RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

一.测试服务器设定

1.使登录后自动进入/home目录下

vim ~/.bashrc
#在文件中加入以下行后保存退出
cd /home

2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具

mkdir RNAseq_tool

二.各生信工具在测试服务器下的安装

1.sratoolkit下载及安装

#下载并解压
wget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
#进入bin目录
cd [download_location]/sratoolkit[version]/bin/
#设置path并使其生效
vi /etc/profile
增加以下行
export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin
vi /etc/environment
增加以下行：
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin"
source /etc/profile
source /etc/enviroment
#测试安装是否成功
fastq-dump –version
#运行案例
fastq-dump -X 5 -Z SRR390728

#配置SRAtoolkit的下载路径
[安装路径]/bin/vdb-config –i 设定下载路径

2.fastqc下载及安装

#fastqc需要java环境，首先下载并配置java，此处下载 jre1.8.0_144
wget http://javadl.oracle.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=225345_090f390dda5b47b9b721c7dfaa008135

#进入安装目录解压
tar –xzvf jre-8u144-linux-x64.tar.gz

#配置java的环境变量
vi /etc/profile
添加以下行
JAVA_HOME=/usr/java/jre1.8.0_144/
export CLASSPATH=.:$JA