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RSS订阅原创 在Colab上安装pytorch-geometric，导入包时出现libcudart.so.10.2
问题背景描述：在google Colab上使用图神经网络的包pyg，执行过程如下：Step 1： 在Notebook Setting里设定环境为GPU；Step 2： 查看Colab里torch的版本信息：import torchtorch.__version__注：我使用时输出信息是：1.9.0+cu111Step 3： 复制pyg文档里的安装命令到notebook的cell里：!pip install torch-scatter torch-sparse torch-c
2021-11-07 09:48:46
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原创 Process finished with exit code-1073740791(0xC0000409)
我在用Tensorflow跑深度神经网络，出现“Process finished with exit code-1073740791(0xC0000409)”，查询了百度和谷歌上很多博客文章，都不能解决，也许是造成这个错误的原因多种多样，网上给的方案并不适合我。最终我的解决方案是：1. 检查是否是GPU的问题。在代码中添加：import osos.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "-1"这段代码设置GPU禁用，仅使用CPU，如果程序可以正常运行，说明代码没
2021-07-16 14:52:43
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原创 google colab使用笔记
google提供的colab提供了GPU、TPU的运行环境，可以省去不少银子，在使用中根据自己的情况，记录了几点笔记以待不时查看。1. 路径的问题。对于一个问题，只写一个ipynb文件显示不利于代码的可重用性，我习惯把一些可重用的代码写到py文件，然后在ipynb文件中用import命令引用。在colab中为了能识别文件的路径，按如下步骤进行。step1. 我们把下面代码复制到一个cell中，并运行此cell!apt-getinstall-y-qqsoftware-properties-...
2021-07-12 13:56:19
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原创 安装Oracle11g的一些注意点
虽说Oracle 11g不是目前最新的版本，但使用的人还是很多，在教学中还是常用的版本，在安装oracle 11g时，我总结了一些自己填过的坑，希望对大家有益。1. 关闭安全软件（如“360安全卫士”）再安装Oracle 11g2. 密码不能采用数字开头，必须以字母开头（话说这是一个很坑人的地方，在创建密码的时候没有这个要求，但如果密码是以数字开头安装到后面就会锁定system账号），密码不能超过30个字符，只能是：A-Z，a-z, 0-9, _, $，和#这些字符。不能使用保留字和关键字。3.
2020-11-02 09:03:05
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原创 解决： AttributeError: type object ‘h5py.h5a.AttrID has no attribute __reduce_cython__
前一天tensorflow还在愉快地跑着，过一天就出现如下错误：Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "e:\Anaconda3\lib\site-packages\tensorflow\__init__.py", line 41, in <module> from tensorflow.python.tools import module...
2020-10-14 10:41:17
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原创 安装生物序列去冗余软件cd-hit
cd-hit是一款生信常用于序列去冗余的工具，在https://github.com/weizhongli/cdhit下载后，需要自己编译，对于windows系统，工作步骤如下（以下以windows 10下安装为例）：1. https://github.com/weizhongli/cdhit/releases下载cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar，解压得到文件夹：cd-hit-v4.8.1-2019-02282.下载cygwin，并安装3.在安装cygwin时，勾选gcc-
2020-10-12 14:24:37
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原创 pip安装包时下载太慢
可以使用国内镜像站点，我用过清华和豆瓣，分别如下使用1. pip install package -i https://tuna.tsinghua.edu.cn/simple2. pip install package -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com个人使用的经验是豆瓣比清华的镜像点更稳定。...
2020-03-07 22:00:34
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原创 conda create, conda install, conda update报错conda.core.subdir_data.Response304ContentUnchanged
一、问题的起因我原来的环境是tensorflow1.5，后来升级到tensorflow2.1，却发现原来写的一些代码不能在tensorflow 2.0以上运行，要改代码的话确实涉及到一些底层的API，对我来说难度不小，于是想再创建一个环境tensorflow1.5，让这些老代码就在1.5版本的tensorflow下运行。于是进入到anaconda prompt命令行进行操作：conda cre...
2020-03-07 19:39:19
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原创 使用Keras可视化网络模型出现Failed to import pydot
一、安装所需的graphviz、pydot、pygraphviz1. 先安装graphvizpip install graphviz安装完成后把bin加到环境变量path内2. 安装pydot或pydot-ng使用pip 在命令行安装即可。3. 安装pygraphviz3.1 在官网下载pygraphviz-1.5.zip3.2 解压缩到pygraphviz-1.5...
