18、生物本体论：OBO解剖学与小鼠表型本体的构建

生物本体论：OBO解剖学与小鼠表型本体的构建

1. OBO解剖学与GO模式

OBO解剖学虽然在形式上存在一些不足，如部分解剖实体缺乏关联类型，有向无环图模型没有一致的建模风格或约定，但它内容广泛，编码了有价值的知识，对生物学家来说直观易懂，并且与基因表达数据相关联，是宝贵的资源。为了增强解剖学的机器处理能力，我们提出构建GO模式。

1.1 GO模式概述

GO模式旨在阐明GO关系的含义，在语义和句法层面提供可扩展的框架，可看作是最小的上层本体，是迈向具有推理能力的完全形式化本体的中间步骤，这种形式化本体可能基于DAML - OIL或OWL等描述逻辑语言。

目前OBO解剖学采用XML/RDF语法，但未使用RDF Schema的特性。RDFS提供了定义明确的subClassOf关系（isu）和subPropertyOf关系，可用于专门化通用的谱系关系，且有大量Java代码支持。

1.2 GO模式的扩展

GO模式通过区分Event（事件）和Object（对象）扩展了现有的RDFS/OWL - Full类。事件是会发生的事情，对象是随时间存在的事物，这与过程本体PSL中的区分类似，大致对应于偶发体和持续体。

基于这种区分，定义了两种part - of关系：partOf和subEventOf。partOf用于关联对象类及其部分，subEventOf用于关联复合事件类及其组成事件类。还引入了lineage谓词successorOf，用于关联发育较晚和较早的组织。

在采用该模式后，OBO解剖学和GO细胞组件本体中的概念成为Object的子类，而大部分GO过程和分子功能概念成为Event的子