安装生物序列去冗余软件cd-hit

最新推荐文章于 2024-12-29 12:19:10 发布
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#生信软件

本文介绍如何在Windows 10系统上安装并使用CD-HIT，这是一款用于生物信息学序列去冗余的工具。主要步骤包括从GitHub下载源代码、利用cygwin进行编译以及验证安装是否成功。

cd-hit是一款生信常用于序列去冗余的工具，在https://github.com/weizhongli/cdhit下载后，需要自己编译，对于windows系统，工作步骤如下（以下以windows 10下安装为例）：

1. https://github.com/weizhongli/cdhit/releases下载cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar，解压得到文件夹：cd-hit-v4.8.1-2019-0228

2.下载cygwin，并安装

3.在安装cygwin时，勾选gcc-g++, make等必需软件包

4.安装完成后，打开cygwin终端，进入cd-hit-v4.8.1-2019-0228目录下，执行 make zlib=no

5.忽视安装中出现的警告

6. 安装完成后，在cygwin终端执行 ./cd-hit -h如果出现命令说明则安装成功。（也可以进入windows的命令行模式，进入cd-hit-v4.8.1-2019-0228目录下，执行cd-hit -h)

CD-HIT去除冗余序列
xiaobai1_1的博客
12-16 9540
1、简介 CD-HIT是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 2. 下载与安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz，需要在linux系统（如果你的电脑是Windows的，可以装一个虚拟机，并安装Linux...
cd-hit 去除冗余序列
sunxiaolinlinx的博客
03-13 2041
例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
cd-hit：进行序列去冗余
m0_53945548的博客
04-18 2742
在base里面用conda安装，方便。
cd-hit 去冗余
rojyang的博客
11-01 8524
下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ 背景：生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。 cd-hit 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类 工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。其中设定阈...
cygwin，cd-hit安装和使用
qq_44193342的博客
05-01 2347
最近想使用cd-hit对RNA进行取冗余 1 cygwin安装 具体安装过程参考下面链接，不过要注意在安装组件包的时候记得安装make组件 Windows：安装cygwin教程_Big_quant的博客-优快云博客_cygwin目录目录前言常见错误前言本篇文章参考这篇： cygwin安装 但自从博主写后，这个东西发生了一些变化，因此，根据最新版的重新写了一遍。 我们可以到Cygwin的官方网站下载Cygwin的安装程序或者直接使用来下载安来下载安装程序.下载完成后，运行setup.exe程序，首先是
使用cd-hit对核酸序列或氨基酸序列聚类
keepaware的博客
08-11 1万+
cd-hit是一款用于蛋白质或者核酸序列聚类的工具，由 Dr. Weizhong Li开发，其能够很快速地对某些具有一定相似性的序列进行聚类，是现在很常用的生物信息学工具。
Linux上CD-hit的下载安装
weixin_49325129的博客
05-22 1175
首先，获取CDhit最新版本的安装包。
cd-hit安装与使用-cd-hit v4.8.1（bioinfomatics tools-005）
weixin_44874487的博客
03-03 1万+
CD-HIT (Cluster Database at High Identity with Tolerance) 是一种广泛使用的生物信息学工具，主要用于快速聚类生物序列数据，如蛋白质或核酸序列，以减少数据冗余和简化数据分析。其基本原理涉及比较序列之间的相似性，将高度相似的序列分组到同一个聚类中，从而减少数据集的复杂性。
psi-cd-hit脚本
01-06
**psi-cd-hit脚本** 是一个用于序列比对和聚类的工具，尤其适用于处理具有低于40%相似性的序列。在生物信息学中，序列聚类是研究基因组、蛋白质组或转录组数据时的一个关键步骤，它可以帮助我们识别和去除重复序列，...
CDHITtoFASTA:提取包含参考蛋白的CD-Hit簇并将其以FASTA格式存储
05-20
CD-HIT是用于对生物序列进行聚类以减少序列冗余并改善其他序列分析性能的广泛使用的程序。 CD-HIT最初被开发为对蛋白质序列进行聚类以创建冗余度降低的参考数据库，然后被扩展为支持聚类核苷酸序列并比较两个数据集...
cd-hit-user-guide.pdf 学习cd-hit新手必备！
12-10
cd-hit是非常快速的、是中国人（Weizhong Li）写的，很好用，最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序，然后从最长的序列开始，形成第一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以上则把该序列加到该序列类中，否则形成新的序列类。 指导学习cd-hit
序列去冗余_tine_location.py
05-14
输入格式为fasta类型的序列文件。序列名字要用制定的分隔符，标注好时间和地点信息。 本脚本程序由python编写，可以滤除掉序列文件中相同的DNA信息相同时间信息的序列。只保留时间地点序列至少有一个不一样的序列
