Fly*Boy-优快云博客

vertex_index = min_all_point.index(min_diatance) # 获取最小值位置。min_diatance = min(min_all_point) # 获取最小值。else:#进入这个分支代表已经找到最临近值，再次基础上，在算一下角度找个最优。for i in range(len(all_point)): #循环找到最小的。while queue: #先将所有的点append到list。

2024-02-02 11:00:35 877

原创对比文件，通过距离删掉相近重复点

【代码】对比文件，通过距离删掉相近重复点。

2023-06-26 15:13:53 149

原创 dicom复制数据

diocm复制数据

2022-10-31 16:40:42 388

原创 dicom镜像反转90度

dicom旋转90度

2022-10-21 09:45:19 186

原创已知三个面的平方面方程，求交点

已知三个面方程求交点坐标

2022-10-14 09:43:00 169

原创 C++ 旋转dicom 数据

旋转数据

2022-10-13 10:34:08 246

原创比较两个dcm文件

批量比较两个dcm文件，有何差异

2022-08-15 10:35:02 159

原创读取dicom 字段信息

在这里插入代码片```import osimport pydicomimport pandas as pdimport xlwtDataRootPath = r"C:\Users\Desktop\DicomTest"# SaveCsvPath = "C:\\PersonalDocument1\\TemporaryMaterial\\test.csv"df = pd.DataFrame()NewPath = ""def ReadDcmTagVal(dcm, attr1, attr2)

2022-04-26 14:27:05 284

原创批处理生成bin文件

import globimport torchimport torch.nn.functional as Fimport cv2import jsonfrom matplotlib import pyplot as pltimport SimpleITK as sitkimport pandas as pdfrom pathlib import Pathimport timedef load_tensor(file): with open(file, "rb") as f

2022-03-29 10:05:45 830

原创带有spacing保存数据

# P = np.fromfile(r'C:\Users\320133514\Desktop\2-16\softmax\48-nnunet.bin', dtype=np.float32)# P.shape = 48, 320, 320# img = P[24:48, 0:320,0:320]# img.tofile(r'C:\Users\320133514\Desktop\2-16\softmax\1\24-nnunet-result.bin')# print(C)# print(C.shape)

2022-02-24 15:21:40 2555

原创读取文件名，写入execl

import osimport openpyxl #需要pipdef getfilelist(dir,file_out,sheet_out): filelist = os.listdir(dir) #获取文件名，存入列表 xlsx = openpyxl.load_workbook(file_out) # 打开输出文件 sheet = xlsx.worksheets[sheet_out] # 打开指定输入sheet n=1 for i in filelist

2022-02-24 15:21:01 455

原创比较两个文件是否一致，将numpy写入txt

import filecmpfilecmp.cmp(r'C:\Users\\Desktop\binary\nnunet.bin',r'C:\Users\Desktop\binary\nnunet-out1.bin')import numpy as npa = np.loadtxt(r'C:\Users\320133514\Desktop\k3-1.txt')b = numpy.reshape(a,(24,320,320))print(b)

2022-02-24 10:35:30 707

原创 numpy堆叠数据

import pickleimport numpy as npimport SimpleITK as sitkimg = sitk.ReadImage(r’C:\Users\320133514\Desktop\2-9\needle_newdata206.nii.gz’)img = sitk.GetArrayFromImage(img)#print(img)print(img.shape)print(type(img))print(img.ndim)print(img[0:24, 50:37

2022-02-09 17:08:11 843

原创修改onnx模型

import onnxmodel = onnx.load(r’C:\Users\320133514\Desktop\batch2dnnunet.onnx’)graph = model.graphnode = graph.nodeout = model.graph.outputfor i in range(len(node)):print(node[i])for i in range(len(node)):if node[i].op_type == ‘Conv’:node_rise = n

2022-02-09 11:20:45 1684

原创 C++读写进制文件

#include <iostream>#include <fstream>using namespace std;int main(){ // //char path[] = R"(D:\Code\read\unet.bin)"; ifstream fin; ofstream fout; fin.open(R"(unet.bin)", ios::binary); //ofstream ouF; /*ouF.open(R"(

