BWA用法笔记

最新推荐文章于 2025-05-22 11:05:41 发布
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#生物信息 #BWA #序列比对 #测序

0.BWA简介

bwa（全称Burrows-Wheeler Aligner），项目主页：http://bio-bwa.sourceforge.net/，主要功能是将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上。其中提供了三种算法：

算法 应用场景
BWA-backtrack illumina测序结果（reads长度不超过100bp）
BWA-SW 支持序列长度70bp-1Mbp，同时支持剪接性比对(split alignments)
BWA-MEM 最常用，最新，最准确，支持序列长度70bp-1Mbp，表现比BWA-backtrack好

1.构建index

官方文档说明：

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>

其中需要的数据库序列为fasta格式。

选项介绍： 


                

                
                
        

    

    
  


        

            

                      
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生信知识与软件小结：BWA、wtdbg

				
			

			

				

					BaldStrong's Log Cabin
				

				

					10-05
					
					4546
					
				

			

		

		

			
				
三代组装软件:canu、smartdenovo、wtdbg
三代矫正软件:Racon、Nanopolish
Falcon： 一个实验性的二倍体组装工具，测试multi Gb genomes。
Canu ：Celera Assembler的一个分支，专门用于高噪音单分子测序。
blast ：的全称是 basic local alignment search tool 是一种极其常见的序列比对工具。其...

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
宏基因组单个样本数据处理流程笔记

				
			

			

				

					weixin_44223966的博客
				

				

					07-03
					
					5164
					
				

			

		

		

			
				
宏基因组数据处理流程前言数据预处理质量控制
前言
衷心感谢这个开源互助的网络时代，能够让我在36岁高龄重新回到程序员的行列。在此特别感谢陈同和刘永鑫两位老师的生信交流平台，以及GitHub上各个开源工具的作者们。
本文将记录我在进行宏基因组数据处理过程中的一些经验教训，也欢迎各位朋友能够在留言区进行交流。
数据预处理
跟若干家公司打过交道，一般提供的数据是处理过的CleanData。为了能够确保流程和数据的可靠性，特别是对于以后要发文章的话，必须要求提供下机时生成的RawData，以及Adaptor和Bar

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
BWA使用说明

				
			

			

				

					小猪打呼噜
				

				

					06-16
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				
BWA使用说明

			
		

	





	

		

			

				
					
Bwa mem2比对软件安装到使用实操

					
最新发布

				
			

			

				

					曼曼花开，静观云卷云舒
				

				

					05-22
					
					370
					
				

			

		

		

			
				
bwa mem2针对支持AVX2/AVX512指令集的CPU进行了优化，软件安装前，需要先确认CPU是否支持的指令集。最近想做人类基因组的序列比对，之前一直使用的bwa，还未使用过bwa mem2，故从安装到使用操作一遍。# 若有输出（如 avx512f, avx512dq,avx2），则支持。我的输出的是avx2，所以需要安装支持avx2的bwa mem2。得到比对bam文件之后，可以进行后续的操作。# 查看 CPU 支持的指令集。

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
bwa

				
			

			

				

					cjbourne的博客
				

				

					12-23
					
					307
					
				

			

		

		

			
				
Description



Burrows-Wheeler Aligner (BWA) is an efficient program that aligns relatively short nucleotide sequences against a long reference sequence such as the human genome. It implements thr

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA/BWT 比对软件

				
			

			

				

					acoikw2620的博客
				

				

					07-09
					
					887
					
				

			

		

		

			
				
名称
  bwa–  Burrows-Wheeler Alignment Tool

内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史
摘要

b w a  i n d e x  r e f . f ab w a  m e m ...

			
		

	





	

		

			

				
					
基因数据处理20之BWASW算法ref分块建立索引然后比对

				
			

			

				

					Keep Learning
				

				

					04-22
					
					2013
					
				

			

		

		

			
				
SRR003161h20.fastq 三次测试：
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub$ bwa bwasw GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h20.fastq >SRR003161h20BWASWchr1.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs


			
		

	





	

		

			

				
					
生信软件之bwa

				
			

			

				

					weixin_46112973的博客
				

				

					08-07
					
					1395
					
				

			

		

		

			
				
@[TOC]生信软件之bwa
生信软件之bwa
一.介绍
BWA是一个针对大型参考基因组(如人类基因组)绘制DNA序列的软件包。它包括三种算法:BWA-backtrack, BWA-SW和BWA-MEM。
第一种算法用于Illumina序列读取100bp，其余两种算法用于较长的序列，读取范围从70bp到几兆位。BWA-MEM和BWA-SW具有类似的特性，比如支持长读和嵌合对齐，但通常推荐最新的BWA-MEM，因为它更快、更准确。对于70-100bp Illumina读数，BWA-MEM也比BWA-backt

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa-meth:使用bwa-mem和3个字母的基因组快速准确地比对BS-Seq读数

				
			

			

				

					05-10
				

			

		

		

			
				
wa  BS-Seq读取的快速准确对齐。 笔记！... 在参考和阅读中均使用甲基编码器和Bismark所采用的方法，将所有C进行电子转换为T。  通过将原始阅读作为注释附加到bwa作为标签附加到阅读的内容中，以恢

			
		

	





	

		

			

				
					
metag-BE587:宏基因组学jupyter笔记本

				
			

			

				

					03-28
				

			

		

		

			
				
比对工具有MALT、Bowtie2或BWA。  3. 转录组组装：由于宏基因组数据来自混合样本，可能包含许多不同微生物的片段，所以需要进行组装以构建更完整的基因组片段。常用软件有SPAdes、Metaspades或IDBA。  4. 功能注释：...

