领域中FASTQ数据预处理的优选工具。

fastp An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/fastp