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RSS订阅原创 客户文章（Plant Com) ▏DAP-seq助力揭示甘蓝型油菜早花的遗传机制
突破性发现！油菜BnaC3.LFY基因内含子变异调控开花时间，助力精准育种。DAP-seq和RNA-seq联合分析双剑合璧，结合SV-GWAS结果，从多个维度进行深度的数据挖掘，更全面、更深入地理解生命活动的奥秘。
2025-04-14 15:28:11
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原创 多聚核糖体分析（Polysome Profiling）
多聚核糖体分析（Polysome profiling）是研究翻译调控机制常用的技术。Polysome profiling通过蔗糖密度梯度超速离心分离free mRNA、40S和60S核糖体亚基、单核糖体和多聚核糖体，收集含有多聚核糖体的部分用于RNA或蛋白质分析。
2025-04-14 13:46:56
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原创 RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是一种将RNA免疫共沉淀（RIP）与二代测序技术（NGS）相结合，用于研究细胞内RNA与蛋白相互作用的技术。
2025-04-14 13:43:11
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原创 Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
2025-04-10 13:42:42
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原创 RBP研究技术RIP-seq+Polysome profiling
RNA结合蛋白（RBP）在转录后调控中起关键作用，影响RNA的稳定性、定位、翻译和降解。RIP-seq（RNA免疫共沉淀测序）和Polysome Profiling（多核糖体分析）联合使用，可全面研究RBP与RNA的相互作用及其对翻译的影响。
2025-04-07 12:03:14
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原创 m6A MeRIP-seq联合Ribo-seq的研究思路
m6A（N6-甲基腺苷）是常见的RNA修饰，影响mRNA的稳定性、翻译和降解。m6A MeRIP-seq用于全基因组水平检测m6A修饰，而ribo-seq则用于研究翻译过程。联合这两种技术可以揭示m6A修饰对翻译的调控机制。
2025-04-03 11:16:14
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原创 Cell文献：转座子外显化构成了一个受进化选择的功能蛋白质亚型储库
ribo-seq和RNA-seq二者相互配合，从转录和翻译层面，为研究转座子元件外显子化产生的 JET-ORFs 提供关键数据，助力阐释其在蛋白质组中的作用和生物学意义。
2025-03-24 13:37:22
444
原创 喜报！又一篇Mol Plant文章发表！DAP-seq技术助力客户挖掘水稻香气调控机制
然而，除了2-乙酰基-1-吡咯啉（2-AP）外，香气的代谢基础尚不清楚，香气代谢物积累的遗传基础在很大程度上也是未知的。结合RNA测序（RNA-seq）、KEGG富集分析、酵母单杂交（Y1H），双荧光素酶报告实验等方法，发现OsAROMA2（OsNAC021）能够直接与LOX途径的。此外，通过vGWAS分析，作者还发现与FAVs（己醛、辛醛、2-辛烯醛和1-庚醇）含量相关的基因位点共定位在。基因的启动子区域结合，并抑制这些基因的活性，从而负调控游离芳香族化合物（FAVs）的积累。
2025-03-17 10:01:50
382
原创 利用dDAP-seq技术解析转录因子的DNA结合特性
双DNA亲和纯化测序（dDAP-seq）技术是在DAP-seq基础上改进而来，可以检测异源二聚体的DNA结合特性。
2025-03-07 13:39:03
870
原创 客户文章 ▏DAP-seq技术助力揭示水稻氮素吸收直接途径和菌根途径的新机制
该研究首次阐明了协调氮素吸收的直接途径和菌根途径的作用机制，完善了菌根氮素营养的调控网络，为进一步利用菌根途径提高作物氮素利用效率提供了理论基础和重要基因资源。鉴于OsPHR2和OsNLP3共同调控共生硝酸盐吸收，对OsNLP3和OsPHR2的潜在靶基因与在AM共生根中的差异表达基因（DEGs）进行了重叠分析。氮（N）是植物生长必需的营养元素，大多数陆地植物进化出了两种氮吸收途径：一种是直接通过根系吸收的途径，另一种是通过与丛枝菌根（AM）真菌共生的途径。
2025-02-24 13:27:19
805
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示苹果MYB54通过调节细胞壁纤维素和果胶裂解酶依赖的防御机制以减轻病害
