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RSS订阅原创 RoseTTAFoldNA部署
主要流程参考git的官方指导：https://github.com/uw-ipd/RoseTTAFold2NA国内部署可以参考：PSP - 蛋白质与核酸(RNA\DNA)复合物结构预测 RoseTTAFoldNA 算法框架pyg安装仍然很慢，可以参考：PyG的安装与基本使用方法
2023-12-20 10:43:47
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原创 Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定
使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号，则直接选择对应的config即可。可以看到这批数据用的flow cell type是FLO-MIN106，所用的Kit type是SQK-RNA002。因此，所需的config文件是rna_r9.4.1_70bps_hac。运行Guppy时，-c参数后跟后缀为.cfg的文件：rna_r9.4.1_70bps_hac.cfg即可。
2023-06-05 11:26:37
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原创 运行写有conda activate my_env的bash脚本时报错CommandNotFoundError的解决方案
在命令行直接输入conda activate my_env可以直接进入该环境。但如果将该命令放到bash脚本中，再运行该脚本时会提示错误：CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.。这是bashrc没有配置好conda启动项的原因。
2023-03-15 17:46:34
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原创 通过Jupyter Notebook使用linux服务器安装的R
R语言有着强大的数据处理和可视化功能，jupyter notebook为远程使用脚本语言提供了便利。本文根据公开资料整理总结了通过jupyter远程使用R的方法，提升数据分析效率。
2023-03-02 14:05:02
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原创 nanopolish错误“The fast5 file is compressed with VBZ but the required plugin is not loaded.”的解决方案
Nanopolish能够利用Nanopore测序数据实现提升基因组组装草图的质量、检测碱基修饰、检出SNP和indel、分析polyA长度等功能。Nanopore测序仪生成的fast5文件经过了vbz压缩，使得nanopolish的过程中往往遇到无法运行的情况。对此，nanopore团队提供了相应的插件。本文根据相关文档介绍了插件安装过程，供从事三代测序分析的初学者参考。
2023-02-27 16:44:58
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原创 linux安装ont-tombo出现的问题及解决方案
tombo作为fast5格式数据的可视化工具及检测碱基修饰的基础工具，对于nanopore测序数据的分析至关重要。尽管官方文档给出了conda和pip两种安装方式，但实际操作中总会遇到各种问题。本文总结了自己的安装过程中遇到的错误，并根据公开资料整理了相应的解决方案。希望能够对nanopore数据分析的初学者有所帮助。
2023-02-27 14:07:34
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原创 bam文件header中的@RG
序列比对后bam文件中@RG信息的确实导致用于gatk时报错。了解read group信息可以帮助我们从样本选取、建库、测序以及测序数据的reads ID中提取信息，用于在bwa比对时或比对后通过samtools、picard等软件加入@RG信息。...
2022-08-30 15:00:14
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空空如也
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