Linux下把sra文件转成fastq文件

记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤

转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdir software，然后就在这个文件夹下载软件了。

1. 在Linux下直接用wget来下载，输入如下命令：

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

2. 在当前目录解压下载的压缩包，输入如下命令： 

tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

3. 为了避免因升级而需要修改配置文件，把软件的版本号去了，该名字为sratoolkit

mv sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64 sratoolkit

4. 在sratoolkit文件夹下查看绝对路径

[wuchan@login sratoolkit]$ pwd
/share/home/wuchan/software/sratoolkit
[wuchan@login sratoolkit]$ ls
bin  CHANGES  example  README-blastn  README.md  README-vdb-config  schema

5. 配置环境变量，用的是vi编辑文本命令

vi ~/.bashrc