
bioinformatics
文章平均质量分 50
javafalcon
这个作者很懒,什么都没留下…
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解决BLAST Database error: Error pre-fetching sequence data
BLAST数据库错误原创 2022-04-25 20:51:08 · 4424 阅读 · 0 评论 -
安装生物序列去冗余软件cd-hit
cd-hit是一款生信常用于序列去冗余的工具,在https://github.com/weizhongli/cdhit下载后,需要自己编译,对于windows系统,工作步骤如下(以下以windows 10下安装为例):1. https://github.com/weizhongli/cdhit/releases下载cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar,解压得到文件夹:cd-hit-v4.8.1-2019-02282.下载cygwin,并安装3.在安装cygwin时,勾选gcc-原创 2020-10-12 14:24:37 · 3850 阅读 · 3 评论 -
使用HMMER搜索PFam
1. 安装HMMer2. 从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/下载pfam数据库Pfam-A.hmm3. 得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件,需要将其变成二进制格式,以加快运算速度,同时进行压缩,并建立成索引数据库。 命令:hmmpress Pfam-A.hmm 3。使用 hmmscan 进...转载 2018-11-26 21:17:00 · 8197 阅读 · 0 评论