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RSS订阅原创 nnunet修改batchsize、patchsize
nnunet修改batchsize、patchsize本文只是为了自己平时训练方便而做的笔记，不保证一定正确，但这样修改的确能正常使用。1、首先使用官方的数据集处理命令，对数据集进行处理2、使用如下代码修改batchszie、patchsizeimport picklefrom batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *import numpy as np#源plans文件的路径，基于该文件进行修改,这个保存b
2021-05-22 14:58:26
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原创 Docke配置nnunet训练环境
Docke配置nnunet训练环境进行下面步骤请确保本机是linux，并配置好nvidia docker。启动docker加入了**–rm**，每次关闭后销毁容器将d盘下的目录映射到/workspace#rmsudo docker run --gpus all -it --ipc=host --rm -v /media/sky/D/ruifeng/CoTr-main/:/workspace nvcr.io/nvidia/pytorch:20.11-py3#没有rm，推荐这个命令sudo
2021-05-22 14:43:45
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原创 使用pytorch cuda11 cudnn8.02 Docker搭建nnUNet训练环境
使用pytorch cuda11 cudnn8.02 Docker搭建nnUNet训练环境本文目的是加速训练过程，平时使用pytorch1.6 cuda10.2训练一个epoch将近400秒，搭建好docker环境后，使用cuda11、cudnn8.0.2 的环境，一个epoch的时间只需要160秒左右。加速非常明显。问题来源于：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/issues/292项目主仓库 ：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet
2020-10-17 11:14:16
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原创 nnUnet如何生成自己数据集的json文件
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、nnUnet安装二、具体步骤1.准备好你自己的数据集参考前言最近在学习nnUnet这个框架，想用在自己的数据集上，所以就github来一番，终于找到了一些简单的创建数据集的方法。一、nnUnet安装nnUNet官方地址如下：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet安装可以参考如下博客：（四：2020.07.28）nnUNet最舒服的训练教程（让我的奶奶也会用nnUNet（上））（9
2020-10-12 21:13:24
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原创 使用dcm2niix将dicom文件转为nii.gz格式
前言在使用私有的数据集进行深度学习工作时，往往需要对dicom数据序列进行预处理。由于dicom文件格式的多样性，在原始的数据下进行诸如查看和打标签的工作变得困难。本文将介绍如何使用dcm2niix这个工具进行dicom到nii.gz格式的转换。测试环境：Windows10 + python3工具准备可以直接下载工具包，选择相应的系统版本即可：https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases也可以使用MRIcroGL 中集成的dcm2niix工具，两
2020-05-11 17:09:10
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原创 使用Voxelmorph配准IXI：数据预处理之颅骨去除及仿射对齐
本文是在原链接https://blog.youkuaiyun.com/qq_38302885/article/details/94045126的基础上，增加的一些补充，对新入门的同学可能有一些启发。关于freesurfer的具体安装和使用，可以参考https://blog.youkuaiyun.com/uinglin/article/details/79541063使用Freesurfer进行头骨去除和仿射对齐...
2020-03-10 11:29:53
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空空如也
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