14、基因组学中的Linux和AWS命令行基础及测序数据处理

基因组学中的Linux和AWS命令行基础及测序数据处理

1. Linux管理

在Linux系统里，root代表管理员或者超级用户。root账户在执行诸如安装新软件、管理用户账户或者维护磁盘等管理任务时非常有用。获取root权限有三种方式：
- 以root身份登录。
- 输入 su 命令将身份切换为root（ $ su ）。
- 在想要执行的命令前加上 sudo 命令（ $ sudo command ）。

需要注意的是，在这三种情况下，系统都会提示输入root密码。

2. 包管理系统

Linux发行版包含包管理系统，该系统维护着所有已安装包的数据库。主要的两个包管理器是Debian（适用于Debian和Ubuntu发行版）和RPM。

包管理器	升级所有已安装包到最新版本	安装新包	删除包	删除包及配置文件
Debian	$ sudo apt upgrade	$ sudo apt install package_name	$ sudo apt remove package_nam