Cytoscape软件的基本使用

前言

Cytoscape是一款开源软件，可以用于可视化网络和分析。接下来将简单介绍软件的安装与使用。

Cytoscape官网

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Cytoscape安装

1. 下载软件：Cytoscape
2. Cytoscape软件运行需要Java 11 环境支持，在已经版本中需要手动安装，目录版本会自动安装。若软件运行出现问题，可以考虑手动安装Java 11 环境。
3. 软件安装无额外注意，可以自行调整安装位置，但要避免出现中文路径。

Cytoscape使用

本文以绘制网络药理学中，中药-成分-靶点网络举例。

1. 软件支持csv、xlsx等格式，前期需要准备的文件格式如下：节点文件，note1为化合物、note2为对应的靶点，HGT中药名和对应的化合物，以及对应的属性文件（帮助美化网络）来源可参考：网络药理学

3. 点击软件图标运行。先导入节点文件 network.xlsx。选择对应的表，将表中note1设置为绿色圈、note2设置为黄色圈。

5. 导入属性文件，选择正确的表，将成分、靶点具体名称设置为note，关键字设置为type。

4. 网络图美化。可通过style快速设计节点和线的格式。

然后对具体项进行操作。这里对节点的形状进行操作，根据导入的属性文件，对所对应关键字的节点进行统一操作。

节点的颜色

通过上述的步骤，可对其余项进行操作。

此外，也可以选择edge，对节点这间的线进行操作。

对节点进行排列。

可以对选择项进行节点排序。

5. 根据节点之间的连接degree，绘制节点的大小。首先对网络进行分析。
   
   当再次进行节点大小设计时，会有degree，根据它可调整节点的大小。
   
6. 文件导出。这里建议保存好工作文件.cys。可以也出网络分析的数据，导出网络可视化的图。
   
   
   导出为png格式。
   
   以上为Cytoscape软件的简单操作，更多的使用可以参考：官方教程