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原创 星逸飞腾docker镜像(2)vasp和quantum expresso安装

重点介绍了VASP5.4.4和QE 7.5的安装步骤:1)修改lapack配置并编译;2)处理fox编译问题,添加aarch64支持;3)完成QE主程序编译,启用SCALAPACK和多个插件。文中详细列出了各阶段的配置参数和编译命令,包括编译器设置、路径修改等关键环节,最终成功完成两个计算软件的安装。

2025-11-11 09:21:02 166

原创 星逸arm的k8s docker镜像(1)siesta安装

本文记录了在ARM架构的Ubuntu系统(基于天河星逸arm架构的docker镜像)上使用K8s docker镜像安装SIESTA量子化学软件包的过程。主要步骤包括:1)安装GCC-9等基础工具;2)安装OpenMPI并行计算库;3)安装OpenBLAS、LAPACK等数学库;4)安装SCALAPACK并行线性代数库;5)安装FFTW3傅里叶变换库;6)编译SIESTA主程序及工具包。期间解决了编译器版本过高导致的SCALAPACK编译错误、系统架构识别问题等。最终成功构建了完整的SIESTA计算环境。

2025-11-06 12:05:53 402

原创 星逸飞腾集群phonopy安装

phonopy是一款基于Python的晶体声子分析程序,主要用于材料科学中的声子谱计算。该摘要介绍了安装步骤:1)通过Miniconda3搭建环境;2)创建conda虚拟环境并安装phonopy;3)简单测试。同时提供了联网代理配置方法,设置http/https代理以解决网络访问问题。该程序支持与VASP等第一性原理软件配合,用于计算材料热力学性质。安装过程需注意Python版本(3.9.6)和代理服务器配置。

2025-10-15 15:00:02 231

原创 星逸飞腾集群siesta安装

SIESTA(Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)是用于分子和固体电子结构计算及分子动力学模拟的计算材料物理软件,主要应用于物理化学领域的科研工作。

2025-10-15 14:57:09 131

原创 星逸国产飞腾集群wannier90安装

解决方法:在~/.bashrc最后添加lapack include和lib作为include和library搜索路径。1.1. lapack 安装。

2025-10-11 17:24:43 283

原创 xingyi ai集群transformer engine安装

星光k8s目前只有AI集群服务能使用RDMA,因此通过AI集群服务中的pytorch镜像开启环境。

2024-08-11 21:45:41 753 1

原创 天河星逸集群cp2k安装

主要是因为parmetis这个库没有装,在toolchain/build路径执行。报错scotch=>手动安装。报错elpa=>手动安装。

2024-07-02 11:41:50 408

原创 blast天河星逸集群安装(blast-2.15.0+,magicblast-1.7.2,igblast-1.22.0)

【代码】blast天河星逸集群安装(blast-2.15.0+,magicblast-1.7.2,igblast-1.22.0)

2024-05-31 17:42:08 385

原创 lammps多库安装

【代码】lammps多库安装。

2024-05-31 16:22:42 753

原创 AutoDock4,AutoDock_vina安装(星逸集群)

【代码】AutoDock4,AutoDock_vina安装(星逸集群)

2024-05-24 14:47:18 930 1

原创 lammps安装(CMAKE/MAKE)

lammps源码安装, 非root

2024-05-23 17:21:02 2204 1

原创 windows vscode连接服务器报错id文件too open

操作:点击“高级”->在权限条目选中”authenticated users” -> “禁用继承”-> “删除”选中“users”-> “编辑”-> “选择主体” –> 在“输入要选择的对象”框输入当前用户名。最终:system仍然完全控制;users仅自己且仅读取和执行;administrator也仅读取和执行。authenticated users:完全控制 –>删除。administrator 完全控制 –> 仅读取执行。users 从所有user调整成仅当前user。查看id文件属性,点击“安全”

2024-04-28 17:48:57 445

原创 ubuntu16升级到18后,mysql升级失败的解决方案

ubuntu 18 mysql升级失败,apt-get不能用后的解决方案

2024-04-28 17:42:06 442

原创 ubuntu安装e2fsprogs

背景:有一台ubuntu16机器,很久没用了,一不小心按了升级,升级前还没做镜像,但里面有些软件重装麻烦。升级后再次任何软件都会报错,使用报错如下查看众多博客后发现,大概是因为在升级时,管理文件系统的库chattr 坏了,这个库给很多系统敏感文件都加了禁止删除,包括他自己,更新这个库的时候应该要把这些库文件的禁止删除取消。所以需要做的是重新安装chattr,这个库对应的软件是e2fsprogs原本可以但我已经用不了,而且版本太老,没有找到直接的可执行文件,从github最新版安装也会报错。

2024-04-02 14:25:58 1478 1

原创 centos7 docker服务关机重启失败

centos7 docker重启失败

2024-03-27 15:12:10 1132

原创 mac vscode安装及远程连接

vscode安装连接

2024-03-02 21:14:47 1579

原创 python3.9安装robocrys

robocrystallographer是一个能将CIF,POSCAR等晶体结构文件转成文字描述的软件包,在材料性质预测,材料生成等模型预处理中常用到,可以作为文字数据结合图网络输入,也可以作为直接的大模型数据。

2024-02-20 15:13:18 580

原创 Quantum Espresso软件安装

用的openmpi 5.0.0以及intel oneapi安装quantum espresso

2024-02-06 14:44:58 1738 2

原创 OpenMX linux安装(Ubuntu+intel oneapi+openmpi)

Ubuntu系统,装了intel oneapi 2023.2,但是自带的mpi编译器能编译运行总有问题,所以用的openmpi 5.0.0如何安装和使用intel mpi完成OpenMX编译可参考官网。

2024-02-05 14:54:40 2266 1

原创 非root解决ModuleNotFoundError: No module named ‘_sqlite3‘

ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' 非root

2024-01-22 17:14:48 2181

原创 centos7安装MySQL集群

下载mysqlcd /usr/local/mysqlwget https://dev.mysql.com/get/mysql80-community-release-el7-3.noarch.rpmrpm -ivh mysql80-community-release-el7-3.noarch.rpmyum install mysql-community-servermysql初始化echo "skip-grant-tables" >> /etc/my.cnf# maste.

2021-11-26 09:22:29 385

材料计算软件包,包含qe7.5和vasp5.4.4

材料计算软件包,包含qe7.5和vasp5.4.4

2025-11-11

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