phonopy制作shengBTE的FORCE_CONSTANTS_2ND

最新推荐文章于 2024-04-20 09:30:46 发布
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#python #linux #ssh

本文指导如何修复shengBTE运行时遇到的'wrongnumberofforceconstants'错误，重点在于理解 Phonopy 输出的FORCE_CONSTANTS文件结构，并通过--full-fc选项生成完整力常数矩阵。关键步骤包括检查原子数对齐并调整命令以确保正确计算。

通过phonopy制作shengBTE的2阶力常数文件，如果shengBTE运行时出现：

“wrong number of force constants for the specified scell”

这是因为phonopy输出的FORCE_CONSTANTS中考虑了对称性，不是完整的FORCE_CONSTANT，即里面应该有 超胞原子数*超胞原子数 组2阶力常数文件，可以打开生成的FORCE_CONSTANT文件，看第一行出现的两个数字是否是超胞内的总原子数。

如果不是，为了生成完整的FORCE_CONSTANT，可以在phonopy利用force_set制备FORCE_CONSTANT的命令中添加 --full-fc即可。

odin_linux
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Python库 | directory_constants-12.5.0-py3-none-any.whl
04-21
资源分类：Python库 所属语言：Python 使用前提：需要解压 资源全名：directory_constants-12.5.0-py3-none-any.whl 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.youkuaiyun.com/article/details/101784059
Python库 | directory_constants-21.2.0-py3-none-any.whl
04-21
资源分类：Python库 所属语言：Python 使用前提：需要解压 资源全名：directory_constants-21.2.0-py3-none-any.whl 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.youkuaiyun.com/article/details/101784059
FORCE_CONSTANTS中3阶力常数大小与原子间距的分析脚本
odin_linux的博客
04-06 2681
shengBTE所需的3阶力常数文件格式为FORCE_CONSTANTS_3RD, 想要得知所有力常数数值与原子间距的变化关系，或者输出更小截断半径下新的FORCE_CONSTANTS_3RD以验证热导率随阶段半径的变化，需要分析FORCE_CONSTANTS_3RD内数据，这里提供一个PYTHON脚本，能够读取FORCE_CONSTANTS_3RD文件，并绘制力常数强度和原子间距的散点图，以及输出新的阶段半径下的力常数文件，供大家参考，注意python的缩进。 #####################
sousaw-ShengBTE-Kit.zip
01-20
ShengBTE
ShengBTE简单介绍、安装与使用
DFT_M的博客
09-11 6740
在ShengBTE和thirdorder安装文件中均带有其“使用说明书”，且都命名为README.md，里面有一些基本的安装、使用介绍，尤其是一些参数的介绍，初学者在使用之前要认真阅读并理解，对以后遇到问题有很大帮助，这也是对于软件的最基础的了解。这里主要是补充了我们make编译出的libsymspg.a文件的路径，以及更改了编译器为mpiifort，在下方也调整了MKL的配置，大家在安装的时候可以复制上方的内容，手动更改libsymspg.a文件的路径，然后可以尝试进行安装。
bash+vasp+ShengBTE自动计算材料热运输性质脚本
DFT_M的博客
06-08 3484
之前我们已经详细介绍了ShengBTE软件与其安装教程，详细请查看ShengBTE简单介绍、安装与使用由于在计算三阶力学常数时，根据扩胞比例以及近邻原子受力情况的不同，生成的3RD.POSCAR数量也尽不相同，笔者最近一次的计算总共计算了700+个任务，如果在此过程中手动布置任务则费时费力，效率低下。而在后续的ShengBTE计算时，通过bash脚本进行任务布置也可以实现多任务顺序计算，节省精力与时间。本文针对材料的热输运性质计算主要参考天玑算所提供的教程，详细请见https://phadwiki.com/
GULP不同版本导出ShengBTE用力常数文件，存在一些问题
odin_linux的博客
01-06 672
2. 但是，GULP-6版本中导出的2阶力常数文件正确，3阶力常数文件存在错误，表现在三阶力常数文件中对超胞内相邻胞的位置x和y存在颠倒，反倒GULP-5版本中的是正确的。3. 可以自己通过thirdorder.py来计算，这时候，gulp输出中力的单位为eV, 对正交晶格，需要有一个转换系数，-1*输出力（eV）/相应方向的晶格模量。1. GULP-5版本，导出的2阶力常数文件，存在原子扩胞后超胞内原子排序和phononpy等的不一致，从而导致热导率计算问题，这个在GULP-6版本中已经纠正；
LAMMPS计算二阶力矩阵与声子谱
hg695139851的博客
02-27 2845
#LAMMPS计算二阶力矩阵与声子谱。
php中get_defined_constants函数用法实例分析
10-24
在描述部分提到的“功能、定义及使用技巧”，这几个词汇指出了文章将会涉及到的内容，包括get_defined_constants函数的基本功能是什么，怎么定义该函数，以及在使用该函数时应该注意哪些技巧或最佳实践。掌握这些...
精选资源
Fourthorder:与shengBTE中的thirdorder.py类似，开发了Fourthorder.py以计算四阶原子间力常数（4th-IFC）。 请在FourPhonon存储库的“讨论”部分中发布您的问题