CDH详细安装教程
07-31
Ubuntu安装CDH集群 CDH CM NTP HADOOP Spark 等插件集成
CD-Hit 生信 碱基序列去除冗余的方法
oyoli的博客
10-15 6692
1.CD-Hit介绍 官方介绍： CD-HIT是一个非常广泛使用的程序，用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较。最初由李伟忠博士在伯纳姆研究所（现为桑福德伯纳姆医学研究所）亚当·戈兹克博士的实验室开发，CD-HIT速度非常快，可以处理非常大的数据库。有助于显著减少许多序列分析任务中的计算和手动工作，并有助于理解数据结构和纠正数据集中的偏差。CD-HIT包有CD-HIT、CD-HIT-2D、CD-HIT-EST、CD-HIT-EST-2D、CD-HIT-454、CD-HIT-PARA、PSI-CD-HIT、C
Ubuntu安装CD-HIT
BingJH2018212666的博客
12-29 552
CD-HIT是一个广泛使用的生物信息学工具，主要用于聚类生物序列数据，如蛋白质或核酸序列，以减少数据冗余和简化数据分析。
教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？
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ypfzhao
11-07 4万+
0.简介  生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题，可以对单个数据集进行去冗余，包括DNA/RNA序列和蛋白序列，也可以对两个数据集进行比较。其工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分...
28、cd-hit去除冗余序列
weixin_38169769的博客
08-23 1132
转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址：http://cd-hit.org ；http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ； 下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类...
ubuntu安装CD-HIT
Gentlezzx的博客
10-24 3236
法1 首先在官网下载安装包： 我这时候的版本是：cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz 切换到安装包所在目录，执行： gzip -d cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz tar -xvf cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar 进入解压好的文件夹，进行编译（make），这里有时候会报错： In file included from ...
linux cd-hit下载安装,教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？
weixin_42131439的博客
05-16 3981
原标题：教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题。其工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。下面我们来简单介绍一下它的使用方法。1. 下载...
使用CD-HIT去除序列相似性代码
最新发布
03-08
CD-HIT是一款广泛应用于生物信息学领域的工具，用于从大量序列数据集中去除高度相似的序列，保留代表性的非冗余序列集。它能够高效处理蛋白质和核酸序列，并提供多种参数设置选项以满足不同需求。 ### CD-HIT的工作原理 CD-HIT通过设定一个相似度阈值（例如90%），将所有输入序列两两比对，在簇内选择最长的一个作为代表序列。对于新加入的每个序列，程序会检查其是否已经存在于某个现有的簇中；如果该序列与其他成员之间的相似程度超过了预设阈值，则此序列入入相应的簇而不作为新的代表；反之则创建一个新的簇并以此序列为新的代表。 ### 安装与基本命令行操作 首先需要下载安装适合您系统的版本 [在这里](http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit/) ，解压后按照说明文档配置环境变量路径以便直接调用cdhit命令： ```bash # 假定已成功添加到PATH环境下 cd-hit -i input.fasta -o output_clustered.fasta -c 0.6 # 设置截断长度比例为默认值0.8, 相似度阈值为60% ``` 其中`input.fasta`表示待处理的数据文件名，“output_”则是输出结果前缀，默认生成两个主要的结果文件：`.fasta`, `.clstr`. ### 参数解释 - `-i`: 输入FASTA格式的文件； - `-o`: 输出经过筛选后的代表性序列集合； - `-c`: 序列间最小允许的一致性百分比(即相似度)，取值范围[0~1]之间的小数形式； - 其他常用选项还包括但不限于控制内存占用、线程数目等细节调整。 ### 实际应用场景示例 假设我们有一组蛋白序列想要去除非特异性部分并且只留下彼此差距较大的样本作进一步研究分析。可以利用如下的指令组合完成初步清理工作： ```shell script cd-hit \ -i proteins_sequences.fa \ -o cleaned_proteins_set.faa \ -c 0.75 \ -M 40000 \ -T 8 ``` 这里指定了更高的相似度标准(c=0.75), 同时限制了最大可用RAM大小(M)以及并发运行的核心数量(T).
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