如何获取原始测序数据从SRA到FASTQ

最新推荐文章于 2025-03-18 15:33:54 发布
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分类专栏： 基因组流程学习 文章标签： 数据分析 矩阵
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在进行单细胞多组学分析时，我们经常会需要从GEO中下载单细胞表达矩阵数据（一般文献中也会乐于提供GEO编号），但当我们想要追溯测序或者基因组注释层面的优化时，就需要我们获取原始的转录本测序数据。以一篇文章的GEO为例，记录一下这个过程。

查找样本编号

这是一篇狨猴视网膜文章提供的GEO数据路径

下拉后是我们熟悉的单细胞表达矩阵的三个文件，之前的文章已经介绍过如何读取10X的三个文件进行分析，但我们今天要找的是更原始的转录本测序数据。

上拉界面找到样本来源，锁定我们想要查找的原始测序样本，记住GSM开头的这个编号

查看SRA数据组成

直接转到NCBI官网搜索这个编号

最低0.47元/天 解锁文章
sra转fastq格式
dingsheng56656的专栏
09-04 3260
NCBI上下载的原始数据为SRA数据，而适用于大部分生物软件的是fastq格式，所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 1、下载软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz ...
生信小白 下载SRA转录组数据转换成fastq格式
weixin_59759625的博客
04-13 1504
r, -R：–recursive 递归删除，将指定目录下的所有文件与子目录一并删除。删除文件 rm file.txt 强制删除文件 rm -f file.txt。删除文件夹 rm -r -f, 一步到位。我在下载过程中网络中断，删除了未下载完的文件夹，使用删除命令remove-rm。-f：–force 不提示，强制删除文件或目录，但是会忽略不存在的文件。-i：–interactive 进行交互式删除，删除前逐一询问确认。-v： --verbose 详细显示进行的步骤。
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件
Keep Learning
01-13 1万+
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件： 环境：ubuntu14.04 sratoolkit.2.5.5-ubuntu64 1.下载 下载地址： http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software# 2.将
数据下载（1）：NCBI下载文献中的基因组
最新发布
weixin_57129211的博客
03-18 904
如何从NCBI下载文献中的测序原始数据
NCBI下载SRA数据及转换为fastq形式
qq_48116514的博客
05-10 1595
NCBI下载SRA数据，并转换为fastq格式
转录组流程-SRA数据转化为fastq数据
2301_77260943的博客
04-17 1335
此处的绝对路径可在进入fastq目录后用pwd显示出绝对路径，然后用fqdir=绝对路径。#-O 输出文件名，前面设置了｛fqdir｝，因此生成的文件会被直接放入fastq中。#此处我不能直接调用fastq-dump，因此需要在前面加入绝对路径。在下了sratoolkit 软件后，我们首先创建一个fastq目录。#--gzip是将输出fastq文件变为gz格式，方便节省空间。#--split-3 是把文件分成两个文件输出。
Linux下把sra文件转成fastq文件
铭&婵旭博客
10-25 1万+
记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤 转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdir software，然后就在这个文件夹下载软件了。 1. 在Linux下直接用wget来下载，输入如下命令： wget http://ftp...
转录组学习第三弹-下载SRR数据并转成fastq
weixin_52073820的博客
11-20 1527
前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。下载完之后可以检查一下数据大小，这里数据大小是没问题的，如果遇到大部分数据是1-3G，有个别数据是200多M的，那就要检查一下是不是下载不完整。挂服务器后台下载，因为没有用上ascp，所以这里是通过HTTPS方式下载的，下载速度很慢，就晚上放着第二天早上下完就行。写于2023年11月20日。
FASTA 和 FASTQ 格式详解|SRA转fastq
2302_80012625的博客
02-04 586
FASTA 格式是一种用于存储序列信息的简单格式，广泛应用于核酸（DNA/RNA）和蛋白质序列的存储。通过这些步骤，你可以高效地获取和处理 RNA-seq 数据，确保数据准备的准确性和高效性。命令来转换 SRA 格式文件到 FASTQ 格式。的速度可能较慢，因此推荐使用。SRATools 提供了。软件进行数据格式的转换。
linux下载测序数据,利用SRA号从NCBI下载测序原始数据
weixin_28916013的博客
05-12 1445
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如The data from this study was deposited in NCBI Sequence Read Archive under accession SRA: SRP114962.。NCBI的SRA (Sequence Read ...
NCBI下载原始测序数据及SRA格式转换为fasta
m0_55807085的博客
03-29 5688