			
		

	





	

		

			

				
					
RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对

					
热门推荐

				
			

			

				

					垚垚爸的博客
				

				

					06-02
					
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参考文章：
RNAseq(4)–Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化
RNA-seq(5):序列比对：Hisat2
hisat2比对软件将reads比对到参考基因组
hisat2比对
1. 根据比对目的选择不同软件
RNA-Seq数据分析可以应用于不同目的的研究中，比如说找差异表达基因、或寻找新的可变剪切。如果找差异表达基因，只需要确定不同reads的数目，可以使用bowtie, bwa这类比对工具，或者是salmon这类align-free工具，并且后者的速度更快；如果需要找到新的isofo

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa:用于短读对齐的Burrow-Wheeler对齐器（有关长读对齐，请参见minimap2）

				
			

			

				

					04-28
				

			

		

		

			
				
注意： 已将BWA-MEM替换为PacBio和Nanopore读取比对。 它保留了BWA-MEM的所有主要功能，但速度却快了50倍左右，用途更广，更准确，并且产生了更好的碱基水平比对。 beta版已发布，可用于短读映射。 BWA-MEM2的速度大约是BWA-MEM的两倍，并且输出结果几乎相同。
入门
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa; make
./bwa index ref.fa
./bwa mem ref.fa read-se.fq.gz | gzip -3 > aln-se.sam.gz
./bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq | gzip -3 > aln-pe.sam.gz
介绍
BWA是一个软件包，用于将DNA序列针对大型参考基因组（例如人类基因组）进行定位。 它由三种算法组成：BWA回

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA使用

				
			

			

				

					Doris_xixi的博客
				

				

					07-17
					
					8825
					
				

			

		

		

			
				
全称：Burrows-Wheeler Aligner

参考：

https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html

http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/

官方文档：

http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa 解释

				
			

			

				

					m0_58052042的博客
				

				

					07-29
					
					549
					
				

			

		

		

			
				
bwa是一个用于将高通量测序读段与参考基因组进行比对的软件工具。它由Heng Li开发，是生物信息学领域中非常流行的工具之一，特别是在全基因组重测序、外显子组测序和RNA-Seq数据分析中。以下是bwa。

			
		

	





	

		

			

				
					
生信分析常见文件——BAM文件

				
			

			

				

					pumc_2023的博客
				

				

					10-13
					
					4271
					
				

			

		

		

			
				
比对软件将质控后的fq格式文件与参考基因组进行比对后。

			
		

	





	

		

			

				
					
bam文件header中的@RG

				
			

			

				

					G_P_Liu的博客
				

				

					08-30
					
					7012
					
				

			

		

		

			
				
序列比对后bam文件中@RG信息的确实导致用于gatk时报错。了解read group信息可以帮助我们从样本选取、建库、测序以及测序数据的reads ID中提取信息，用于在bwa比对时或比对后通过samtools、picard等软件加入@RG信息。...

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa安装及使用v0.7.17（生物信息学工具-018）

				
			

			

				

					weixin_44874487的博客
				

				

					04-30
					
					8338
					
				

			

		

		

			
				
BWA是一个用于将DNA序列比对到大型参考基因组（如人类基因组）的软件包。它包含三种算法：BWA-backtrack、BWA-SW和BWA-MEM。第一个算法设计用于 Illumina 测序读取长度最长为100bp，而后两个用于更长序列，范围从70bp到几百万碱基。BWA-MEM和BWA-SW具有类似的特性，如支持长读取和嵌合比对，但通常建议使用BWA-MEM，因为它更快、更准确。对于70-100bp的Illumina读取，BWA-MEM的性能也比BWA-backtrack更好。

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA安装，BWA-ALN使用，修正contigs

				
			

			

				

					m0_53945548的博客
				

				

					01-06
					
					708
					
				

			

		

		

			
				
【代码】BWA安装，BWA-ALN使用，修正contigs。

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA、Bowtie2、TopHat 和 HISAT2 这四款常用的序列比对软件

				
			

			

				

					2302_80012625的博客
				

				

					10-12
					
					3638
					
				

			

		

		

			
				
BWA：适用于短读和长读序列的比对，推荐使用 BWA-MEM 算法。Bowtie2：适合于高效的短序列比对，支持单端和双端数据。TopHat：专为 RNA-seq 数据设计，能够处理剪接事件。HISAT2：优化了 RNA-seq 数据的比对速度和内存效率，是现代 RNA-seq 分析的首选工具之一。这些工具各有优缺点，选择合适的工具取决于数据类型和具体分析需求。

			
		

	





	

		

			

				
					
wsl使用BWA

				
			

			

				

					04-28
				

			

		

		

			
				
根据引用[2]，使用apt安装生物信息学工具，比如Bowtie，所以可能BWA也可以通过同样的方法安装。不过，我需要检查BWA是否在Ubuntu的默认仓库中。  首先，我应该建议用户更新系统包列表，使用`sudo apt update`。然后...

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

		
评论 1

	

  
	




  

    

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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
 发出的红包
            

          

        

        

          

          

          

        

      

    

    

  



      
      

      
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