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原创使用ROSE寻找超级增强子

ROSE是一种通过bam文件及gff文件寻找enhancer及其相关基因的工具，此工具由python编写。

2017-09-06 09:18:05 14023 2

原创 BWA用法笔记

bwa（全称Burrows-Wheeler Aligner），是用来对二代测序数据进行比对的常用工具

2017-08-31 15:44:11 3457 1

原创 vcf文件格式详细解释

vcf文件作为SNP的标准格式文件，了解其格式含义极其重要。

2017-08-31 15:20:32 32104 3

原创 samtools及BCFtools常用参数和使用文档

samtools及BCFtools是生信数据处理中很重要的两个工具

2017-08-31 15:09:04 4147

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使用最新的Hisat2+htseq流程对RNA-seq数据进行处理

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2017-08-31 14:00:03 8625

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使用ROSE寻找超级增强子
m0_62001731: 楼主请问rose能用于小鼠和人之外的物种吗
vcf文件格式详细解释
Dream of Grass: 博主用心了
vcf文件格式详细解释
Flynn1392: phred\phrap－基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包的一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发，主要用于学术科研活动。Phred 能处理测序仪直接生成的色谱图，并且产生相关的信息。为了确定最后的质量分值，phred 分析四种碱基的在色谱图（chromatogram）中的峰轨迹(trace)，利用各种识别方法尽量识别每个峰轨迹（trace），同时兼顾全局的峰轨迹（trace）的识别；言下之意就是说可能某个峰轨迹（trace）用某种方法可以很好的识别但如果这造成全局其他的峰轨迹（trace）不能得到很好的识别，这样的方法不可取。选定了某种方法后，这样在保证全局的识别情况下必然会有单个的峰轨迹（trace）被认为是错误的需要校正，这样就可以统计出碱基测序错误的频度，比如说每 100 个碱基就有一个错误。然后就可以用这个错误频度来度量测序的质量了。公式如下： Q = -10 log10 (P) 公式中的 Q 代表了碱基的测序质量值,P代表每个碱基测序出错的概率。例如，如果每100 个碱基就有一个错误，那么 P＝0.01，这样 Q 就为 20；如果 P＝0.001， Q 为 30。注意当 P 为错误阈值（cutoff，默认为 0.05）时，Q 近似为 13，所以 13 就可用作背景来估计总体的质量值。
vcf文件格式详细解释
Flynn1392: dbSNP：database of SNP（Wikipedia：The Single Nucleotide Polymorphism Database）单核苷酸多态性数据库dbSNP（http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)是由NCBI与人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）合作建立的，它是关于单碱基替换以及短插入、删除多态性的资源库。因为开发dbSNP 是为了补充和辅助 GenBank, 所以它包含了来自任何生物体的核苷酸序列。
使用ROSE寻找超级增强子
Silfiper: 跑出来只有两个文件夹gff mappedGFF，没有其他文件是怎么回事

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