R语言编程与系统发育分析实践

1、创建以下两个向量：Archaea <- c(“Crenarchaea”, “Euryarchaea”) ，Bacteria <- c(“Cyanobacteria”, “Spirochaetes”, “Acidobacteria”) 。(a) 创建一个名为TreeOfLife的列表，以便可以使用TreeOfLife$Archaea来打印相应的组。(b) 通过添加以下向量更新TreeOfLife：Eukaryotes <- c(“Alveolates”, “Cercozoa”, “Plants”, “Opisthokonts”) ，它应与Archaea和Bacteria处于同一级别。(c) 通过添加“Actinobacteria”更新Archaea。(d) 打印所有最低级别的分类单元。

以下是对应的R代码实现：

# 创建向量
Archaea <- c("Crenarchaea", "Euryarchaea")
Bacteria <- c("Cyanobacteria", "Spirochaetes", "Acidobacteria")

# (a) 创建列表TreeOfLife
TreeOfLife <- list(Archaea = Archaea, Bacteria = Bacteria)

# (b) 更新TreeOfLife，添加Eukaryotes
Eukaryotes <- c("Alveolates", "Cercozoa", "Plants", "Opisthokonts")
TreeOfLife$Eukaryotes <- Eukaryotes

# (c) 更新Archaea，添加Actinobacteria
TreeOfLife$Archaea <- c(TreeOfLife$Archaea, "Actinobacteria")

# (d) 打印所有最低级别的分类单元
lowest_level_taxa <- unlist(TreeOfLife)
print(lowest_level_taxa)

2、创建一棵有10个叶节点的随机树。(a) 提取分支长度，并将其存储在一个向量中。(b) 删除分支长度，并绘制该树。(c) 从均匀分布U[0, 10]中赋予新的随机分支长度。以适用于任意数量叶节点的方式进行此操作。(d) 恢复树的原始分支长度。

以下是使用R语言实现上述要求的代码示例：

# 加载ape包
library(ape)

# 创建一棵有10个叶节点的随机树
tree <- rtree(10)

# (a) 提取分支长度，并将其存储在一个向量中
original_branch_lengths <- tree$edge.length

# (b) 删除分支长度，并绘制该树
no_length_tree <- tree
no_length_tree$edge.length <- NULL
plot(no_length_tree)

# (c) 从均匀分布U[0, 10]中赋予新的随机分支长度。以适用于任意数量叶节点的方式进行此操作
new_branch_lengths <- runif(length(tree$edge.length), 0, 10)
tree$edge.length <- new_branch_lengths

# (d) 恢复树的原始分支长度 
tree$edge.length <- original_branch_lengths

3、启动R并打印当前工作目录。假设你想读取位于计算机上三个不同目录中的三个不同文件中的数据，请描述两种实