蓝景科信-优快云博客

原创 Science | DAP-seq助力揭示CsARF3调控黄瓜雌花形成分子机制

2025年12月11日，中国农业大学张小兰团队在国际顶刊Science上发表了一篇题为“ARF3-mediated auxin signaling is essential for sex determination in cucumber”的研究论文。

2025-12-26 16:19:36 680

原创【Mol Plant综述精读】植物中的染色质重塑：复合物组成、机制多样性及生物学功能

染色质重塑复合物是真核生物染色质结构的关键调控因子，通过ATP水解提供能量，调控核小体的组装、滑动、驱逐及组蛋白变体替换，进而影响基因转录、DNA修复及基因组稳定性。与酵母和动物相比，植物作为固着生物，需持续应对复杂多变的环境胁迫，其染色质重塑复合物即保留保守特征，又进化出独特的物种特异性，成为植物实现环境适应性反应的重要分子基础。近年来，借助生物化学、表观基因组学及蛋白质组学等前沿技术，植物染色质重塑机制的研究取得了一系列突破性进展。

2025-12-22 11:07:07 443

原创 Chem Eng J （IF=13.2) | DAP-seq技术助力揭示Srcc1蛋白调控裂殖壶菌脂肪酸高效合成新机制

2025年11月11日，天津大学王方忠教授团队在Chemical Engineering Journal（IF: 13.2）在线发表了题为Accelerated fatty acid biosynthesis by an RCC1-domain protein enables record-high productivity in Schizochytrium的研究论文，该研究借助DAP-seq技术阐明了RCC1结构域蛋白Srcc1在裂殖壶菌中调控脂肪酸生物合成的机制及其在高密度发酵中的应用，将微生物油脂生

2025-12-17 13:51:06 629

原创【收藏】蛋白 Pull Down：蛋白互作研究利器

体外研究蛋白质相互作用的经典方法，无需特异性抗体，灵活选择真核/原核蛋白表达体系，自动化设备提升通量并保持稳定性

2025-12-10 11:05:58 329

原创 Polysome Profiling—解析翻译调控机制的金标准

这个过程主要受到四个水平的精密调控：转录调控、转录后调控、翻译调控和翻译后调控。翻译调控的幅度和强度。一条正在翻译的mRNA可同时结合多个核糖体，结合核糖体组分的RNA与胞质总RNA的比例可以直接反映翻译水平。(circRNA)等非编码RNA也可能存在翻译活性，产生功能性微蛋白，这进一步凸显了翻译组学研究的重要性。体翻译的mRNA,揭示基因表达在翻译层面的动态变化，包括翻译起始、延伸速率及潜在的非经典翻译事件。集40S、60S、80S和多聚核糖体，用于RNA或蛋白质分析，也可以通过酶。

2025-12-03 13:36:51 420

原创 Ribo-seq—检测正在翻译的RNA信息连接转录组学与蛋白质组学的桥梁

对核糖体结合的RNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的RNA结合蛋白（RBP），然后与RNA在体外进行孵育和结合，再分离出与目的RBP结合的RNA，结合高通量测序，可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、lncRNA等与细胞命运紧密相关的重要RNA。通过RNA免疫沉淀技术富集与目标蛋白结合的RNA，再进行高通量测序，在全转录组范围内分析体内与特定蛋白相互作用的RNA分子，揭示RNA结合蛋白（RBP）与RNA互作，助力探索基因表达的转录后调控机制。

2025-12-03 13:31:18 582

原创 Science | 利用大规模并行核糖体分析发现泛病毒ORF

2025年6月12日，美国麻省理工和博德研究所Pardis C.Sabeti团队在Science上发表了一篇题为“Pan-viral ORFs discovery using massively parallel ribosome profiling”的论文，结合寡核苷酸合成文库和Ribo-seq核糖体印迹分析，开展泛病毒ORF挖掘，本研究旨在建立一种高效、无偏的泛病毒ORFs发现方法，填补病毒翻译组学空白。

2025-12-03 11:58:50 812

原创 Molecular Plant（IF: 24.1） ▏DAP-seq技术助力揭示小麦氮高效利用与产量提升的分子机制

2025年9月27日，中国农业大学孙其信院士/邢界文教授团队在Molecular Plant（IF: 24.1）在线发表了题为An incoherent feed-forward loop coordinates nitrate uptake and tillering in wheat的研究论文，该研究揭示了小麦中TaNLP3通过非一致性前馈环（incoherent feed-forward loop）协同调控硝酸盐吸收与分蘖的分子机制，还鉴定出可直接用于育种的优异单倍型。