05-15
四阶脚本源自三阶脚本，用于帮助[包含四声子模块的ShengBTE]用户以高效便捷的方式创建FORCE_CONSTANTS_4TH文件。 更具体地说，它执行两项任务： 它解析出一组不可约的原子位移，从中可以计算出完整的非谐四阶原子...
VASP结合vaspkit+ShengBTE计算热电优值（二）
weixin_44873868的博客
04-20 2120
注意BTE.kappa_tensor文件中，每列对应的方向顺序分别为XX,XY,XZ,YX,YY,YZ,ZX,ZY,ZZ.且最后一行为有效的收敛值，使用时只需要取最后一行。这两种方法的计算结果都是可用的。原子层厚度=POSCAR 真空层方向相距最远的两个原子的范德华半径之和+POSCAR 真空层方向相距最远的两个原子的距离。目前有两种方法计算电子热导率，一种是使用BoltzTraP计算得到的电子热导减去TσS2。因此要计算ZT值，我们需要分别计算电导率σ，塞贝克系数S，电子热导率κe，晶格热导率κc。
持续力组件 Constant Force
记录
05-07 568
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Phonopy-Spectroscopy计算材料红外和Raman光谱
DFT_M的博客
12-24 2177
声子谱的计算主要目的是获得二阶力常数文件FORCE_CONSTANTS，而为了计算光学性质，同时需要计算波恩电荷，写出BORN文件。它可以从Phonopy或VASP计算红外(IR)强度，和计算Raman活度张量和远离共振近似的标量平均强度。通过irreps.yaml的振动信息，并参考D3点组的字符表，判断可能显示Raman活动的模式，并生成计算文件。按照软件案例，作者可能更喜欢hdf5格式的数据文件，生成force_constants.hdf5文件的命令如下。bands的值为需要计算的模式。
ShengBTE安装processes. f90报错的解决办法
DFT_M的博客
06-09 559
而我早起安装教程是依据旧版，在2022年1月份完成，所以依据我去年的教程安装最新版的软件会出现一些原本不该发生的问题，但笔者当时已经说明了具体修改的思路，如果按照此思路来的话也是可以避免出错的（甩锅）。在arch.make.example文件中软件作者更新了一些参数，尤为重要的是在FFLAGS后添加了一个-qonemp，而参照我的教程的小伙伴不少将其去掉，软件作者在今年有对软件进行更新。在软件安装的过程中可在arch.make保留此参数并进行下一步，即可使软件正常安装。引喻失义 妄自菲薄。
使用alamode计算非谐热导
lielie12138的博客
02-14 2389
1
高阶力常数插值方法
lielie12138的博客
05-10 1802
张量的简单理解。
vasp手册_VASP计算笔记-ShengBTE计算热导率流程(1)
weixin_39948439的博客
11-29 5858
注：对计算结果的准确性不做任何保证。对于参数的设置没怎么验证，可能会有些错误。主要使用ShengBTE、thirdorder(两者在ShengBTE网站下载) 和phonopy软件。ShengBTE计算热导率前所需要准备的文件FORCE_CONSTANTS_2ND #见二阶力常数计算 FORCE_CONSTANTS_3RD #见三阶力常数计算注：基于玻尔兹曼输运方程计算晶格热导率的软件一般都需要计...
Phonopy源码剖析读取Vasp等软件的输出文件
wwxy1995的博客
09-25 816
主要读取Vasp POSCAR文件和Vasp力常数文件 从测试文件入手：test_vasp.py 我们发现，力常数矩阵从xml文件读取 这里的代码在vasp.py中，全部逻辑1000多行，全部都是一些hard code的工作。比较无聊。 Phonopy读取原子结构信息，以及力常数矩阵，然后在此基础上得到动力学矩阵，对角化动力学矩阵得到声子谱，从而得到系统的声子信息。 下面是主要的API class，所有的API信息都存在这一个class中。 class Phonopy(object):
关于声子和热输运计算中BORN电荷和non-analytic修正的问题
odin_linux的博客
06-29 2899
声子结构计算
Python中sre_constants的用法
最新发布
03-22
`sre_constants` 是 Python 内置正则表达式模块 `sre` 的一部分，主要用于支持底层的正则匹配操作。通常情况下，用户不会直接与这个模块交互，因为它主要是内部使用的工具模块。 ### sre_constants 简介 Python 中的正则表达式功能由 `_sre` 和 `sre_constants` 提供支持。虽然我们更多地使用 `re` 模块来进行模式匹配等高级功能，但在某些低级调试、错误处理或自定义解析场景下，了解 `sre_constants` 可能会有所帮助。 以下是几个关键点： #### 1. **常量** - `MAXREPEAT`: 表示最大重复次数，默认值为 65535。 - `SUCCESS`: 匹配成功的返回状态码。 - `FAILURE`: 匹配失败的状态码。 #### 2. **异常** - 它还包含一些异常类用于捕获正则表达式的语法错误或其他问题： ```python class error(Exception): pass ``` 这些异常会在编写无效正则时抛出。 --- ### 示例代码 假设你想查看某个特殊常量的具体含义： ```python import sre_constants print(sre_constants.MAXREPEAT) # 输出最大重复限制 ``` 如果想尝试捕获正则表达式的错误： ```python try: import re pattern = re.compile(r'(a){100,}') except sre_constants.error as e: print("Regex Error:", e) ``` 上述例子展示了如何通过导入并检查该模块的内容来应对复杂的正则需求及潜在的问题。 ---
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