cmake安装LAMMPS增加MOLECULE等package

使用cmake可以较make更加快捷的安装LAMMPS,关于官网上已有Cmake安装的详细教程:

https://docs.lammps.org/Build_cmake.html

可是经过使用,发现默认的安装方式里只有最基础的包,甚至没有MOLECULE包

因此为了使用cmake来增加想要安装的包,可以如下调整:

1.在lammps文件路径下找到cmake文件夹内的presets文件夹,内有basic,cmake,文件内容如下:

# preset that turns on just a few, frequently used packages
# this will be compiled quickly and handle a lot of common inputs.

set(ALL_PACKAGES KSPACE MANYBODY MOLECULE RIGID GRANULAR)

foreach(PKG ${ALL_PACKAGES})
  set(PKG_${PKG} ON CACHE BOOL "" FORCE)
endforeach()

修改其中第四行的内容,根据自己的需求补充想要安装的包

2.在lammps的路径下新建一个文件夹,如build_new

进入文件夹后,在shell内输入cmake命令:

cmake ../cmake -C ../cmake/presets/basic.cmake -D PGK_USER_OMP=yes

则开始cmake正常配置,接着编译

cmake --build .

make install

3. 在路径中重新配置当前lmp的路径。

### Linux 下载并安装软件教程 在 Linux 系统中,下载并安装软件可以通过多种方式实现。以下是针对不同场景下的通用方法。 #### 使用 `.deb` 软件安装 对于 Ubuntu 和 Kali 等基于 Debian 的发行版,可以使用 `.deb` 文件来安装软件。以 QQ 为例: 1. **获取 .deb 文件** 访问官方或其他可信网站下载目标软件的 `.deb` 文件[^1]。 2. **安装依赖项** 在终端输入以下命令更系统并安装可能缺少的依赖项: ```bash sudo apt update && sudo apt upgrade ``` 3. **安装 .deb 文件** 将下载好的 `.deb` 文件通过 `dpkg` 命令进行安装: ```bash sudo dpkg -i /path/to/package.deb ``` 如果遇到未满足的依赖关系,则运行以下命令解决: ```bash sudo apt --fix-broken install ``` #### 编译源码安装(以 LAMMPS 为例) 某些复杂软件需要从源代码编译才能正常工作。例如,在 VMware 中安装 LAMMPS 需要完成如下操作: 1. **准备开发环境** 安装必要的编译工具链以及库文件: ```bash sudo apt-get install build-essential cmake git libfftw3-dev mpich ``` 2. **克隆或下载源码** 获取最版本的 LAMMPS 源代码: ```bash git clone https://github.com/lammps/lammps.git cd lammps/src ``` 3. **配置构建选项** 创建一个单独目录用于存储生成的目标文件,并调用 CMake 工具指定所需功能模块: ```bash mkdir ../build && cd ../build cmake .. -DENABLE_MPI=on -DPKG_MOLECULE=yes make -j$(nproc) ``` 4. **验证安装成功与否** 执行测试脚本来确认一切设置无误: ```bash ./lmp -in ../examples/in.lj ``` #### JDK 类型解压缩部署 像 Java Development Kit (JDK),通常提供的是 tarball 归档形式而非标准二进制格式。因此需手动提取其内容到适当位置后再做路径映射处理。 1. **上传 JDK 到服务器或者本地磁盘某处** 2. **释放归档数据流至目标站点** ```bash tar zxvf jdk-*.tar.gz -C /opt/ ln -s /opt/jdk*/bin/java /usr/bin/java echo 'export JAVA_HOME=/opt/jdk*' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc java -version ``` 以上就是几种常见的 Linux 平台上的应用程序获取途径及其对应的操作指南[^3]。
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