2025-11-26 14:38:39 481

原创 Cell Reports（IF: 6.9） ▏DAP-seq助力揭示SlWRKY14调控番茄果色和品质的新机制

2025年10月1日，浙江大学农业与生物技术学院汪俏梅教授课题组在Cell Reports（IF: 6.9）上在线发表了题为SlWRKY14 integrates carotenoid and flavonoid biosynthetic pathways to regulate coloration and quality of tomato fruits的研究论文。

2025-11-19 13:23:50 888

原创 DeepWiki—开源的Github项目解构工具

DeepWiki是由人工智能初创公司Cognition推出AI代码分析工具，依托于该公司旗下的AI产品Devin运行，本质上是一个提供结构化知识管理的系统（https://deepwiki.com/deepskies/DeepWiki），通过对开源项目进行总结、提炼与结构化整理的方式帮助人们更轻松的理解Github项目。

2025-11-10 17:39:47 476

原创 Plant Biotechnol J（IF: 10.5）▏DAP-seq和RNA-seq联合助力揭示大豆异黄酮生物合成调控新机制

2025年10月25日，南京农业大学国家大豆改良中心喻德跃教授团队在Plant Biotechnology Journal（IF: 10.5）上在线发表了题为GmMYB4 Positively Regulates Isoflavone Biosynthesis via the GmMAPK6-GmMYB4-MBW Module in Soybean的研究论文。

2025-11-10 17:16:05 489

原创恭喜客户发表Nature子刊！糖基化修饰鉴定助力揭示禾谷镰孢菌致病新机制

2025年9月12日，中国农业大学植物保护学院朱旺升研究团队在国际权威期刊Nature Plants在线发表题为“An apoplastic fungal effector disrupts N-glycosylation of ZmLecRK1, inducing its degradation to suppress disease resistance in maize”的研究论文。蓝景科信为该研究提供了糖基化修饰鉴定检测技术支持。

2025-11-04 11:25:31 802

原创 Ind Crop Prod（IF=6.2）| DAP-seq助力揭示PagHSF4调控杨树生长发育与耐盐性的分子机制

2025年7月29日，山西农业大学王升级团队在Industrial Crops & Products期刊发表了一篇题为“PagHSF4 mediates the biosynthesis of jasmonic acid and plant hormone signal transduction to regulate the growth and development as well as salt stress tolerance of poplar”研究论文。

2025-10-29 10:34:15 504

原创 Ind Crop Prod（IF=6.2）|DAP-seq助力揭示ERF194调控杨树叶片发育的机制

2025年7月31日，山西农业大学王升级团队在Industrial Crops&Products期刊发表了一篇题为“ERF194 regulates poplar leaf development via the starch and sucrose metabolism under natural environments”研究论文。本研究聚焦杨树ERF194转录因子，借助DAP-seq技术揭示了其通过调控淀粉-蔗糖代谢通路影响叶片发育的分子机制，为杨树遗传改良提供理论与实验依据。

2025-10-29 10:18:36 523

原创 New Phytologist（IF=8.1）▏DAP-seq助力揭示杨树次生维管系统发育遗传调控机制

2025年7月，北京林业大学张德强教授课题组在New Phytologist（IF=8.1）发表了题为“Phylostratigraphic analysis revealed that ancient ohnologue PtoWRKY53 innovated a vascular transcription regulatory network in Populus”的研究论文。该研究借助DAP-seq技术揭示了全基因组复制（WGD）衍生的古老PS1 ohnologs（尤其PtoWRKY53）通过新功能

2025-10-29 10:09:25 792

原创祝贺客户喜得新突破，杨树研究成果三连发！

在林业科学研究中，杨树作为重要的模式树种和经济树种，其生长发育、抗逆性及木材形成的分子机制一直是研究热点。而解析转录因子与靶基因的相互作用，是解锁这些机制的关键。近期，北京林业大学张德强团队、山西农业大学王升级团队的3项杨树研究成果（发表于New Phytologist、Industrial Crops & Products）均采用我司DAP-seq技术，为杨树基因调控研究提供了核心支撑，该技术无需特异性抗体、无需转基因材料，即可高通量检测转录因子在全基因组结合位点，为杨树基因调控研究提供了高效技术解决方

2025-10-29 09:46:47 901

原创 Plant Communications（IF: 11.6） ▏DAP-seq技术助力揭示番茄果实类黄酮生物合成的新机制

2025年9月9日，浙江大学汪俏梅教授团队在Plant Communications （IF: 11.6）上在线发表了题为SlBES1-mediated brassinosteroid signaling suppresses flavonoid biosynthesis in tomato fruit的研究论文，该研究借助DAP-seq技术鉴定了SlBES1及其同源基因SlBZR1的全基因组靶基因，揭示其对番茄果实类黄酮合成的调控作用及机制，为番茄品质改良提供理论依据。蓝景科信为该研究提供了DAP-seq

