BWA用法笔记

最新推荐文章于 2024-10-13 21:34:22 发布
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#生物信息 #BWA #序列比对 #测序

0.BWA简介

bwa（全称Burrows-Wheeler Aligner），项目主页：http://bio-bwa.sourceforge.net/，主要功能是将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上。其中提供了三种算法：

算法 应用场景
BWA-backtrack illumina测序结果（reads长度不超过100bp）
BWA-SW 支持序列长度70bp-1Mbp，同时支持剪接性比对(split alignments)
BWA-MEM 最常用，最新，最准确，支持序列长度70bp-1Mbp，表现比BWA-backtrack好

1.构建index

官方文档说明：

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>

其中需要的数据库序列为fasta格式。

选项介绍： 


                

                
                
        

    


  


        

            

                      
                        最低0.47元/天 解锁文章
                          
                      
            

        


    



                



	

		

			

				
					
生信分析常见文件——BAM文件

				
			

			

				

					pumc_2023的博客
				

				

					10-13
					
					6189
					
				

			

		

		

			
				
比对软件将质控后的fq格式文件与参考基因组进行比对后。

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
BWA源码阅读笔记（二）索引文件amb/ann/pac文件是什么?

				
			

			

				

					xuzhougeng blog
				

				

					03-21
					
					4850
					
				

			

		

		

			
				
高通量数据比对讲究的就是一个快和准，因此大部分软件都是用C语言实现。BWA是目前基因组序列比对最常用的工具，由于自我感觉已经入门C语言，为了提高自己的水平，因此开始从源码角度学习李恒大神开发的BWA工具。

使用 bwa index 建立索引后，会得到以下后缀的文件, .amb, .ann, .pac, .bwt, .sa.  我们通常也不在乎这些文件是什么，除非你像我一样，想搞...

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
【亲测免费】 BWA（Burrows-Wheeler Aligner）安装与使用指南

				
			

			

				

					gitblog_00568的博客
				

				

					08-08
					
					948
					
				

			

		

		

			
				
BWA 是一个用于将低差异序列映射到如人类基因组这样的大型参考基因组的软件包。从GitHub仓库 [lh3/bwa](https://github.com/lh3/bwa.git) 克隆得到的源代码通常具有以下基本结构：

- **README**: 包含快速入门指导和重要说明。
- **bwa.c**: 主要的C语言实现文件。
- **bwaindex.c**, **bwalib.c** 等: ...

			
		

	





	

		

			

				
					
Burrows-Wheeler Aligner-开源

				
			

			

				

					04-28
				

			

		

		

			
				
BWA是用于针对大型参考基因组（例如，人类基因组）比对测序读数的程序。 它有两个主要组成部分，一个用于读取小于150bp的片段，另一个用于较长的读取片段。

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
bwa

				
			

			

				

					cjbourne的博客
				

				

					12-23
					
					324
					
				

			

		

		

			
				
Description



Burrows-Wheeler Aligner (BWA) is an efficient program that aligns relatively short nucleotide sequences against a long reference sequence such as the human genome. It implements thr

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA/BWT 比对软件

				
			

			

				

					acoikw2620的博客
				

				

					07-09
					
					945
					
				

			

		

		

			
				
名称
  bwa–  Burrows-Wheeler Alignment Tool

内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史
摘要

b w a  i n d e x  r e f . f ab w a  m e m ...

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa-meth:使用bwa-mem和3个字母的基因组快速准确地比对BS-Seq读数

				
			

			

				

					05-10
				

			

		

		

			
				
wa  BS-Seq读取的快速准确对齐。 笔记！... 在参考和阅读中均使用甲基编码器和Bismark所采用的方法，将所有C进行电子转换为T。  通过将原始阅读作为注释附加到bwa作为标签附加到阅读的内容中，以恢

			
		

	





	

		

			

				
					
零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作与分析流程

				
			

			

				

					tmrtmr___的博客
				

				

					12-23
					
					4049
					
				

			

		

		

			
				
（4）序列对比：使用bowtie2进行mapping，也就是与参考基因组序列进行比对，得到sam文件，后使用samtools进行排序得到bam文件；（8）数据分析：对测序得到的数据进行分析，包括序列比对、峰识别、富集区域的标定等步骤，以得到蛋白质与染色质相互作用的信息，如蛋白质结合位点、染色质富集区域等。（3）然后通过测序，可获得组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定组蛋白修饰相关的特定位点，还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。（2）原始数据质控：使用fastqc对原始数据进行质控，得到网页版报告（html）；

			
		

	





	

		

			

				
					
metag-BE587:宏基因组学jupyter笔记本

				
			

			

				

					03-28
				

			

		

		

			
				
比对工具有MALT、Bowtie2或BWA。  3. 转录组组装：由于宏基因组数据来自混合样本，可能包含许多不同微生物的片段，所以需要进行组装以构建更完整的基因组片段。常用软件有SPAdes、Metaspades或IDBA。  4. 功能注释：...

