RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和GEO数据下载

铭&婵旭

于 2020-06-02 18:53:30 发布

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分类专栏： GEOquery

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本文介绍了如何在非默认路径下安装RStudio及其package，并详细讲解了如何更改package的存放目录，以及在遇到GEOquery包无法直接下载时，采用的解决方法和相关R版本的安装策略。

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一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径，是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘，所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘，于是按照下面操作更改package存放目录。

1.打开RStudio，在控制台输入.libPaths()，会显示如下结果，这是默认的package存放目录。

.libPaths()
#[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0"
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"

2.输入

file.edit('~/.Renviron')

就会打开.Renviron配置文件，在这个文件输入这句代码

R_LIBS_USER="D:/rpackage"

其中rpackage这个文件夹是自己在D盘创建的。保存该文件，然后关闭RStudio，重新启动。再次在控制台输入.libPaths()，得到如下结果：

.libPaths()
#[1] "D:/rpackage"                        
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"

我们可以看到package的存放目录更改为自己创建的文件目录了。

二、GEOquery包的下载

1.在install package里面直接输入GEOquery不能下载成功，会出现这样问题。