2025-10-20 15:37:42 868

原创 Gephi安装+数据处理教程：快速生成高质量网络关系网络

Gephi是一款开源、免费软件，可用于各种图形和网络的可视化，是主流网络可视化软件之一。在生物科学领域，常用于基因共表达网络、蛋白互作网络、微生物相互关系网络等等类似的网络图形绘制。

2025-10-14 17:07:15 628

原创【文献解读】ChIP-seq应用：解锁地钱叶绿体发育调控密码

该研究借助ChIP-seq明确了MpGLK的直接靶标基因、结合基序及调控特征，联合ATAC-seq共同揭示了MpGLK的结合特性及与开花植物的保守性和分化。目前，被子植物（如拟南芥）中的调控机制已被逐步揭开，但在非种子植物中，这些关键调控因子的功能是否“代代相传”，始终是未解之谜。的直接靶点，作者通过ChIP-seq分析，发现了2654个可重复结合峰，其结合RGATTYY基序，与开花植物GLK相似，关联到1326个靶基因。突变体中下调，35%在过表达株系中上调，且差异表达基因的结合强度更高，Mp。

2025-10-14 16:43:32 646

原创 polysome profiling（多聚核糖体图谱分析）——解析翻译调控机制的金标准

翻译组学的研究技术有多聚核糖体图谱分析(Polysome profiling)、核糖体新生链复合物测序(RNC-seq)、翻译核糖体亲和纯化测序(TRAP-seq)和核糖体印迹测序(Ribosome profiling,又称为Ribo-seq)。Polysome profiling利用核糖体沉降系数较大的特性分离多聚核糖体，是经典的翻译组检测技术，是评估翻译效率的“金标准”。

2025-09-29 15:09:09 619

原创 EMSA探针设计指南：从结合位点预测到特异性探针设计

EMSA，中文全称为电泳迁移率实验，也被称为凝胶阻滞实验，是研究蛋白质与核酸相互作用的一种经典体外实验技术。其核心原理在于：标记后的核酸探针（常用生物素）与对应结合蛋白特异性结合后，会形成分子量更大的“蛋白质-核酸复合物”；由于该复合物在凝胶中的迁移速度远慢于游离探针，因此在凝胶上会表现为条带的“滞后”或“阻滞”现象，若为生物素标记探针，可通过化学发光法显影；若为放射性或荧光标记，则需对应采用放射自显影或荧光成像检测，最终通过条带判断结合是否发生。这一特性使得EMSA成为检测蛋白质与核酸结合的有效工具。

2025-09-25 11:46:47 1317

原创 New Phytologist（IF=8.1）|DAP-seq助力解析拟南芥雄性育性调控网络

2025年7月6日，浙江大学徐娟教授团队在New Phytologist期刊发表了一篇题为“A DELLA-ANAC106 reciprocal negative feedback circuit modulates gibberellin homeostasis to regulate male fertility in Arabidopsis”研究论文。该研究借助DAP-seq技术揭示了拟南芥中DELLA-ANAC106双向负反馈回路调控赤霉素（GA）稳态以维持雄性育性的分子机制，为植物生殖过程中植物激

2025-09-25 11:39:53 751

原创 Riboseq研究思路解析-植物领域篇

Riboseq通过捕获核糖体保护的mRNA片段（RPFs），与RNAseq数据联合计算翻译效率（TE=Riboseq丰度/RNAseq丰度），直接量化基因在翻译层面的调控强度。该方法能区分环境胁迫中转录与翻译调控对蛋白质合成的贡献差异，为解析解决“作物如何通过蛋白质合成重编程响应逆境？”这一核心问题提供关键技术支撑。

2025-09-25 11:30:35 899

原创 HaloTag pull-down技术介绍

蛋白Pull down技术将目标蛋白进行体外原核表达，使标签蛋白（Halo、GST、His等）与目标蛋白融合表达，可以不受抗体、物种限制仅借助标签的亲和介质将目标蛋白纯化出来，目标蛋白在纯化过程中可以将与其能够发生作用的蛋白“下拉”下来，进而利用蛋胶、Western Blot或者质谱鉴定拉下来的蛋白质，这些蛋白即与目标蛋白相互作用的蛋白。本公司主要提供Halo/GST-tag pull down：Halo-tag pull down是使用体外真核表达系统来表达目的蛋白，表达的目的蛋白携带Halo标签；

