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原创利用 biopython 处理来自蛋白口袋辨识工具的 pdb 文件

pdb 也就是个文本文件。

2022-03-11 16:56:23 1707

原创如何理解与定义药效团指纹(2D Pharmacophore Fingerprints)？——以 rdkit 为例

条件基本熟悉 rdkit 的使用。正文概念药效团指纹综合考虑了化学信息和结构信息，从原理上适合于描述分子间的相互作用。化学信息指的是利用SMARTS定义的一套原子类型的指定规则；结构信息指的是通过2D分子图上一对原子间的最短路径，为选取的原子对（二元组）、三元组、四元组等等引入几何信息。下面这张图(ref:10.1021/ci7003253)比较形象地说明了三元组的编码方案。值得注意的是，这篇文献的实现着重强调了一个原子可能被同时分配于若干种原子类型，因此同样的原子组合可能贡献了若干指纹位。所

2022-03-08 22:35:32 1791 1

原创什么？你还不知道如何查值得一读的文献吗？学习一下文献分析神器 bibliometrix 和 HistCite 吧

背景知识文献初筛的思路是从大量相关文献中筛选出最有影响力的文章，而影响力是通过文献引用关系来体现的。掌握系统地查找文献资料的方法，可以帮助初涉领域的研究者迅速定位关键信息。知乎哈尔特的文章介绍了整体的思路及相关的定义，分为三篇：（一）Web of Science + bibliometrix：文献计量分析——综述到底怎么写？ - 知乎用户的回答 - 知乎（二）Web of Science + HistCite：文献管理、文本分析、引文分析——如何快速筛选领域内必读文献 - 哈尔特的文章 - 知乎（

2022-03-02 22:34:02 1148 2

原创使用 Pubchempy 一行命令从 Pubchem 数据库中批量下载化合物 3D 构象的 sdf 文件

利用python批量下载化合物3D构象

2022-02-11 12:00:58 7492 13

原创 2021-07-28 论文复现-ACS Catal. 2018, 8, 3, 2402–2412(6)

-为啥么要死磕 hierarchical clustering 呢？直接用 Jalview 不香吗？-希望做到可视化与算法互为表里，不仅仅是软件呈现一个结果，还希望可以去利用结果设计一些算法。-那还不如去看看(1) Jalview里面Tree的设置和导出 (2) scikit-learn如何做hierarchical clustering。-那也先把biopython的cluster部分看完吧。要不太没有信心了。-好吧。目录Biopython15.4 hierarchical clustering

2021-07-28 16:45:12 359

原创 2021-07-19 专著-Data Mining Techniques for the Life Sciences(1)

目录专著Data Mining Techniques for the Life Sciences2009年第一版2016版第二版阅读笔记1.1 核酸序列数据库1.2 NCBI的基因组数据库和资源1. 简介2. 数据流3. Entrez: 文本搜索与数据获取系统4. 基因组数据库5. 原核基因组数据的分析工具6. 真核生物数据浏览7. 通过序列相似性进行搜索（BLAST）8. 基因组数据的FTP资源9. 总结1.3笔记专著Data Mining Techniques for the Life Scienc

2021-07-20 15:18:59 623

原创绿原酸酯与CALB Docking(3) - Covalent Docking

目录绿原酸酯与 calb 共价docking目标1. 结构准备2. 结构预处理3. Generate the alignment for ligand4. 生成 PDBQT 文件5. 生成 flexible/rigid PDBQT 文件6. 生成 gpf 和 dpf 文件7. AutoGrid and AutoDock8. 查看结果HEE 与绿原酸酯结构对比绿原酸酯在活性部位的两种可能取向9. 如何去测试想法呢？cmd命令与操作问题1. protein.pdb文件中的待docking残基2. liga

2021-05-13 15:59:23 1972 2

原创绿原酸酯与CALB Docking(2) - Covalent Docking(3upo案例)