2020-03-05 15:30:18
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原创 Keras使用TensorBoard报错：Cannot stop profiling
我使用的tensorflow版本是2.2.4,在使用tensorflow.keras.callbacks.TensorBoard类时报错"Cannot stop profiling"通过网络搜索发现这是win10的bug，在传给TensorBoard的参数log_dir中不能有中文、空格、连字符（如 “_”)，另外，路径分割符要用反斜杠。最后是用os.path.join()方法生成路径。特...
2020-03-04 13:33:34
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转载 git 对文件修改的回滚操作
在git下，文件有三种状态：1. 已经修改，但未add到仓库，即还没有运行 git add filename;2. 已经添加到本地仓库，但还未提交，即还没有运行git commit -m "message";3. 已经提交，即运行了git commit -m "message"针对以上3种情况，回滚文件到修改前有如下对应操作：1. 已修改，未add运行git checkou...
2019-01-03 11:02:26
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原创 git解决冲突：不同地点（或作者）对同一个文件进行修改
当同一个账号在不同设备上对同一个文件进行修改，或不同账号对同一个文件进行修改后，在git pull的时候会报告文件有冲突，解决方法如下。1. git add .2. git commit -m "message"3. 提交自己的修改后，运行git pull这时会有冲突信息：Merge conflict in 冲突的文件名 Automatic merge failed; fi...
2018-12-04 15:23:57
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转载 使用HMMER搜索PFam
1. 安装HMMer2. 从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/下载pfam数据库Pfam-A.hmm3. 得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件，需要将其变成二进制格式，以加快运算速度，同时进行压缩，并建立成索引数据库。 命令：hmmpress Pfam-A.hmm 3。使用 hmmscan 进...
2018-11-26 21:17:00
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原创 netbeans集成开发工具下weka平台使用libsvm
背景：使用mulan软件开发多标记分类，使用集成的方法，单分类器使用LIBSVM，因为mulan是在weka上开发的，所以要解决weka平台使用libsvm，具体步骤如下：1、下载weka最新的包（3.7以上版本）；2、在libsvm官网上下载libsvm的含java语言包；3、分别把weka.jar和libsvm.jar加入到项目的库。 如果引用请表明转载出处。...
2018-09-05 12:32:59
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原创 NCBI使用经验积累
1、下载安装NCBI后，在NCBI_HOME/blast-release/下新建目录db2、添加环境变量BLASTDB=NCBI_HOME/blast_release/db3、下载swissport数据库（或其它数据库）到db文件夹 PS1：在java程序中调用blast命令，出现了很奇特的情况：String blastcmd1 = "cmd /c blastp -db swi...
2018-09-05 12:31:42
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原创 安装Scikit-learn之旅
scilit-learn是python语言中的一个用于机器学习的包。根据http://scikit-learn.org/stable/install.html官网上的说明，这个包依赖于Numpy和Scipy，不过我在安装过程中几经波折，现把我的体验记录如下。1.首先安装numpy。命令：pip install numpy安装顺利，成功！2.安装scipy。命令：pip install ...
2018-09-05 12:29:08
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原创 Tensorflow-gpu安装过程记录
1. 先安装cuda。 下载cuda_8.0.44_linux.run，安装，安装路径/usr/local/cuda-8.02. 安装cudnn. 下载cudnn-8.0-linux-x64-v6.0.tgz，文件解压缩到/home/weizhong/software/cuda，把/home/weizhong/software/cuda/includ目录下的cudnn.h复制到/usr/loca...
2018-09-05 12:27:08
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原创 修改jupyter notebook的默认路径
问题描述：在使用jupyter notebook中发现每次jupyter notebook自动打开默认的路径，很不方便。我希望在指定的路径下打开jupyter notebook。如，在命令行中：cd e:\pythonworkout进入到指定的文件夹，然后：e:\pythonworkout>jupyter notebook这时，在浏览器打开的文件夹就是e:\pythonwor...
