三体检测
细胞染色体数目增加或减少了一条或数条,则称为非整倍体,是临床上最常见的染色体异常。我们最熟知的13、18、21 三体综合征等属于这一类型:21 三体唐氏综合征;18三体综合征:也叫“爱德华兹综合征”,13三体综合征:又叫“PATAU综合征”。大部分具有这种核型的个体会在胚胎期流产,少数存活的患儿也往往具有智力障碍、生长发育障碍、多发畸形等。染色体的非整倍体异常,是无创产前检测(NIPT)的主要检测内容。
不同染色体由于GC含量差异,导致CV各不相同,具有各自的灵敏度。13、18、21三体的检测灵敏度可达99%+,特异性达99%+。NIPT 检测范围只包含以上3条染色体的非整倍性,更多的染色体异常检测需要联合CNVseq进行以及基因层面的WES进行。此检测不筛查多倍体(例如三倍体)、出生缺陷(例如开放性神经管缺陷、单基因疾病或自闭症等其他疾病)。
同时需要明确的是,NIPT低风险不等于无风险,NIPT结果的正确解读非常重要。NIPT作为一项筛查技术,并非诊断方法,会有假阴性或假阳性的情况存在,检测结果不得作为诊断的唯一依据。当NIPT检测结果为阳性时,必须进行产前诊断,而不能将NIPT检测的结果作为最终的诊断结果。若NIPT结果为低风险,提示99%的把握可排除患有21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征,但仍建议孕妇继续常规产检,如常规产检发现其他异常情况,请听取医生建议做进一步确诊。
导致假阴性或假阳性的原因通常有检测技术和受检者生理/病理因素两个方面。例如,当母体血浆中的胎儿游离DNA成分较少时,即使胎儿是21三体,NIPT检测结果也可能是低风险(假阴性)。相反,如果母体存在肿瘤、胎盘嵌合体等情况,即使胎儿本身没有异常,NIPT检测结果也可能是高风险(假阳性)。
产品内容
检测范围:胎儿 | 13、18、21三体检测 |
性染色体非整倍性(单胎) | |
其他染色体非整倍体(参考) |
早期:孕12周即可检测,早做早安心。取决于胎儿游离DNA浓度,最早可在孕10周进行,最佳检测时间孕12周+。
安全:仅需简单采血,对胎儿和孕妇的风险极小。
专业:13、18、21三体综合征检测的灵敏度和特异性≥99%,提供专业的检测服务和遗传咨询。
结果展示
1. 序列碱基质量控制
去除序列接头、去除polyX、低质量碱基、含N序列、低质量序列、过短序列,给出通过质控后的数据统计。
2. 唯一比对
对样本通过序列碱基质量控制的数据进行比对分析,仅保留唯一比对、去除重复的比对结果,统计每一条染色体的覆盖深度,认为染色体覆盖深度至少>=0.16x的数据分析结果可靠。
3. GC、卡方校正read count 计数
4. 统计计算及结果展示
样本染色体的统计值列表、性染色体判别结果、质量值QScore ,其中QScore 越小越好, QScore>2 需重采样;QScore <1.5 通过。
样本每条染色体统计值可视化,降低假阳性:
- Z 值计算样本染色体与正常孕妇染色体分布差异。
- ZZ 值计算样本内染色体与其余染色体的分布差异。
- BM值计算样本染色体bin 的z 值 中位数。
- OM值计算样本除染色体外的与其余常染色体bin 的z值中位数。
下图左图说明样本某染色体的z值、zz值都小于2.5,都在正常范围,不在临界值范围(2.5-3),也不在异常范围(>3)。下图中图说明染色体局部区域z值都在正常范围,存在局部 CNV 的可能性较小。下图右图说明BM、OM分布接近,染色体与其余染色体的bin z 值分布无明显差异。
结语
合木千行无创产前NIPT检测,一次采血可同时检测胎儿13、18、21三体风险、常染色体三体风险(参考)、以及性染色体异常判别。除了仅依靠染色体Z值判别,还辅助统计染色体ZZ值、局部区域的Z值分布排除局部CNV,以及OM、BM值降低假阳性。