			
		

	





	

		

			

				
					
基因数据处理20之BWASW算法ref分块建立索引然后比对

				
			

			

				

					Keep Learning
				

				

					04-22
					
					2124
					
				

			

		

		

			
				
SRR003161h20.fastq 三次测试：
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub$ bwa bwasw GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h20.fastq >SRR003161h20BWASWchr1.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs


			
		

	





	

		

			

				
					
BWA使用说明

					
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					小猪打呼噜
				

				

					06-16
					
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BWA使用说明

			
		

	





	

		

			

				
					
生信知识与软件小结：BWA、wtdbg

				
			

			

				

					BaldStrong's Log Cabin
				

				

					10-05
					
					4623
					
				

			

		

		

			
				
三代组装软件:canu、smartdenovo、wtdbg
三代矫正软件:Racon、Nanopolish
Falcon： 一个实验性的二倍体组装工具，测试multi Gb genomes。
Canu ：Celera Assembler的一个分支，专门用于高噪音单分子测序。
blast ：的全称是 basic local alignment search tool 是一种极其常见的序列比对工具。其...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信软件之bwa

				
			

			

				

					weixin_46112973的博客
				

				

					08-07
					
					1481
					
				

			

		

		

			
				
@[TOC]生信软件之bwa
生信软件之bwa
一.介绍
BWA是一个针对大型参考基因组(如人类基因组)绘制DNA序列的软件包。它包括三种算法:BWA-backtrack, BWA-SW和BWA-MEM。
第一种算法用于Illumina序列读取100bp，其余两种算法用于较长的序列，读取范围从70bp到几兆位。BWA-MEM和BWA-SW具有类似的特性，比如支持长读和嵌合对齐，但通常推荐最新的BWA-MEM，因为它更快、更准确。对于70-100bp Illumina读数，BWA-MEM也比BWA-backt

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA使用

				
			

			

				

					Doris_xixi的博客
				

				

					07-17
					
					8964
					
				

			

		

		

			
				
全称：Burrows-Wheeler Aligner

参考：

https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html

http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/

官方文档：

http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA 的基本介绍和主要算法

				
			

			

				

					2302_80012625的博客
				

				

					10-13
					
					2407
					
				

			

		

		

			
				
BWA（Burrows-Wheeler Aligner）是一款将 DNA 序列比对到参考基因组上的工具，特别适用于低差异性的序列。它被广泛应用于基因组学和生物信息学研究，特别是在高通量测序数据处理和全外显子组测序（WES）分析中。

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa 解释

				
			

			

				

					m0_58052042的博客
				

				

					07-29
					
					644
					
				

			

		

		

			
				
bwa是一个用于将高通量测序读段与参考基因组进行比对的软件工具。它由Heng Li开发，是生物信息学领域中非常流行的工具之一，特别是在全基因组重测序、外显子组测序和RNA-Seq数据分析中。以下是bwa。

			
		

	





	

		

			

				
					
BWA的使用

				
			

			

				

					hs6605015的博客
				

				

					10-01
					
					7459
					
				

			

		

		

			
				
一、简介
BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。它由三个不同的算法：
BWA-backtrack: 是用来比对 Illumina 的序列的，reads 长度最长能到 100bp。
BWA-SW: 用于比对 long-read ，支持的长度为 70bp-1Mbp；同时支持剪接性比对。
BWA-MEM: 推荐使用的算法，支持较长的read长度，同时支持剪接性比对（split alignments)，但是B

			
		

	





	

		

			

				
					
bam文件header中的@RG

				
			

			

				

					G_P_Liu的博客
				

				

					08-30
					
					7417
					
				

			

		

		

			
				
序列比对后bam文件中@RG信息的确实导致用于gatk时报错。了解read group信息可以帮助我们从样本选取、建库、测序以及测序数据的reads ID中提取信息，用于在bwa比对时或比对后通过samtools、picard等软件加入@RG信息。...