的互作蛋白MdMYB54，并通过pull-down、Y2H、荧光素酶互补（Split-LUC）实验证实MdMYB54与MdERF114在体外和体内均直接相互作用。的抗性，表现为植株生长受抑制程度减轻、根相对电导率（REL）和丙二醛（MDA）含量降低、根活性提高、根部病斑数量和面积减少；感染苹果根中的调控机制，为理解其在缓解苹果再植病挑战中的作用提供了依据，为提高苹果产量和品质、培育优良砧木新品种奠定了理论基础。的抗性，表现为植株生长改善、根损伤减轻、REL和MDA含量降低、根活性提高。
2025-01-15 14:02:19
532
原创 Cytoscape-基础使用手册
1.菜单●File：文件菜单。Import：导入网络或表格。Export：导出网络图片或表格，也可导出为网页。Open Session / Open Recent Session：可以打开 Cytoscape 文件或列出最近打开的会话文件，以便快速访问。New Network：创建新网络，可以编辑空白网络，也可以从一个现有网络创建。Save Session：保存会话文件。●Edit：编辑菜单。可以进行撤销重做等。撤消和重做功能适用于最近执行的 10 个任务。
2025-01-08 13:32:53
1907
原创 RNA甲基化修饰：利用picoMeRIP-seq技术揭示m6A修饰在小鼠卵母细胞和胚胎发育早期的重要作用
研究发现，在从母体到合子转变的过程中，m6A广泛存在于母体遗传的转录本和合子激活的基因中，并且这些m6A标记的母体遗传转录本更可能被miRNAs靶向，而特定的逆转录转座子RNA，如MTA和MERVL，也被发现富含m6A修饰。成功绘制了小鼠卵母细胞和着床前胚胎中N6-甲基腺苷（m6A）修饰的动态图谱，揭示了m6A修饰在调控早期胚胎发育、基因表达、母体到合子转换过程中的关键作用，以及m6A通过在逆转录转座子衍生的RNA上的富集来维持基因组稳定性和细胞特性。图4.m6A在逆转录病毒衍生的RNA上的沉积。
2025-01-08 13:10:06
592
原创 Polysome Profiling助力揭示小核仁RNA SNORA13调控细胞衰老的分子机制
不过，在致癌基因诱导下缺失SNORA13的细胞中翻译水平有所增加，但这可能是由于这些细胞相对于野生型细胞持续增殖的次要后果，因为p53的缺失也会导致这些条件下翻译的增加。最后，在小鼠中鉴定到了三个SNORA13的同源基因，且仅在同时敲除三个同源基因后才会导致60S亚基增加，这与人类细胞中的表型一致。之后，利用OIS小鼠模型，进一步证明了。之后，研究者构建了SNORA13的突变体，发现SNORA13突变后丧失了引导假尿苷化修饰，但仍能与RPL23结合，而且突变体可以恢复SNORA13敲除导致的细胞衰老表型。
2024-12-30 10:29:16
624
原创 DAP-seq——蓝景科信（无需特异性抗体，无需转基因材料，省时省力）
无需针对每种蛋白制备特异性抗体，无需构建转基因体系，高通量检测转录因子及DNA结合蛋白的结合位点。蓝景科信可提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析，具有100多个物种，2000多个转录因子的实验经验，已协助很多客户成功发表文章。
2024-12-25 14:00:06
650
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示SmHSFA8调控茄子耐热性机制
文章借助DAP-seq技术探究了SmHSFA8通过调控SmEGY3-SmCSD1模块和SmF3H介导的类黄酮生物合成提高茄子耐热性的分子机制。
2024-12-23 11:19:56
829
原创 WGCNA分析流程及内容解读
WGCNA，全称为weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。
2024-12-06 10:17:34
1692
原创 文章分享 | 基因沙漠：调控Shox2基因多效性表达与胚胎发育的关键区域
本文通过对Shox2基因沙漠的系统研究，揭示了其作为动态增强子枢纽，通过组织特异性增强子的模块化排列和协同作用，调控Shox2基因的多效性表达，从而影响胚胎发育的多个过程。本文中作者研究了位于小鼠Shox2基因两侧的基因沙漠，揭示了其在胚胎发育过程中的关键作用，特别是对Shox2基因的表达调控以及对肢体、颅面和心脏发育的影响。基因沙漠的功能性： 基因沙漠的功能性研究强调了非编码基因组在先天性异常机制理解中的重要性，并为理解Shox2基因沙漠在颅面部、神经和肢体发育中的作用提供了新的见解。
2024-11-20 09:38:39
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原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示番茄抗酸铝分子调控新机制
云南农业大学园林园艺学院营养逆境与品质改良杨建立/范伟团队，通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，进一步阐明了番茄抗酸铝核心分子调控网络，为创制耐酸铝番茄新种质奠定了基础。。