2018-09-05 12:26:20
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原创 在anaconda的环境变量里添加自己模块的路径
背景: 我使用的操作系统是linux mint, 安装了anaconda3.5需求: 为了代码的重用,工作中免不了一些操作定义为类或函数,往往一个新项目开始会在一个新的路径下工作,为了在不同的路径下都能重用这些代码,希望把放置重用的代码文件夹添加到环境变量中解决步骤: 在网络上的很多文章都是在/usr/lib/python2.7/dist-packages路径下添加一个后缀名.pth的文...
2018-09-05 12:25:22
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原创 git上传超过100M的文件
git在上传超过100M大小的文件时会给出拒绝信息.经尝试,通过如下步骤解决.(注: 以下以在linux mint操作系统下,上传一个320M的distance.mat文件为例)1. 首先到https://git-lfs.github.com/, 如下图,点击Download v2.3.4下载git-lfs2. 下载的文件解压到任意目录下如:home3. 点击上图Install...
2018-09-05 12:24:06
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原创 python3.6使用pyinstaller出现tuple index out of range错误的解决
原因：python3.6版本对pyinstaller的不支持解决方案：1. 到https://github.com/pyinstaller/pyinstaller下载pyinstaller2.把下载的文件夹覆盖Root\Lib\site-packages下的Pyinstaller文件夹。注：Root指你的python安装目录参考：https://www.zhihu.com/ques...
2018-09-05 12:22:32
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原创 github入门使用
随着360云盘不再提供免费的个人服务，我急需一种能提供在线同步本地文件功能的云盘。我尝试了坚果云，但每月1个G的流量限制对于我的工作是远远不够，像百度云盘等云盘的免费功能仅能提供网盘的存储功能，无法和本地文件同步。终于我想到了利用github，经过几天摸索，掌握了一些简单的使用，基本能满足工作需要。1. 到https://www.github.com/注册账号2.我下载一个git gui图...
2018-09-05 12:19:33
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转载 jupyter notebook目录导航
1. 在命令行运行：pip install jupyter_contrib_nbextensions2. 确保jupyter notebook已被关闭，在命令行运行：jupyter contrib nbextension install --user --skip-running-check3. 启动jupyter notebook，选项栏出现Nbextensions，点击它，出现如图：...
2018-09-03 15:14:02
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原创 linux下编译randomForest-matlab出现mex命令未找到错误
在linux系统里使用matlab软件开发，要用到randomForest，从http://code.google.com/p/randomforest-matlab/下载RF_MexStandalone-v0.02.zip，解压缩后在matlab命令行运行compile_linux命令出现make: mex命令未找到错误。在郁闷纠结中尝试了许多方法未解决后，突然想到是不是mex命令在bash中找...
2011-07-19 17:38:31
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原创 解决linux下matlab中文显示乱码
具体在终端到执行命令如下：（我到matlab安装在~/Soft/matlab，挂载了windows XP系统的C盘，此处我命名为系统盘）$ cd Soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/fonts]$ su 密码：[root@localhost fonts]# mkdir fallback[root@localhost fonts]# cp /media/系...
2011-07-15 08:10:48
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原创 终于搞定Linux下笔记本无线上网
由于科研工作到需要我在笔记本上安装了Fedora 14，装上后不能无线上网，当然我首先想到是google或baidu一下，找找别人到经验借鉴，可惜到是网上很多文章描述不是很清除，还有很多文章是转载到，找来找去老是看到哪几篇文章的身影。我在尝试一个下午后，终于找到了正确到方法解决了无线上网的问题。 我到笔记本是联系G450，无线网卡是BCM4312 802.11b/g. 我首先到Broadc...
2011-05-08 22:09:40
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原创 终于搞明白了ROC曲线
今天终于搞明白了ROC曲线怎么回事，在论文中经常看到有这个图，就没搞清楚怎么画出来的。好在matlab的help里有详细说明，试着运行了一下matlab函数plotroc，再看看文档，终于搞清楚了。...
2011-03-03 21:43:45
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原创 Matlab版libsvm安装步骤
最近学习使用libsvm，刚开始在安装时出了写小问题，现把过程总结如下： 1、下载matlab的libsvm程序压缩包：libsvm-mat-3.0-1.zip,解压缩到一目录下如；libsvm-mat-3.0.1 2、在此目录下有一个readme文件，明确指出对于windows平台已经预先编译好了svmtrain.mexw32和svmpredict.mexw32，所以...