2025-09-05 16:16:19 265

原创项目文章▏HaloTag pull-down技术助力揭示PeCPK21与HMAPs互作增强杂交杨镉胁迫耐受性的分子机制

（b）光合相关蛋白：包括高叶绿素荧光蛋白136（PcHCF136，定位于叶绿体）、光系统Ⅱ10 kDa 多肽（PcPsbR）、捕光复合体类似蛋白（PcOHP1）、光合NDH复合体腔侧亚基5（PcPNSL5）、类囊体弯曲蛋白1A/1B/1C（PcCURT1A/1B/1C，定位于叶绿体）、ATP 合酶α亚基（PcatpA，定位于叶绿体）以及ATP合酶δ亚基（PcATPD，定位于叶绿体）；结果显示，CdCl₂处理后，转基因株系全株镉积累量及各器官镉含量显著低于WT，根尖Cd²⁺净流入量减少41%-51%，表明。

2025-09-05 16:05:31 622

原创 New Phytologist（IF=8.1） ▏DAP-seq助力揭示杂交枫香再生调控新机制

qRT-PCR与LC-MS/MS结果显示，在SE途径中，LsfBZR2过表达抑制LsfWAG2表达，导致IAA积累，促进愈伤增殖；，揭示了BZR2-GRF5转录调控模块通过组织特异性调控生长素外排基因LsfWAG2，介导油菜素内酯（BR）与生长素（IAA）信号互作，双向调控体细胞胚胎发生（SE）与器官再生的分子机制，为木本植物再生机制研究与遗传改良提供了全新视角。表达，在SE中维持高生长素环境促进愈伤增殖，在器官发生中降低生长素水平以加速芽再生，形成组织特异性的双向调控机制。促进杂交枫香的芽再生。

2025-08-21 17:43:14 665

原创 Linux常用命令大全：高效操作指南

本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写）2.1 替换文件中所有"old"为"new"2.2 查看目录下文件权限，修改日期等详细信息。3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔）2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳）1.1 查看文件尾部（实时追踪日志）3.3 自定义分隔符（CSV文件）1.3 查看大文件（支持搜索跳转）场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等。

2025-08-18 09:49:59 702

原创 KEGG 通路图看不懂？手把手带你从入门到通透

在基因介绍的部分，涉及的信息主要包括：（1）基因信息（Entry, Name, Definition）（2）Pathway，该基因参与了哪些通路（3）Disease，该基因涉及哪些疾病（4）Brite，该基因涉及的通路的分级关系，即展示A级通路-B级通路-C级通路-基因的分层级关系信息）（5）genes，该基因的各个物种中的同源基因。（6）该基因的参考文献的信息。2. 其次生物体内信号通路交叉调控，形成了复杂的网络，因此KEGG中的通路图，大多也是几个通路胶合在一起的，再看通路图时，我们需要化繁为简。

2025-08-18 09:32:35 2184

原创 Plant Biotechnol J（IF=10.5）|DAP-seq助力揭示葡萄白粉病抗性机制

通过Y2H验证、双分子荧光互补（BiFC）、分裂荧光素酶互补（Split-LUC）、Pull-down及荧光共振能量转移（FRET-AB）等试验，证实VqWRKY46与VqNF-YC9存在直接互作。接种葡萄白粉菌9 d后，与野生型（WT）相比，过表达植株表现出分生孢子数量减少、菌丝长度缩短，同时伴随胼胝质积累增加、过氧化氢含量升高及HR反应增强等现象，以及防御相关基因的表达水平显著上调；的上游调控机制，该研究通过酵母单杂交（Y1H）文库筛选，鉴定到转录因子VqLIMYB。的表达，进而介导葡萄白粉病抗性。

2025-08-07 13:32:13 1302

原创【收藏】ATAC-seq技术原理及在植物器官发育中的应用

本研究旨在探究玉米叶片BBCH_11、BBCH_13、BBCH_17三个发育阶段中染色质可及性的动态变化及其对全基因组基因表达的影响，通过ATAC-seq（检测染色质可及性）和RNA-seq（分析基因表达）的整合分析，发现三个阶段分别鉴定出46,808、38,242、41,084个可及染色质区域（ACRs），且ACR的数量和强度显著影响基因表达水平；染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。

2025-08-01 11:51:16 867

原创 RAP-seq技术——无需特异性抗体，高效解析RNA-蛋白互作调控网络

在细胞的生命活动中，RNA结合蛋白（RBP）与RNA的互作如同精密的“分子开关”，调控着mRNA的稳定性、翻译效率及亚细胞定位等关键过程。无论是植物应对盐碱干旱的逆境适应，还是人类疾病中的基因表达异常，这些生命现象的调控机制均与RBP与RNA的动态互作密切相关。亲和纯化测序（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq）是蓝景科信自主研发的创新技术，通过体外重组蛋白表达-RNA亲和捕获-高通量测序的全流程设计，实现了RBP结合RNA的高效鉴定。