2024-10-23 13:22:47
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原创 RNA Pull Down和RIP的技术应用：ELF18诱导的lncRNA ELENA1与MED19a互作增强拟南芥免疫反应
同时鉴定出了145个在野生型和过表达ELENA1植株中表达水平增加的防御基因，最终通过筛选将PR1、PR2、CRK7、BG3和CYP82C2定为靶标基因，通过RT-PCR实验验证以上基因在ELENA1过表达株和敲除株中的表达情况，结果显示以上靶标基因在ELENA1过表达和敲除株中的表达水平显示出明显的负相关。分析了四种不同ELENA1表达水平（1800-3200倍）的过表达株系，发现过表达植株中ELENA1的转录水平已经高于PR1表达的饱和水平，ELENA1的表达水平不会显著影响PR1的表达水平。
2024-10-15 10:26:11
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原创 翻译组学研究技术介绍和应用
越来越多的研究结果表明，mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异，这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。翻译组学是一种对核糖体结合的RNA进行捕获和测序的技术，是连接转录组学和蛋白质组学的重要桥梁和枢纽。
2024-10-09 13:10:31
1293
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示GhSBI1调控棉花果枝节间伸长的分子机制
2024年7月26日，中国农业科学院棉花研究所张永山研究员团队在Plant Biotechnology Journal（影响因子10.1）杂志上发表了题为“GhSBI1, ahomologue, modulates branch internode elongation in cotton”的文章，该研究借助DAP-seq和转录组等技术，鉴定了GhSBI1下游靶标基因，揭示了其对棉花果枝节间伸长的抑制作用机制。棉花（Gossypium）是世界上主要的天然纤维来源，也是重要的油料和蛋白作物。
2024-09-26 10:31:27
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原创 文章分享 | 翻译调控增强神经系统中细胞类型的区分
对基因转录和翻译的精准调控可以定义细胞的特殊形态和功能。利用单细胞转录组测序技术鉴定差异表达基因，在转录水平揭示细胞多样性调控机制研究已有很多报道，但是翻译水平的调控机制对细胞类型影响仍有待阐明。在本文中，作者以果蝇为研究模型，聚焦于头部的神经元细胞与神经胶质细胞。这两类细胞都由同一种神经干细胞分化而来，神经元细胞的主要功能是突触和电信号传导，而神经胶质细胞的作用是形成血脑屏障并充当免疫细胞。尽管两类细胞类型不同，它们的转录组却具有一定的相似性。
2024-09-24 14:49:41
1040
原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示MYC2转录因子调控银杏萜内酯生物合成的分子机制
银杏萜内酯是银杏中重要的天然药用活性成分，具有抗血栓、抗炎、治疗心脑血管疾病和预防阿尔茨海默病等药理活性，也是血小板活化因子的强拮抗剂。萜内酯在银杏中的含量极低，难以满足医药行业的需求，限制了银杏产业的发展和临床应用。许锋教授借助DAP-seq技术揭示了MYC2转录因子通过激活银杏中GbGGPPS的表达正向调控萜内酯生物合成的分子机制。为通过基因工程提高银杏中萜内酯含量提供了研究基础和靶基因。
2024-09-19 11:16:42
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原创 蛋白质与RNA互作研究新技术：RNA亲和纯化测序（RAP-seq）
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台：RNA亲和纯化测序技术，不需要针对每个蛋白制备特异性抗体，也无需制备遗传转化材料，突破了物种的限制，为我们提供了一种有力的手段来探究蛋白与RNA之间的相互作用，以及这些相互作用如何影响基因的表达和生物学功能，高效助力RNA结合蛋白（RBP）调控机制研究
2024-09-10 10:37:49
974
原创 喜报！DAP-seq文章6连发，总IF 95.2
期刊：《Plant Biotechnol J》、《Plant J》、《Mol Plant》、《Cell》物种：苹果、草莓、欧洲云杉、拟南芥、地钱、棉花
2024-08-06 14:08:19
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原创 Plant Journal：DAP-seq助力揭示OsbZIP10-OsGIF1分子模块调控稻米品质的作用机制
该研究借助DAP-seq揭示了OsbZIP10-OsGIF1分子模块调控稻米品质的作用机制，为水稻精准设计育种提供了新的思路。