2010-09-25 21:04:38
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原创 毕业答辩，一声叹息...
昨天，参加了信息学院一天的本科生毕业答辩，心情沉重，今天写下我的叹息。 毕业答辩，在我看来是人生历程中一个旅程碑式的经历，对绝大部分人来说是标志着学生生涯的结束，如此重要的事，怎能不认真对待。想我2003年一边在公司实习，一边撰写毕业论文，认真对照撰写规范要求，几番修改，才战战兢兢地交给老师评阅。在答辩前一天，在公司的会议室里和同学们模拟答辩过程，互相提出问题，互相帮助着思考如何回...
2010-06-09 20:14:01
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原创 怀念巴乔，怀念我的青春
执着着不可实现的梦想奔向勇气不敢去的地方苦难和伤痛让我更加坚强孤独与不屈带我逆风飞扬即使折断最后的翅膀心中的阳光依然平和安详 有到了世界杯时间，这是从一个视频上抄录下来的，这个视频回顾了意大利球星巴乔的世界杯历程，让我似乎又回到了那个活力四射的年青时代，想起来深夜看足球，在球场上挥洒汗水直至精疲力尽，这时发现原来自己真的老了。时间是我们永远战胜不了的敌人！...
2010-06-04 23:47:07
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原创 解决：无法删除2416
在工作中遇到要删除一个文件，可给出提示错误信息： 无法删除2416，在网上大量查找后，找到“黄金时代的小虫”的博文解决了此问题，在此转载原文片段如下：1，首先赋予无法删除的文件系统权限，大致方法 右击文件夹-属性-安全-高级-所有者-administrators - 确定 ，再次右击夹-属性-安全-添加-高级-立即查找-administrators-选中后确定。文件夹即可获得系统管理权限。使用此...
2009-05-04 21:05:41
142
原创 ORCAL 语言环境的设置
中文环境的操作系统下下载ORCAL大多是中文的操作环境，若要改为英文环境，可以运行 regedit命令，在HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\ORACLE\KEY_OraDb11g_home1项中把NLS_LANG 删掉，NLS_LANG的值原来是：SIMPLIFIED CHINESE_CHINA.ZHS16GBK。...
2009-03-27 09:45:47
156
原创 SQL*PLUS中如何使用相对路径
在ORACLE的SQL PLUS中运行脚本时，如果脚本中利用@@调用其它脚本，往往需要写绝对路径，给我们带来不便，其实可以设置ORACLE的类路径，使得在脚本中调用其它脚本时，只需相对路径就可以了。下面以ORCALE 11g为例讲述具体设置过程：假设ORACLE安装路径是E:\APP，则在E:\app\Administrator\product\11.1.0\db_1\BIN目录下找到srvc...
2009-03-25 21:06:11
1181
原创 运动会得了第一名!呵呵!
14号是校运会比赛的最后一天，天气非常好，一扫前几天的寒冷，气温也和股市一样逐渐攀高。于是趁着好天气，下午带着老婆和女儿来到湘湖新校区参加校运会，就权当她们一大一小两个美女是我的啦啦队了。我的比赛项目是排球计分，规则很简单，排球场地的一边是被石灰划分成9宫格样子的9个区域，四个角域标记为3分，正中间一块区域标记1分，另外4个区域标记2分，运动员站在场地另一边发球，球落在那个区域就得多少...
2008-11-15 10:06:42
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原创 冒泡排序的递归实现
在C语言教学中，虽然冒泡排序的递归实现并没有什么实际的用途，但因为冒泡排序的思想具有递归的表述，所以在学习中用递归来实现它对学习递归还是有一定的作用的。下面就写出冒泡排序的递归实现代码。void bubbleSort(int a[], int n){ int temp; if( n > 1) { for( int i = 0;...
2008-11-11 20:53:50
745
原创 递归法求解1!+2!+...+12!
在C语言教学中遇到一问题，要写一个递归函数求解1!+2!+...+12!。网上找到飞雪的博客（http://hi.baidu.com/feixue/blog/item/5e00c93d9eec99c69f3d624a.html），给出了一解法，但我觉得该解法有错误，现给出自认为满意的解答。但还是要感谢飞雪博客给予我的启发。long f(int n, int m){ if( n == 1 &am...
2008-11-01 21:53:51
292
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