目录酯底物与脂肪酶共价docking案例学习目标配置要求尝试找脚本脚本文件比较分子文件试运行脚本操作命令文件路径酯底物与脂肪酶共价docking参考资料：AutoDock Covalent docking案例学习目标命令行操作进行docking共价docking结构准备柔性docking流程配置要求Python >= 2.6OpenBabel Python bindings尝试找脚本首先在虚拟机上安装AutoDock在官网下载安装包，下载 3-Linux：Inter

2021-05-13 14:36:37 2912

原创绿原酸酯与CALB Docking(1) - GUI Docking

绿原酸酯与CALB Docking结构准备酶从RCSB PDB数据库搜索 Candida antarctica Lipase B, 下载 1LBS.pdb文件。该结构是一个晶体结构，由6个相同的链组成。并且有一个HEE分子共价结合在Ser105上。化学分子在PubChem上下载绿原酸酯(Chlorogenic acid)的sdf结构文件。结构预处理(这里只是一种方式，还有更好更方便的方式。)酶仅保留A链在VMD中打开1lbs.pdb文件，在representation中新建Selec

2021-05-11 10:07:39 380

原创【脂肪酶催化的非天然反应】 -文献筛选与综述 (1)

以【脂肪酶催化的非天然反应】作为研究的topic，本文实践知乎用户哈尔特的三篇回答，完成科研领域、研究脉络、文献精选三个部分的工作。

2021-04-06 09:34:55 1584

原创 Brenda to Cytoscape (2,v1.0)

介绍Cytoscape是生信常用的图数据表示软件，网络资料如下：Cytoscape官网知乎：最新版Cytoscape安装注意事项知乎：一网打尽：cytoscape详细教程本机已经安装了JDK，可以参考Java 开发环境配置。浸泡(merge)Youtube上有系列视频：Quickstart Tutorial - Basic Expression Analysis (08:38)导入文件Table Panel 操作Control Panel 操作Select(Filter)选项卡：

2021-03-24 13:51:42 2100

原创 Brenda应用(2.0) - 构建(酶, 物质, 关系)0-1表格用于NBI推断新关系

Brenda应用之三：利用Brenda构建【酶-物质-关系】on-off (0-1) 表格，采用基于网络的方法(Network Based Inference)推断新的酶-物质关系（底物、产物等）。

2021-03-22 14:15:06 964 1

原创 Brenda-利用SOAP API访问Brenda及本地保存

利用Brenda提供的SOAP API来访问Brenda获取内容，将原API接口进行改写使得可以更方便地获取整表内容。同时将网络资源保存到本地。

2021-03-06 18:34:41 1291 1

原创 Brenda Parser NewDev (1, v2.0)

目录ReviewTargetTODO表格表项表项对任务的支持从Brenda中获取信息，整理为数据表格式代码工作为genTables()添加REFERENCE的正则表达式测试代码对于整个文件的鲁棒性Review先复习一下寒假前的代码Brenda Parser README。这个版本的代码实现的功能是为每一个EC号维护一个酶表(库)，物质表和酶-物质相互作用表。目前需要改进的方向：定义反应方程式表(实际上在处理过程中也整理出来了)，参考文献表，酶命名表等一系列我们可能感兴趣的文摘内容。将各个EC号各自

2021-03-02 14:37:13 483

原创 Brenda Parser README（1, v1.0)

本文是通过Brenda获取酶促反应信息的第一篇博文，主要讲如何从Brenda提取信息，并进行格式整理。核心在于信息提取正则表达式的编写。

2021-01-12 10:34:20 1066 1

原创 Anaconda 折腾指南

首先推荐一个油管的conda视频(26min)：https://www.youtube.com/watch?v=23aQdrS58e0旧的不去昨天试着用rdkit频道(官网推荐的第一个安装方法)在base环境安装了一下rdkit，因为网络问题，中间有两个包没安装成功，果不其然，最终安装失败。然后，一切就回不去了…之后，使用conda的任何命令，都会出现conda inconsistency的提示，然后是WARNING，要求将conda版本由4.8.2升级到4.8.3(这个被证明仅仅是个Warnin

2020-07-08 20:18:47 536

qq_37364789的博客