2024-07-19 14:45:26
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原创 The Plant Cell：DAP-seq技术助力揭示MdWRKY75调控苹果耐热性的分子机制
通过RNA-seq、DAP-seq以及RT-qPCR试验筛选到MdWRKY75在热胁迫下的5个潜在靶基因。EMSA、酵母单杂交、GUS和双荧光素酶试验证明MdWRKY75正调控热激转录因子MdHsf4、MdHsfB2a和MdHsfA1d的表达。
2024-07-04 14:46:47
551
原创 文章分享 | seq-DAP-seq和ChIP-seq联合检测揭示花发育器官转录因子调控机制
seq-DAP-seq具有纯化转录因子（TF）复合物和直接定位于基因组DNA的优势，可确定特定TF复合物（SEP3-AG异源四聚体）的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合，能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比，seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距，从而提高TF-DNA互作检测的准确性。
2024-06-28 14:20:11
882
原创 文章分享 | Ribo-seq与RNA-seq联合分析揭示uAUG-ds翻译调控机制
研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征，并且将结果扩展到其他生物体中，揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关，动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
2024-06-14 14:31:43
1485
原创 文章分享 | 基于翻译组学技术揭示小麦籽粒发育过程中的翻译调控机制
研究联合Ribo-seq、Poly-seq和RNA-seq技术，全面分析小麦籽粒发育过程中的转录组和翻译组，揭示全基因组范围内的翻译调控事件
2024-06-06 10:17:46
1038
原创 New Phytologist：杨树特有miRNA在调控杨树抗旱中的分子机制
2024年3月6日，林木遗传育种全国重点实验室、北京林业大学生物科学与技术学院尹伟伦与夏新莉教授课题组揭示了miR6445-NAC029-GSTU23模块通过调节活性氧稳态在提高杨树抗旱性中的关键作用。
2024-05-28 17:46:29
1181
原创 The Innovation Life：EMSA助力揭示杨树扦插生根中LBD16介导通路的保守性
2023年6月15日，北京林业大学林金星研究组、李晓娟研究组，中国科学院分子植物科学卓越创新中心徐麟研究组联合在TheInnovation Life期刊上在线发表了题为“Transcriptome framework of root regeneration reveals the conservation of the LBD16-mediated pathway in poplar cuttings”的文章，揭示了杨树扦插中不定根再生的转录组图谱，并通过EMSA等一系列实验证明了LBD16在促进不定根
2024-05-17 13:22:16
650
原创 Plant Biotechnology Journal：应用DAP-seq技术助力揭示GhRCD1调节GhbHLH12–GhMYB44–GhHMA1转录级联反应促进棉花对镉的耐受机制
使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）等分子相互作用研究方法，发现了调节棉花Cd2+耐受性的分子级联反应，揭示了GhRCD1通过调控GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1转录级联通路响应镉胁迫的分子机制，为培育耐镉棉花新品种和通过植物修复手段降低镉污染提供了新思路
2024-04-29 14:07:18
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原创 DAP-seq助力揭示转录因子在草地贪夜蛾Bt抗性中重要作用
利用DAP-seq等技术阐明了转录因子SfGATAe对毒素受体基因SfABCC2表达的调控机制，并全面阐释了这种转录调控机制对草地贪夜蛾Bt抗性产生的重要影响。
2024-04-25 13:54:16
527
原创 DAP-seq与RNA-seq联合分析助力揭示AvERF73通过参与低氧应答和甲羟戊酸途径正调控猕猴桃的耐涝性
AvERF73是猕猴桃耐涝性的重要调节因子。一方面，过表达AvERF73可以激活AcNAC022的表达，以应对涝胁迫引起的缺氧。另一方面，过表达AvERF73可能通过直接激活AcHMGS1表达来调节合成萜类化合物和甾醇的MVA途径。
2024-04-24 11:33:24
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