提升 R 代码性能与构建交互式仪表盘
1. R 代码性能优化
1.1 系统资源问题及解决办法
当遇到系统资源问题时,可根据不同情况采取相应措施:
- 高磁盘 I/O 与充足系统内存 :若系统有足够的空闲内存但磁盘 I/O 较高,代码可能在频繁进行磁盘读写操作。此时应移除不必要的 I/O 操作,若内存充足,可将中间数据存储在内存中。
- 低 CPU 利用率、低空闲内存与大交换空间 :系统可能物理内存不足,正在进行内存交换。这种情况下,先检查是否有足够资源处理发送给 R 的负载。若资源充足,可尝试使用特定函数(文中提到的 SN 函数)移除 R 会话中等待内存的未使用对象。
- 内存不足处理全量数据 :若即使高效处理也没有足够内存处理全量数据,可尝试对数据进行分区。例如,若全量数据无法放入内存且要查找最大值,可将数据分成四部分,逐次加载每部分,计算其最大值,计算完成后从内存中移除该部分,保留最大值,最后从这四个最大值中找出最终的最大值。另一种方法是将数据处理迁移到数据库,数据库是处理数据的专业工具,可避免数据成为 R 中的瓶颈,因为只需将预处理后的部分数据引入 R。
1.2 使用专业包提升性能
寻找 CRAN 包或其他地方发布的专业函数是提升实现性能的好方法。在修改自己的代码之前,先看看是否能在其他地方找到高效的实现。以下是一些有用的包:
- data.table 和 dplyr 包
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