			
		

	





	

		

			

				
					
bwa路径使用

					
最新发布

				
			

			

				

					07-22
				

			

		

		

			
				
### BWA 路径配置和使用方法

#### BWA 路径配置

BWA 本身不直接依赖于外部配置文件来控制其核心功能。它的行为主要通过命令行参数进行调整[^1]。然而，在某些情况下，用户可能需要通过配置文件来管理 BWA 的路径以及相关的软件依赖路径。例如，可以使用 `config.ini` 文件来存储 BWA 和其他相关工具的路径信息，以便于脚本调用和管理。以下是一个示例配置文件的内容：

```ini
[Reference]
hg19 = /public/analysis/pipeline/reference/hg19/ucsc.hg19.fa

[Bin]
chrome_length = /public/analysis/pipeline/input/bin/chr_length

[Software]
bwa = ~/anaconda3/envs/bin/bwa
samtools = ~/anaconda3/envs/bin/samtools
```

在上述配置文件中，`bwa` 的路径被指定为 `~/anaconda3/envs/bin/bwa`，这意味着 BWA 被安装在 Miniconda 环境中。为了确保 BWA 能够正确运行，用户需要确保该路径存在于系统的 `PATH` 环境变量中，或者在调用 BWA 时显式指定完整路径。

#### BWA 安装与路径设置

在 Linux 系统下，可以通过 Miniconda 来安装 BWA。首先，需要下载并安装 Miniconda：

```bash
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
```

安装完成后，可以通过创建和激活一个虚拟环境，并在该环境中安装 BWA：

```bash
conda create -n bwa_env
conda activate bwa_env
conda install -c bioconda bwa
```

安装完成后，BWA 的可执行文件通常会被放置在 `bwa_env` 环境的 `bin` 目录下，例如 `~/miniconda3/envs/bwa_env/bin/bwa`。为了方便使用，可以将这个路径添加到系统的 `PATH` 环境变量中，或者在调用 BWA 时直接使用完整路径。

#### BWA 使用方法

BWA 的主要功能包括构建参考基因组索引、比对测序数据以及处理比对结果。以下是一些常见的 BWA 使用示例：

##### 构建参考基因组索引

在进行比对之前，需要先为参考基因组构建索引：

```bash
bwa index reference.fa
```

这条命令会生成多个索引文件，这些文件将被用于后续的比对过程。

##### 比对二代测序数据

使用 BWA 对二代测序数据进行比对时，可以使用以下命令：

```bash
bwa mem -t 16 reference.fa sr.1.fa sr.2.fa | samtools sort -O BAM -@4 > aligned.bam
```

在这个命令中，`-t 16` 参数指定了使用的线程数，`reference.fa` 是参考基因组文件，`sr.1.fa` 和 `sr.2.fa` 是双端测序数据。比对结果会被输出为 BAM 格式的文件 `aligned.bam`。

##### 使用 BWA 进行纠错

BWA 还可以用于对组装结果进行纠错。例如，使用 BWA 对经过初步组装的基因组进行纠错：

```bash
bwa index dbg.cns.fa
bwa mem -t 16 ../dbg.cns.fa sr.1.fa sr.2.fa | samtools sort -O SAM | wtpoa-cns -t 16 -x sam-sr -d ../dbg.cns.fa -i - -fodbg.srp.fa
```

在这个过程中，首先需要为初步组装的基因组 `dbg.cns.fa` 构建索引，然后使用 BWA 对二代测序数据进行比对，最后使用 `wtpoa-cns` 工具根据比对结果对基因组进行纠错。

#### 注意事项

- **路径问题**：在使用 BWA 时，必须确保所有涉及的文件路径都是正确的。如果文件不在当前目录，需要提供完整的绝对路径或相对路径。
- **环境变量**：确保 BWA 的安装路径已经被添加到系统的 `PATH` 环境变量中，或者在调用时使用完整路径。
- **线程数**：根据系统的硬件配置，合理设置 `-t` 参数以充分利用多线程处理能力。

通过上述步骤，用户可以有效地配置 BWA 的路径并正确使用其功能。

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

		
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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
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