NCBI下载原始测序数据 在ncbi里面的SRRXXXX下面找到data access 下载之后是SRA格式，是二进制文件，这时候就要用到SRAToolKIT ~/sratoolkit/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728 #生成两个fastq文件（--split-files），其中包含“ .1”和“ .2”读取对（-I），用于配对端数据 3.这时候得到的是fastq格式的数据，再用工具转换成fasta格式的文件 1 linux下直接： sed -n '
原始测序数据来源——SRA数据库
ZJ_Yeah的博客
03-06 2948
一、SRA数据库简介 SRA数据库 SRA——Sequence Read Archive（存档来自各种高测序平台的原始测序数据和比对信息） 数据（Studies（研究课题）、Experiments（实验设计）、Runs（测序结果集）、Samples（样品信息） （Studies->Experiments->Samples->Runs）） SRA数据库用不同前缀表示： 1、ERP或SRP表示Studies 2、SRS表示Samples 3、SRX表示EXperiments 4、SRR表示
SRA转fastq 软件下载
qq_49451693的博客
09-19 528
SRA转fastq 软件下载 一、 首先先要安装SRAtoolkit 1.可在https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software官网下载软件包 2.可通过xftp上传到服务器上 3. 解压 tar zvxf /opt/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 4.添加全局变量 echo 'export PATH=~/Biosoft/sratoolkit.2.10.8-ubuntu6
[Linux|生信]project4_01:批量下载sra文件并转化为fastq文件
F_zero_T_hero的博客
12-05 2893
背景 最近参加“生信技能树”组织的实习，要求完成从*.sra原始数据出发完成人类单细胞转录组数据下载、质控过滤、Hisat2比对、featureCounts定量的任务。接下来一段时间会出一个小系列。几年前在学校的生信课上分析了一个完整的Chip-Seq流程，当时对很多概念一知半解，这次借着这个机会再回头打打基础。 数据下载 环境准备 首先安装一个conda虚拟环境并更换镜像（下载国外资源更方便），见文末参考链接 # 下面四行配置北京外国语大学的conda的镜像# 配置完需要重启终端c
SRA到fastq格式的批量转换
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Christina
08-31 2万+
生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据，之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。 1、fastq-dump命令 sratoolkit的下载，该部分详见上一篇文章（SRA数据库及linux本地下载） 单端测序： fastq-dump SRR14306907.sra -O ./ （结果生成：SRR14306907.fastq） fastq-dump --fasta SRR14306907.sra -O
双端测序文件SRA下载后无法正确处理为fastq
m0_67940717的博客
01-19 926
在处理某个单细胞测序的文件时遇到的这个问题，原文标注数据为双端测序，而无论是用prefetch命令或者直接通过链接下载SRR文件，在我的服务器应用fasterq-dump命令转换为fastq文件时，最终生成的结果只有一个SRR000000_1.fastq文件，看了很多文章说用--split-3或者--split-file又或者是--include-technical参数调整，折腾了好几天，结果依然没有变化，得到的fastq文件不能输入cellranger进行进一步分析。
老曹的作业本之sra转fastq
weixin_44148954的博客
03-07 496
如何让sra 转fastq快一点 由于之前下载的数据比较大，转fastq从财务跑了一趟回来还没转完一半，想着有没有快点的办法，人老了，心浮气躁。后来找到这个,2018年6月出来，这么久了我还没更新，可见我真的懒了很久了。 于是下下来试一下, 这边的机子是Ubuntu，就下那个吧。以前centos 和小红帽等都用过，怎么安装加载路径这里我就不说了，下次出个集合。 ls *.sra |while re...
sra 数据转成 fastq并改名
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把sra数据移动到我们工作目录后，我们开始sra转faq。 正式运行代码之前，必须先拿一个样品测试下代码能否运行成功，这点很关键，因为这步就算成功运行也特别慢，要是代码再出错了就更浪费时间了。 拿第一个样品做测试 ls SRR5315196.sra |fastq-dump -gzip --split-3 -O ./ SRR5315196.sra sra-tools 里的 fastq-dump工...
NGS基础：测序原始数据下载
悟道西方
07-12 6129
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如 The data from this study was deposited in NCBI Sequence Read Archive under accession SRA: SRP114962.。 NCBI的SRA (Sequence Rea...
二代测序技术：从数据下载到RNA-seq分析
"二代测序总结，包括原始sra数据的下载、基因组注释文件与参考...这个资源提供了二代测序数据分析的一个简明流程，涵盖了从原始数据到差异基因挖掘的关键步骤，对于生物信息学初学者和研究人员来说，是非常实用的指南。
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