Linux下使用Freesurfer的两种方法

原创 已于 2023-06-09 19:37:55 修改 · 1.9k 阅读 · 14 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#linux #python

于 2023-06-09 19:33:51 首次发布
本文介绍了如何在终端直接使用Freesurfer进行MRI处理，包括设置环境变量、指定数据路径以及运行recon-all命令。同时，文章还提供了通过Python脚本来自动化这一过程的方法，强调了文件权限和路径的重要性。

文章目录

1. 直接在终端使用

重点：Freesurfer安装完成后，需要在相同的用户名下运行，并且所有文件数据也要放在此用户下
放在其他地方可能会因为没有权限而运行失败

官网流程说明：（原文网址）
在这里插入图片描述

准备工作

  1. 打开终端，进入安装了freesurfer的账户中 su username
  2. 进入数据目录下 cd /home/username/sub07

开始运行

在终端中输入以下代码

  1. freesurfer安装的位置
export FREESURFER_HOME=/home/zhuqianyun/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
最低0.47元/天 解锁文章
freesurfer制作组平均模板
xxx
09-16 302
make_average_subject #制作组平均模板
Ubuntu 18.04如何安装最新版本FreeSurfer软件
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
03-13 2399
本文是Ubuntu18.04系统上安装最新版的Freesurfer软件。以下是所有安装流程。 安装过程——下载，解压freesurf，注册license文件 Step1: 下载Freesurfer，该软件提供两种下载方式， 第一种是直接去官网下载，地址为https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads. 第二种就是在Ubuntu里使用命令下载： wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/free
FreeSurfer的安装及使用（个人踩坑记录）
热门推荐
Y000077的博客
01-23 3万+
一、环境要求 目前只支持在Linux和MacOS系统，虽然可以用 -parallel 进行多线程处理，但基本消耗的是CPU内存。 二、FreeSurfer的下载与安装 1. 下载安装包 官网链接：rel7downloads - Free Surfer Wiki 根据自己系统型号下载对应安装包，我的电脑是Ubantu18.2的，下载的是freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz，记得科学上网，不然下载要二十多个小时。 或者直接在官网复制下载链接后，
安装freesurfer步骤
drwyan的博客
09-03 2774
5、转到freesurfer路径。1. Ubuntu升级。
学习笔记44—Linux下安装freesurfer
weixin_30758821的博客
12-14 866
第一步：安装ubuntu （略过）第二步：下载freesurfer：从freesurfer的官方网站上下载：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download ，此处下载的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz第三歩：安装freesurfer：1）把freesurfer的安...
走进脑计划（三）linux下安装freesurfer
clancy_wu的博客
06-26 2296
两天以安装软件为主。今天是ubuntu19.04下安装freesurfer 申明：我自己也是刚入这个领域，我的经验都是在网上搜的，我只是把我的过程记录下来，我自己是小白，我都能安装成功，所以你们肯定行，我会列出我自己踩过的坑。但是，以下知识点属于网上别人的，不属于我的，我只是在别人的基础上加了点自己的经验，且禁止用于商业途径。 一、下载安装包 搜索freesurfer，去官网下载linux版本...
linux环境运行bert,学习笔记44—Linux下安装freesurfer
weixin_42401025的博客
05-06 616
第一步：安装ubuntu (略过)第二步：下载freesurfer：从freesurfer的官方网站上下载：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download ，此处下载的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz第三歩：安装freesurfer：1)把freesurfer的安...
Linux 实用工具(Freesurfer 6.0)
qq_44748946的博客
03-12 822
Freesurfer安装教程（亲测有效）* 1、解压缩 打开终端，将freesurfer压缩包copy到 / usr/local文件夹 用命令 cp ../freesurfer压缩包(文件名) / usr/local cd /usr/local tar zxvf freesurfer压缩包(文件名) #解压缩 2、安装 安装tcsh (if not)，在终端输入： sudo apt-get install tcsh 完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。 3、sudo gedit...
FreeSurfer和FSL的安装和使用（脑部图像去除头骨+对图像和label同时进行仿射对齐）教程
zuzhiang的博客
07-24 2万+
FreeSurfer当前只支持Linux系统和Mac OS。我所使用的系统是Ubuntu 16 .0.4，FreeSurfer的安装耗时较小，但是在处理时耗时较长，可能需要数个小时，甚至一天，这个取决于机器性能，但是和GPU好像没太大关系。下面先给出总的安装步骤，然后单独给出详细的安装步骤。 首先给出几个我参考的文章： FreeSurfer-Introduction FSL/FreeSurfer安装教程 FreeSurfer使用手册 使用Voxelmorph配准IXI：数据预处理之颅骨去除及仿射对齐 其
【FreeSurfer云平台应用】：在AWS上部署与高效使用FreeSurfer的秘诀
![【FreeSurfer云平台应用】：在AWS上部署与高效使用FreeSurfer的秘诀]...# 1. FreeSurfer简介与云平台部署概述 ## 1.1 FreeSurfer简介 FreeSurfer是一款广泛应用于神经影像学领域的软件工具，它提供了一套完整的...
FreeSurfer的安装教程
10-17
FreeSurfer的安装教程，如果有问题，欢迎留言，一定全力解决
freesurfer安装及环境配置
weixin_51192938的博客
09-06 3489
freesurfer anzhuang
Freesurfer 安装使用指南
Dream19961996的博客
12-25 4803
Freesurfer目前只支持安装在Linux系统上 这里写目录标题FreeSurfer安装步骤FreeSurfer配准步骤 FreeSurfer安装步骤 https://blog.youkuaiyun.com/zuzhiang/article/details/107562854 安装在自己的虚拟环境里面即可： （1）将压缩包放在/home/tj/application/里面 （2）运行命令 解压压缩包 当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名 （3）改变freesurfer的文件权限
Freesurfer的基本使用（基于WSL2）
uiguhgd的博客
05-31 2804
FreeSurfer处理的主要输入数据是高分辨率的T1加权MRI图像，这是人脑结构的详细三维图像。
Ubuntu系统下freesurfer的安装
ITman233的博客
10-02 2563
找到适合自己系统的版本，我下载的是tar.gz文件，其他的文件应该只是压缩方式不同。====================注册=======================================配置======================================下载===================（.bashrc文件是隐藏文件，可以在图形界面中显示隐藏文件，双击进入修改；找到主目录下的.bashrc文件，打开它，把下面的代码添加到文件末尾。有其他报错的话，应该都是这样处理。
Freesurfer的简单使用和一些基础知识
lh16130130282的博客
05-15 1万+
Freesurfer的一些简单使用和基础知识
Freesurfer安装记录（Ubuntu18.04）
manqiAC的博客
09-12 324
ubuntu18.04安装freesurfer
FreeSurfer5.3.0下载安装配置
quxiaoxia1986的专栏
03-20 6375
安装配置完了FreeSurfer，整理了步骤，分享给大家。
FreeSurfer Surface 文件格式
sunshine_drizzle的博客
03-30 2984
本文是对http://www.grahamwideman.com/gw/brain/fs/surfacefileformats.htm的一个简要翻译，因为我不是逐字逐句的翻译，而是取一些我觉得有较大用处的句子进行意译。 概述：Volumes and Surfaces 一般来说，FreeSurfer的程序主要处理两种数据。一是基于体素的volume数据；二是来自volume的surface数据。
linux下载freesurfer
最新发布
05-12
</think>### Linux系统下FreeSurfer安装步骤 #### 一、下载安装包 1. **选择版本** 根据系统版本选择对应安装包（以Ubuntu 22为例）： ```bash wget ...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值