批量dicom转nii.gz

最新推荐文章于 2024-07-09 22:00:18 发布

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#python

本文介绍如何使用SimpleITK库高效地读取并处理单个病人在特定文件夹下的DICOM序列，将其转换为nii.gz格式，减少了不必要的循环操作。

文件夹内含有不同的病人，每个病人含有不同的序列，每个序列都生成一个nii.gz

import SimpleITK as sitk
import os

folderPath = r'C:\Users\Desktop\DATA1'


for i in os.listdir(folderPath):

    file = os.path.join(folderPath,i)
    for folder in os.listdir(file):
        imagePath = os.path.join(file,folder)
        reader = sitk.ImageSeriesReader()
        dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(imagePath)
        reader.SetFileNames(dicom_names)
        image = reader.Execute()
        sitk.WriteImage(image, file + '_' + folder + '_image.nii.gz')
print("完成")

如果只想处理单个病人的数据，可以减少一个for循环。

import SimpleITK as sitk
import os

folderPath = r'C:\Users\Desktop\DATA1\S12345'


 for folder in os.listdir(folderPath):
    imagePath = os.path.join(folderPath,folder)
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
     dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(imagePath)
     reader.SetFileNames(dicom_names)
     mage = reader.Execute()
     sitk.WriteImage(image, folderPath+ '_' + folder + '_image.nii.gz')
print("完成")