2022-01-25 13:22:22 363

原创 numpy切割数据

import numpy as npimport osimport globimport SimpleITK as sitkimport matplotlib.pyplot as pltimg = sitk.ReadImage(r'C:\Users\320133514\Desktop\222.nii.gz')img = sitk.GetArrayFromImage(img)#print(img)# print(img.shape)# print(type(img))# print(i

2022-01-25 11:01:46 3272

原创 onnx删除输出

import onnxfrom onnx import helpermodel = onnx.load("nnunet.onnx")node = model.graph.nodeout = model.graph.output# for i in range(len(node)):# print(node[i])## for i in range(len(node)):# if node[i].op_type == 'Conv':# node_rise

2022-01-21 15:47:30 1744 1

原创 python读写二进制文件

import pickleimport numpy as npimport SimpleITK as sitka = np.zeros((24,320, 320), dtype=np.float32)#生成全0的24x320x320的数组 float32类型a.tofile('a.bin')#写入a.bin二进制文件a_ = np.fromfile('a.bin', dtype=np.float32)#读取二进制文件a_.shape = 24, 320, 320 print(a)

2022-01-12 16:33:12 1152

原创 onnx simple

import onnxfrom onnxsim import simplifyonnx_model = onnx.load(“unet.onnx”) # load onnx modelmodel_simp, check = simplify(onnx_model)print(‘ok’)assert check, “Simplified ONNX model could not be validated”output_path= r"C:\Users\320133514\Desktop\nnun

2022-01-10 13:40:16 1629

原创 linux 批量kill进程

在这里插入代import ospid = list(set(os.popen('fuser -v /dev/nvidia*').read().split()))kill_cmd = 'kill -9 ' + ' '.join(pid)print(kill_cmd)os.popen(kill_cmd)

2021-12-30 15:56:19 641

原创将本地文件导入\出到docker

docker ps查看运行docker。在unet.onnx文件所在路径下运行，将unet复制到docker指定文件夹下。docker cp 10nnunet.onnx 28ea6a263e4f:/workspace/tensorrt/samples/trtexec

2021-12-28 13:27:34 752

原创出除onnx不必要的节点

import onnxonnx_model = onnx.load("test.onnx")graph = onnx_model.graphnode = graph.nodefor i in range(len(node)): print(node[i])for i in range(len(node)): if node[i].op_type == 'Conv': node_rise = node[i] if node_rise.output[0

2021-12-16 15:53:38 699

原创 AttributeError: partially initialized module ‘onnx‘ has no attribute ‘load‘ (most likely due to a ci

AttributeError: partially initialized module ‘onnx’ has no attribute ‘load’ (most likely due to a circular import)修改onnx模型时，出的问题，调查了一大圈发现是因为，我的py文件名是onnx.py和import onnx 冲突了，只要修改文件名即可...

2021-12-16 15:33:03 2847 4

原创 linux解压文件

zip：unzip [选项] 压缩包名tar.ge： tar -zxf 文件名

2021-12-15 10:53:17 1767

原创 linux安装pycharm

下载压缩包，tar zxf pychrm-community-2018.3.tar.gz ##解压cd pychrm-community-2018.3/bin ##进入bin文件夹内部./pycharm.sh ##运行pycharm安装脚本删除pycharm ：ls -arm -fr .PyCharmCE2018.3

2021-12-08 09:42:47 1044

原创 Visual Studio 2019 c++ MFC

vs2019 c++ 缺省的安装是没有MFC项目模板的，需要安装MFC项目模板。step 1： open vs installerstep 2：勾选 MFC选择框更新下载后重新打开vs2019step 3：可以看到vs里新添加了MFC相关的项目菜单选择 MFC APP...

