19、小鼠表型本体构建与证据本体的研究进展

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分类专栏： 生物计算的演进之路 文章标签： 小鼠表型本体 PATO 证据本体
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小鼠表型本体构建与证据本体的研究进展

在生物信息学领域，构建准确、可扩展且一致的本体对于有效管理和理解生物数据至关重要。本文将探讨小鼠表型本体的构建方法以及用于途径/基因组数据库的证据本体。

小鼠表型本体构建
相关本体概述

行为、病理学和基因本体等正交本体可与PATO结合，以提供表型实例。行为部分以一致的方式表达；Pathbase小鼠病理学本体描述了突变和转基因小鼠的病理学表型，包含425种已知的小鼠病理学；基因本体（GO）描述了基因产物的作用，并允许用一致的术语注释基因组。

将这些本体组合生成表型实例并非易事，需要社区协作完成。关联概念及其属性和值是一项具有挑战性的任务，因此领域专家的知识至关重要。

研究选择与目标

选择将行为表型本体作为后续部分的测试平台。借助EUMORPHIA项目获取领域专家的知识，并与杰克逊实验室合作。旨在介绍研究方法、适应模式，并提出一些建模问题。

方法学

  • 工具总结 ：有多种用于建模和构建本体的工具，如DAG - Edit、GKB - Editor、OilEd、OpenKnoME、Protégé - 2000、WonderTools和WebOnto等。由于当前版本的DAG - Edit不支持插槽，因此选择了Protégé - 2000。它由斯坦福医学信息学的Musen实验室开发，具有多种建模功能，如多重继承、关系层次结构、元类、约束公理和F - Logic等。支持多种格式，如RDF(S)、XML、RDB、DAML + OIL，并经常更新且有多种插件。
    |工具名称|功能描述|

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