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RSS订阅原创 NeuronChat对神经细胞进行细胞间通讯分析
专门为推断神经细胞之间的通讯而设计，考虑了神经元特有的长距离轴突和树突连接以及通过神经递质信号进行通讯的特点
2025-01-06 17:48:29
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原创 cellranger对FASTQ重新定量
cellranger构建reference+Fastq文件定量，生成标准的单细胞矩阵文件（barcode/feature/matrix）
2024-12-24 10:49:44
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原创 单细胞数据下采样downsampling
在进行单细胞数据分析时，遇到过大的单细胞数据有时会需要适当减少数据量进行测试。这个功能可以通过python中scanpy的函数轻松实现。单细胞数据来自2023年的Cell人胎脑，"Spatiotemporal transcriptome。fraction就是采样的比例，可以看到现在单细胞数目变成了3517，大概是原本的1/10。现在如果想要继续缩小单细胞的数据量，下采样1/10的细胞进行后续分析，可以如下。可以看到此时的单细胞数目是35175，基因数为36601。首先进行数据和包的导入。
2024-07-18 16:35:40
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原创 安装CPU版本的Pytorch以及依赖库
最近需要用到深度学习的一些算法工具，奈何电脑上并没有条件配置GPU环境，大多数深度学习教程都是基于GPU环境搭建，于是记录一下CPU配置的过程。torch_scatter，torch_sparse，torch_cluster，torch_spline_conv是四个依赖库，可以按需安装。另外我还需要安装pytorch_geometric包，注意最新的版本需要基于Python 3.8以上的版本。首先是基础的torch包的安装，安装之前最好更新一下pip库。检查环境下安装的所有包，是否存在版本冲突。
2024-05-11 18:08:23
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原创 matplotlib绘制折线散点条形直方图
利用python的matplotlib包绘制简单的折线图，散点图，条形图，直方图教程参考https://www.bilibili.com/video/BV1hx411d7jb
2023-07-18 10:44:13
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空空如也
空空如也
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