2025-07-28 15:01:22 299

原创 Int J Biol Macromol | DAP-seq助力揭示水稻抗病新机制

当OsJAZs被降解后，OsMYC2进入细胞核，与OsMYC3联手启动抗氧化酶、金属转运蛋白等基因的表达，增强水稻对病菌的抵抗能力。该研究突破了传统对JA信号调控的认知，构建了“OsBBI1→降解JA抑制因子→释放OsMYC2→激活防御基因”的完整调控链，证实E3泛素连接酶可通过“降解抑制因子”的方式快速激活免疫，为作物抗病机制研究提供了新思路。这些结果表明，OsMYC2和OsMYC3通过促进病原体诱导的防御基因表达和活性氧（ROS）积累，正向调控水稻对稻瘟病菌的免疫反应。对水稻稻瘟病抗性起正向调控作用。

2025-07-16 14:59:36 883

原创 DAP-seq技术服务常见问题解答：从样本准备到数据分析

如果您已有转基因材料，且有ChIP级别抗体的话，ChIP实验还是值得尝试的，毕竟能够拿到体内结果，若难以满足上述条件，且时间、经费有限，建议您优先考虑DAP-seq实验。参考基因组建议优先选择您日常分析中常用的版本，如果后续需要将DAP-seq数据与其他实验数据（如RNA-seq、ATAC-seq等）进行联合分析，请务必保证所有数据使用相同版本的参考基因组，这样才能确保分析结果的准确性和一致性。，即可揭示转录因子与DNA的互作网络，如今已成为植物学、微生物学等领域解析基因表达调控网络的关键技术手段。

2025-07-16 14:52:06 1203

原创国自然热门领域解析：一文读懂组蛋白修饰的奥秘

例如，组蛋白H3在丝氨酸10和28上的磷酸化，以及组蛋白H2A在T120上的磷酸化，参与有丝分裂过程中染色质的致密化，调节染色质结构和功能，是细胞周期和生长的重要标志；组蛋白修饰是表观遗传调控的核心机制之一，通过共价修饰（如甲基化、乙酰化等）改变染色质结构，从而精确调控基因表达，决定细胞的功能和发展方向。相较于传统ChIP技术，它们在实验操作上更为简便，大幅降低了样本需求量，并且在数据质量上有显著提升，能够更高效、灵敏地检测组蛋白修饰，为组蛋白修饰研究提供了新的高效手段，进一步推动了该领域的研究进展。

2025-07-16 14:39:09 1233

原创【科研必备】系统发育分析——MEGA保姆级使用教程

此外，系统发育树使用了来自多个物种的同系物进行树木分析，结果（图1A）表明MsMYB35与MtMYB35、PsMYB35、TrMYB35和GmMYB35 密切相关，形成一个具有高bootstrap值的强进化枝（100），表明具有相当大的进化相似性。首先，需要准备用于分析的序列数据，可以是 DNA、RNA 或蛋白质序列。（2）这里以ClustalW为例，上方点击Align by ClustalW后，出现如下的参数选择页面，一般情况下全部使用默认参数即可，点击右下角的OK选项进行比对。

2025-07-11 14:11:05 2789

原创 [应用指南] Ribo-seq在神经科学方向的研究思路

Ribo-seq能够通过高通量测序解析RPFs的位置和序列，可精确定位活细胞中正在翻译的核糖体在RNA上的具体位置，并可帮助研究人员推断起始密码子、识别上游开放阅读框（uORFs）、解析密码子翻译动态等信息。

2025-07-11 13:56:33 995

原创 ChIP-seq还是ChIP-qPCR？如何选择？

然后，利用特异性抗体与目标蛋白质结合，经过免疫沉淀步骤，将与目标蛋白结合的DNA-蛋白质复合物富集下来。不同之处在于，ChIP-qPCR后续利用实时荧光定量PCR技术，针对感兴趣的特定DNA区域设计引物，在PCR反应过程中，通过荧光信号的变化实时监测DNA的扩增情况，根据标准曲线计算出目标DNA区域的相对含量，以此反映蛋白质在该位点的结合水平。先在活细胞中固定蛋白质-DNA复合物，超声或酶切染色质成小片段，用特异性抗体富集目的蛋白结合的DNA，构建文库后高通量测序并分析，从而获取全基因组的结合位点信息。

2025-07-07 11:25:11 1068

空空如也

空空如也