2021-10-18 17:49:52 461

原创查看和显示nii.gz文件

#查看和显示nii.gz文件import matplotlibmatplotlib.use('TkAgg')from matplotlib import pylab as pltimport nibabel as nibfrom nibabel import nifti1from nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dexample_filename = r'C:\Users\320133514\Desktop\MY data\lung_data\nii.

2021-10-09 14:38:22 2176

原创 dicom批量转换为nii.gz,并修改文件名

import SimpleITK as sitkimport osfolderPath = r'C:\Users\Desktop\lung_data\dicom'outputPath = r'C:\Users\\Desktop\lung_data\1'num = 371 #编码起始for i in os.listdir(folderPath): file = os.path.join(folderPath, i) for folder in os.listdir(file):

2021-09-15 13:36:37 2112 1

原创 dicom_to_nrrd

import SimpleITK as sitk# Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起）file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219998/"# 获取该文件下的所有序列ID，每个序列对应一个ID，返回的series_IDs为一个列表series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(file_path)# 查看该文件夹下的

2021-09-10 13:16:18 902

原创批量dicom转nii.gz

文件夹内含有不同的病人，每个病人含有不同的序列，每个序列都生成一个nii.gzimport SimpleITK as sitkimport osfolderPath = r'C:\Users\Desktop\DATA1'for i in os.listdir(folderPath): file = os.path.join(folderPath,i) for folder in os.listdir(file): imagePath = os.path.joi

2021-09-10 09:22:05 858 6

原创 nii转换为mhd

import SimpleITK as sitkimport numpy as npimport osfrom batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *def nii2mhd(file_path):itk_img = sitk.ReadImage(file_path)save_path = file_path.strip(’.gz’).strip(’.nii’)+’.mhd’sitk.WriteImage(itk

2021-09-06 11:08:37 650

原创 nii转jpg

nii_files = r’/media/qiao/WindowsData/u2net_test/nii_data/imagesTr_’image_name = r’/media/qiao/WindowsData/u2net_test/nii_data/data’filelist = os.listdir(nii_files)filelist.sort(key=lambda x: int(x[-10:-7].zfill(3)))h = 1for f in filelist:file = os.p

2021-09-02 16:59:24 760

原创 2021-08-23

import osimport openpyxl #需要pipdef getfilelist(dir,file_out,sheet_out):filelist = os.listdir(dir) #获取文件名，存入列表xlsx = openpyxl.load_workbook(file_out) # 打开输出文件sheet = xlsx.worksheets[sheet_out] # 打开指定输入sheetn=1for i in filelist:sheet.cell(row=n, c

2021-08-23 15:35:33 94

原创批量按序更改文件名，并填充数字位数。

import osfolder_path = ‘C:\Users\Desktop\rename\5’num = 1if name == ‘main’:for file in os.listdir(folder_path):s = ‘%03d’ % num # 前面补零占位三位的所以为3 # old 旧名称的信息 old = os.path.join(folder_path, file) # new是新名称的信息，将1替换为a' new = os.path.joi

2021-08-05 14:17:05 2901

原创批量nii切png

import numpy as npimport os #遍历文件夹import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包import imageio #转换成图像def nii_to_image(niifile):filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹slice_trans = []for f in filenames: #开始读取nii文件 img_p

2020-12-21 15:52:54 212

原创 nii切png

import nibabel as nibimport numpy as npimport imageioimport osdef read_niifile(niifile): # 读取niifile文件img = nib.load(niifile) # 下载niifile文件（其实是提取文件）img_fdata = img.get_fdata() # 获取niifile数据return img_fdatadef save_fig(file): # 保存为图片fdata = rea

2020-12-21 11:26:15 375 2

原创性能评价指标

rm -f /tmp/iou.txtcd /home/chenhy/graudation_study/model_result/setup1/CCT_320for i in ls -1 *.png;dogroundtruth=’/home/chenhy/graudation_study/model_result/setup1/label’;EvaluateSegmentation groundtruth/{groundtruth}/groundtruth/i $i -use JACRD |grep

2020-12-09 14:12:59 339

空空如也

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