AMDock分子对接

分子对接

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AMDock集成了Autodock Vina 和 Autodock4、ADT scripts、AutoLigand、Open Babel、PDB2PQR 和 PyMOL 的功能。对于活性位点中含有锌离子的蛋白质，AMDock可以选择使用专门定制的 Autodock4Zn参数。

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1. 对接流程图

2. 首先需要准备分子对接的受体结构。使用 UniPort 数据库可以查询蛋白质的相关信息。在检索框检索蛋白质，在 Structure 查看蛋白质结构信息。

结构信息包含 X-ray、HMR 解析的结构，点击用RSCB-PDB 可以在PDB数据库下载蛋白质结构。

关于分子对接中受体的选择：

• 根据分子对接的用途选择是否为人源蛋白质。
• 蛋白质解析的结构是未突变。
• 蛋白质分辨率越小越好。
• 蛋白质结构需要完整，有一些结构只解析其中的某一个亚基。
• 有配体参与的蛋白质结构。
• 在PDB数据库中，可以查询到发表蛋白质结构的文献。

下载蛋白质结构，文件格式为 pdb。

3. 准备配体结构，使用 ZINC 数据库下载配体的结构，格式为 mol2。如果配体结构无法在 ZINC 数据库中查询，可以通过Chem 3D 软件进行绘制，保存为mol2格式。

4. 使用AMDock进行分子对接。AMDock软件解压后就可以使用。

• 序号1、2、3创建分子对接的文件目录
• 序号4、5、6将受体和配体导入软件，并进行预处理。
• 序号7、8是选择受体的对接空间，第一个是软件自动预测蛋白质的对接空间，需要花费较长时间。第二个是根据文献查询蛋白质的那些氨基酸是对接位点，软件这些氨基酸来确认对接空间。第三个是根据蛋白质中已存在的配体确认对接空间（蛋白质的已存存配体在分子对接时是去掉的，不会影响新配体的对接。）。第四个是自己手动输入，自定义对接空间。
• 当上述处理无问题时，序号9进行分子对接。

5. 分子对接完毕后，可以看到分子对接的结构，一般选择第一个结果。点击show Pymol 可以可视化对接结果，并可以进行分子对接可视化处理。如何使用pymol进行可视化，参考PyMOL作图

数据库	网址
UniPort	https://www.uniprot.org/
PDB	https://www.rcsb.org/
ZINC	https://zinc15.docking.org/

以上是AMDock进行分子对接的简单操作。