lammps voronoi包安装的两种方式

voronoi 包

方式1

#1、加载 Intel 及intelmpi 环境
source
#2、下载 并解压 voro+±0.4.6 安装包
https://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro+±0.4.6.tar.gz
#3、编译 voro++;
cd voro++
vim config.mk ##修改安装位置
PREFIX=lammps-15Jun2023/lib/voronoi/voro ## 指定安装目录
：wq
make
make install
#4 voronio 包 需要voro+±0.4.6 头文件 和 lib 文件位置 常规指定不生效
cd lammps-15Jun2023/lib/voronoi
vim Makefile.lammps
voronoi_SYSINC = -Ilammps-15Jun2023/lib/voronoi/voro/include/voro++
voronoi_SYSLIB = -lvoro++
voronoi_SYSPATH = -Llammps-15Jun2023/lib/voronoi/voro/lib
:wq
#5 编译
cd lammps-15Jun2023/src
make yes-voronoi

还加了以下的包

MEAM，qeq，REAXFF，RIGID，SHOCK，VORONOI，COMPRESS，CORESHELL，DIELECTRIC，MANYBODY，MC，PHONON，KSPACE voronoi

make -j intel_cpu_intelmpi

方式2

1. 下载lammps最新稳定版源码包（可自行下载需要的版本的源码包:官方;github）
   wget方式下载（网络等问题可自行下载后上传服务器）：

https://www.lammps.org/
1
解压：

tar -xzf lammps-stable.tar.gz
1
2. 安装编译lammps
编译环境加载:
gcc 13.3 intel2023

进入lammps安装目录:

cd lammps-29Sep2021/src/
1
选择需要安装的package：

选择安装其它的包(如不需要，跳过此步)
如：make yes-kspace yes-manybody yes-molecule

或：make yes-all && make no-lib && make no-ext （！推荐，本教程采用！）

对于老版本： make yes-std && make no-lib

相关命令，详情见官方手册：

make yes-all # install all packages
make no-all # uninstall all packages
make yes-basic # install a few commonly used packages’
make no-basic # remove a few commonly used packages’
make yes-most # install most packages w/o libs’
make no-most # remove most packages w/o libs’
make yes-lib # install packages that require extra libraries
make no-lib # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext # install packages that require external libraries
make no-ext # uninstall packages that require external libraries

make package-status # show which packages are currently installed
make ps # show which packages are currently installed
make package-installed # show which packages are currently installed
make pi # show which packages are currently installed

注意：有些软件包需要其它库依赖，无法安装，详情见官方手册

Voronoi package的安装
采用官网手册中的Traditional make方法

make lib-voronoi                          # print help message
make lib-voronoi args="-b"                # download and build the default version in lib/voronoi/voro++-<version>
make lib-voronoi args="-p $HOME/voro++"   # use existing Voro++ installation in $HOME/voro++
make lib-voronoi args="-b -v voro++0.4.6" # download and build the 0.4.6 version in lib/voronoi/voro++-0.4.6

注意：下载voro+±0.4.6可能会网络出错导致lib/voronoi/Install.py脚本运行报错，此时自行下载并上传服务器并修改lib/voronoi/Install.py脚本。
voro++下载网站: http://math.lbl.gov/voro++/download/
voro+±0.4.6下载网址: http://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro+±0.4.6.tar.gz

下载完将安装包上传至lammps-29Sep2021/lib/voronoi目录下
注释Install.py脚本中的79行geturl(url, vorotar)

进入lammps-29Sep2021/src/目录

make lib-voronoi args="-b -v voro++0.4.6"
make yes-voronoi

Colvars package的安装
采用官网手册中的Traditional make方法

make lib-colvars args="-m mpi"
make yes-colvars

开始编译(src/目录下)：

make -j  intel_cpu_intelmpi

其中的-j 是采用并行编译 不和别人共享使用的话可以使用这个，和别人共享登录节点的，-j 加个并行数 一半 一半核心数就行 ，make clean-all 清理编译的包重新编译前可以执行

参考 https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42807065/article/details/122111497

最后发现还是 方式2 好用。

超算工作，科学计算试算找我，欢迎白嫖，试算用户 7天免费用，100G存储，俩节点权限总共112核心，192G内存，节点配置为双路56核心英特尔Gold 6258R处理器，还有超大内存节点1.5T